1-mavzu;kimyoviy bo’glanishlarning elektron tuzilishi va xossalari
Download 56.79 Kb.
|
Jumayeva Dilshoda Modellashtirish
- Bu sahifa navigatsiya:
- Vizual molekulyar dinamikasi (VMD
Organic Chemistry Basics- Organik kimyo haqida asosiy bilimlarni beradi Organik kimyo asoslari-bu sizga organik kimyo bo'yicha asosiy bilimlarni berish uchun mo'ljallangan dastur.Ushbu ilovadan siz IUPAC nomenklaturasiga muvofiq organik birikmalarni qanday nomlashni o'rganishingiz mumkin.IUPAC nomenklaturasidagi barcha qadamlar tasvirlar bilan tasvirlangan, shunda har kim jarayonni osongina o'rganishi mumkin. Ushbu ilovadan siz organik birikmalar izomeriyasi haqida ham bilib olishingiz mumkin.Izomeriyaning har bir turi yaxshi tushuntirilgan va foydalanuvchi izomerizm tamoyillarini osongina tushunishi uchun har bir tur uchun grafik misollar keltirilgan. Ushbu dastur, shuningdek, quyida keltirilgan turli toifadagi 70 dan ortiq organik kimyo reaktsiyalarini o'z ichiga oladi. Har bir reaktsiya uchun reaktivlar, mahsulotlar va reaktivlar har xil matn ranglari bilan aniq belgilanadi, shunda har kim reaktsiyalarni osongina tushunishi va eslab qolishi mumkin.
6-Mavzu:Molekulyar dinamika (MD). Molekulyar mexanika nazariyalari o’tgan asrning 60-chi yillarida T. Xill va A.I. Kitaygorodskiylar tomonidan yaratilgan. Molekulyar mexanika termini 1958 yilda L. Bartell tomonidan taklif qilingan. Birinchi molekulyar mexanika tipidagi hisoblashlarni amalga oshiruvchi programma K.B. Viberg (K.B. Wiberg) tomonidan 1965 yilda ishlab chiqilgan. 1976 yilda N.L. Ellinjer (N.L. Allinger) MM1 usulini, 1977 yilda esa MM2 usulini taklif qildi. Molekulyar mexanika (MM) usullarida atomlar kuch maydonlarida joylashgan N’yuton zarrachalari deb qaraladi. Ularning o’zaro ta’siri potensial energiya bilan ifodalanadi. Potensial energiya bog’ uzunliklari (r), bog’lar orasidagi butchak (vb), ikki yonli (torsion) burchak va bog’lanmagan fragmendar orasidagi elektrostatik (k) hamda Van-der-vaals ta’siriashuvlariga bog’liq. MM yoki kuch maydonlari usullarida umumiy potensial energiya yuqorida keltirilgan ta’sirlashuvlar energiyalarining yig’indisi sifatida topiladi: E=Ebog’+Evb+Etb+Evdv+EKulon Vizual molekulyar dinamikasi (VMD) a molekulyar modellashtirish va vizualizatsiya kompyuter dasturi.[2] VMD asosan molekulyar dinamikani simulyatsiya qilish natijalarini ko'rish va tahlil qilish vositasi sifatida ishlab chiqilgan. U shuningdek hajmli ma'lumotlar, ketma-ketlik ma'lumotlari va o'zboshimchalik bilan grafik ob'ektlar bilan ishlash vositalarini o'z ichiga oladi. Molekulyar sahnalarni tashqi renderlash vositalariga eksport qilish mumkin POV-Ray, RenderMan, Tachyon, Virtual haqiqatni modellashtirish tili (VRML ) va boshqalar. Foydalanuvchilar o'zlarini boshqarishi mumkin Tcl va Python VMD tarkibidagi skriptlar, chunki u ichiga o'rnatilgan Tcl va Python tarjimonlari kiradi. VMD ishlaydi Unix, Apple Mac macOS va Microsoft Windows. VMD tijorat bo'lmagan foydalanuvchilar uchun tarqatish uchun maxsus litsenziyaga ega, bu dasturdan foydalanishga va uning manba kodini o'zgartirishga imkon beradi. VMD-da ishlab chiqarilgan va ishlatilgan holda sun'iy yo'ldosh tamaki mozaikasi virusi molekulyar grafikasi Tachyon. Sahna radiusli masofa bilan bo'yalgan kombinatsiyalangan molekulyar yuzalar bilan ko'rsatilgan va nuklein kislotalar lenta vakolatxonalarida ko'rsatilgan. Tachyon renderida cho'ntaklar va bo'shliqlar ko'rinishini yaxshilash uchun to'g'ridan-to'g'ri yoritish va atrof-muhit okklyuziyasi yoritgichlaridan foydalaniladi. VMD o'qlari molekulyar bo'lmagan geometriyani ko'rsatishning oddiy misoli sifatida ko'rsatilgan. VMD asosiy tergovchining homiyligida ishlab chiqilgan Klaus Shulten Nazariy va hisoblash biofizikasi guruhida Bekman ilg'or ilm-fan va texnologiyalar instituti, Illinoys universiteti Urbana-Shampan. VRChem deb nomlangan prekursor dasturi 1992 yilda Mayk Krog, Uilyam Xemfri va Rik Kufrin tomonidan ishlab chiqilgan. VMD-ning dastlabki versiyasi Uilyam Xemfri, Endryu Dalke, Ken Xamer, Jon Lich va Jeyms Fillips tomonidan yozilgan 1995 yilda chiqarilgan VMD ning dastlabki versiyalari ishlab chiqilgan Silikon grafikalar ish stantsiyalari va a da ishlashi mumkin g'or avtomatik virtual muhit (CAVE) va Nan o'lchovli molekulyar dinamikasi bilan aloqa qilish (NAMD ) simulyatsiya.[2] VMD 1995-1996 yillarda A. Dalke, V. Xamfri, J. Ulrich tomonidan, keyinchalik 1997-1998 yillarda Sergey Izrailev va J. Stoun tomonidan ishlab chiqilgan. 1998 yilda Jon Ston VMD-ning asosiy ishlab chiquvchisiga aylandi va VMD-ni boshqalarga ko'chirdi Unix operatsion tizimlar va birinchi to'liq xususiyatlarni to'ldirish OpenGL versiyasi Uchun VMD-ning birinchi versiyasi Microsoft Windows platformasi 1999 yilda chiqarilgan 2001 yilda Jastin Gullingsrud va Pol Grayson va Jon Stoun qo'llab-quvvatladilar haptik teskari aloqa qurilmalar va VMD va interfeysini yanada rivojlantirish NAMD interfaol molekulyar dinamikani simulyatsiyalarini bajarish uchun. Keyingi ishlanmalarda Jordi Koen, Gullingsrud va Stoun grafik foydalanuvchi interfeyslarini to'liq qayta yozdilar, hajmli ma'lumotlarni namoyish qilish va qayta ishlash uchun o'rnatilgan yordamni qo'shdilar, va foydalanish Harakatlarni sonli ifodalash usullari.MD bo’yicha hisoblash majmuasi. Dastlab hisoblash masalasining xossalari kompyuter hisobiga qadar tadqiq qilinadi. Bunda asosan masalaning korrekt qo‘yilganligiga e’tibor qaratiladi, chunki avval masalaning matematik xossalarini tahlil qilmay turib, uni sonli yechishga urinish natijalarning ilmiy va amaliy ahamiyatiga salbiy ta’sir qilishi mumkin. Bu tahlil masalaning qo‘yilishini soddalashtirishi ham mumkin, ba’zi xususiy hollarda esa analitik yechimni ham topish imkoniyatini beradi. Bu esa hodisaning muhim xususiyatlarini tahlil qilish yoki dasturning to‘g‘ri ishlayotganligiga ishonch hosil qilish uchun test bo‘lib xizmat qilishi mumkin. Sonli usulni tanlash yoki qurish. Hisoblash masalasini kompyuterda yechish uchun hisoblash masalalaridan foydalanish talab qilinadi. Bunda amaliy masalani yechish ketma-ketligi ko‘pincha samarali standart hisoblash masalalarini yechishga olib kelinadi. Ba’zida, agar hisoblash masalasi yangi bo‘lsa, u holda unga mos hisoblash usuli tayyor bo‘lmasligi ham mumkin. Bunday masala uchun sonli usulni qurish murakkab muammo bo‘ladi va hisoblash matematikasining maxsus mutaxassislarini bu masalaga jalb qilish talab etiladi. Ba’zan birgina hisoblash masalasini yechish uchun bir nechta hisoblash usulidan foydalanish mumkin bo‘ladi. Ana shu paytda hisoblash usulining o‘ziga xos xususiyatlarini, kriteriyalarini, ularning eng samarali ko‘rinishlarini bilish talab etiladi. Bunda tanlov, albatta, bir qiymatli emas. Bu talab qilinayotgan yechimdan, mavjud zaxiralardan, hisoblash texnikasining imkoniyatlaridan bog‘liq. Ushbu o‘quv qo‘llanma asosan aynan ana shunday muammolarni hal qilishga ko‘maklashish uchun mo‘ljallangan. Algoritmlashtirish va dasturlash. Oldingi bosqichda tanlangan hisoblash usuli masalani yechishning faqat asosiy sxemasini beradi, uni kompyuterda bajarish uchun esa ko‘p jihatlari ochilmagan bo‘ladi. Demak, hisoblash bosqichlarini batafsil bajarish uchun kompyuter algoritmini tuzish zarur. Keyin esa dastur ana shu algoritmni daturlash tiliga ko‘chiradi. Hozirda mavjud C++, FORTRAN, Pascal, Delfi kabi algoritmik tillar hisoblash masalasini yechishda keng qo‘llaniladi. Bu algoritmik tillarning standart dasturlar bibliotekasi yoki amaliy dasturlar paketi ham mavjudki, ulardan samarali foydalanish maqsadga muvofiq. Bundan tashqari MATLAB, Maple, Mathcad, Mathematica, va shu kabi matematik paketlar ham mavjudki, bular hisoblash masalalarini yechishning eng zamonaviy vositalari bo‘lib bormoqda. Bulardan tashqari MS Excel dasturidan ham bu borada samarali foydalanish mumkin. Albatta, tadqiqotchi o‘zining tuzgan dasturiga ega bo‘lishni xoxlaydi. Buning uchun maxsus qo‘llanmalarga murojaat qilish maqsadga muvofiq. Dasturni sozlash. Bu bosqichda kompyuter yordamida dasturning xatolari topiladi va to‘g‘rilanadi. Agar bu xato dasturni tuzishda yo‘l qo‘yilgan bo‘lsa, u, albatta Dastur bo‘yicha hisob. Bu bosqichda masalani kompyuterda yechish avtomatik tarzda tuzilgan dastur yordamida amalga oshiriladi. Bu jarayonda kiruvchi ma’lumotlar kompyuter yordamida kerakli natijalarga aylantiriladi va u hisoblash jarayoni deb ataladi. Bunda hisoblashlar har xil ma’lumotlarda qayta-qayta bajarilishi mumkin, bu esa yakuniy natijani to‘la ifodalashga xizmat qiladi. Bu olingan natijalarning to‘g‘riligi dasturning to‘g‘ri tuzilganligini va hisoblash usulining to‘g‘ri tanlanganligini ko‘rsatadi. Bu yerda mashina vaqtidan samarali foydalanishni tashkil etish muhim ahamiyatga ega. Natijalarni qayta ishlash va ularning talqini (interpretatsiyasi). Kompyuter hisobi natijalari bu katta hajmdagi sonlar massivi. Albatta, bu chop etilgan minglab sonlarni tahlil qilish insonning imkoniyati chegarasida bo‘lmasligi mumkin. Shuning uchun bu natijalarni qanday ko‘rinishda (masalan jadval, grafik va boshqa) chop etishni kompyuterga yuklash tadqiqotchiga natijalarni tezkor tahlil qilish imkonini beradi. Olingan hisob natijalarini to‘g‘ri talqin qilish tadqiqotchidan yechilayotgan masala mazmuni, foydalanilayotgan matematik model va qo‘llanilayotgan hisoblash usuli haqida chuqur bilimni talab qiladi. Hisoblash natijalarini qayta ishlash va talqin qilish hisoblash usulini o‘rganishda va unga doir aniq amaliy masalalarni ychishda namoyon bo‘ladi. Natijalarning qo‘llanilishi va matematik modelni to‘g‘rilash. Yakuniy bosqich bu hisoblash natijalarni amaliyotga tadbiq qilish. Bunda olingan natijalar ahamiyatlimi, degan savol tug‘iladi. Bu esa foydalanilgan matematik modelni to‘g‘rilash, takomillashtirish, modifikatsiyalash (masalan, murakkablashtirish), masalani yechishning yangi siklini yaratish zaruratini tug‘diradi. Popl ,Dyuar va Styuartlarning hisoblash usullarining rivojlanishida to’tgan o’rni Tabiiy bog‘ tartibi tahlili (NBO – Natural bond order analysis)NBO usuli bir butun umumiylikdagi tahlillar jamlamasini o‘z ichigaoladi. Ulardan biri – tabiiy zichlik taqsimoti tahlili usuli (NPA – Naturalpopulation analysis) bo‘lib, har bir atomda qancha sondagi elektronlarjoylashishi mo‘ljallanganligini, ya’ni elektronlar zichlik qiymati bandliginianiqlashda ishlatiladi. Ayrim tadqiqotchilar tomonidan NBO va NPAusullari birgalikda, navbat bilan qo‘llanilishi maqsadga muvofiq debhisoblaniladi. Shu bilan birgalikda, molekulyar orbitallarni tavsiflashdaNBO usulidan foydalaniladi.Tabiiy orbitalar tushunchasi – bu birinchi tartibdagi zichlikmatritsasining qisqartirilgan shakli tavsiflarini ifodalab beradi. Bu usullarortogonal tavsiflar bilan cheklanadi. Elektron zichlikni lokallashtirishishlari ketma-ketligi atom tarkibidagi ikkita elektronga ega bo‘lgan holatnitavsiflashga tatbiq qilinadi. Bu ko‘rinishdagi holatlarda butun atom bo‘ylabumumlashtirib chiqilishi nazarda tutiladi. Atom yadrosi va uningatrofidagi qobiqlar bo‘yicha tavsiflar o‘zaro tortishish va itarilish kuchlariamal qilinishini ko‘rsatdi. Shuningdek, atom elektron qobiqlaridaelektronlarning joylashish zichlik taqsimotini tavsiflashda qarama-qarshispinlarga ega orbitallarning elektronlar bilan bandligi masalasini qarabchiqishda nisbatan oddiy ko‘rinishdagi Lyuis modelidan hamfoydalaniladi. Bu usulning ko‘pgina mavjud dasturiy paketlar bilan mostushishi qayd qilinadi.Molekula tarkibidagi atomlar (AIM – Аtoms in molecules). Molekulatarkibidagi barcha atomlarning elektron zichligini kompleks holatda tahlilqilishda umumiy bog‘liqligi usulidan foydalanib, bu usul molekulatarkibidagi atomlar usuli deb nomlanadi. AIM usuli, eng avvalo,uzluksizlikdagi elektron zichlik taqsimlanishini tavsiflash uchunqo‘llanildi. Bunda Laplas elektron zichlik qoidasi va gradient qiymatitadqiq qilinishi asosida tahlil amalga oshiriladi. AIM usuli o‘z tarkibigako‘p sondagi grafik tahlil usullari va zichlik taqsimoti usullarini qamraboladi. Bu jarayonda birinchi qadam – to‘liq holatdagi elektron zichliknio‘rganishdan tashkil topgan bo‘lib, har bir joylashish holati markazidagi holatdan iborat. Bu jarayon virtual skrining deyiladi. Skriningnatijalari tahlili bog‘lanish energiyasi (ΔG, kkal/mol) va u yordamidaaniqlanadigan LE (ligand larida birikmalarning faqat ikki o‘lchamli geometriyasi chizilishi mumkin. Bu dasturlarda chizilgan geomefficiency Birikma geometriyasi chizilayotganda bog‘langan atomlar ketmaketligi saqlanishi kerak. Hisoblash jarayonlari vizuallashtirilgan majmualarda notartib holatda chizilgan struktura normal optimizatsiya qilinishi mumkin. Lekin Gamess, Gaussian kabi dasturlarda noempirik hisoblashlarda xatoliklarga yo‘l qo‘yilishi mumkin (geometriya z-matritsa ko’rinishida kiritilsa!). ChemDraw, ChemWindow vI Matematik modellashtirishda kompyuterlardan keng foydalanilishni, ishlab chiqarilgan nazariya va amaliy natijalar hisoblash eksperimentini ilmiy va amaliy tadqiqotlarning yangi texnologiyasi va metodologiyasi deb qarash mumkin bo‘ladi. Hozirgi kunda hisoblash eksperimentining amaliy tadqiqotlarga tadbiqi endi kengaymoqda, masalan, halokatli va fojeali hodisalar (AES yadro reaktorining nosozligi; iqlimning global isishi; yer silkinishlari)ning kutilayotgan natijalarini oldindan aniqlash; aviatsiya va kosmos sanoati, suv usti va suv ostida suzuvchi obyektlarning harakatlari muammolarini o‘rganish va hokazo. Hisoblash eksperimentining asl eksperimentga qaraganda ustunliklari: moddiy jihatdan arzon; bu eksperimentni o‘tkazish oson va xavfsiz, unda aralashuv ham xavfsiz; uni qaytaqayta o‘kazish mumkin va ixtiyoriy vaqt momentida to‘xtatib qo‘yish mumkin; laboratoriya sharoitida mavjud bo‘lmagan shartlarda uni modellashtirish mumkin; tezkor jarayonlarni, borish qiyin va ba’zan bu mumkin bo‘lmagan obyektlarni tadqiq qilish mumkin; hali yaratilmagan qurilma, inshoot va materiallarning yangi xossalarini va qirralarini ochib berish mumkin. Asl eksperimentning kamchiliklari: uni o‘tkazish murakkab, ba’zan bu umuman mumkin emas; juda qimmatga tushadi; o‘ta xavfli; uni o‘tkazish jarayonida kutilmagan xavfli vaziyatlar yuzaga kelishi mumkin yoki insonlarning hayotiga va salomatligiga xavf solishi mumkin. Hisoblash eksperimentining kamchiliklari: qabul qilingan matematik model doirasidagina o‘rinli; natijalarining qo‘llanilichi cheklangan; asl eksperimentni to‘la almashtira olmaydi. Hisoblash eksperimentining dasturiy ta’minoti yirik dasturiy kompleksni yaratishga olib keladi. Bu o‘zaro bog‘langan amaliy dasturlar, tizimli va uni boshqaruvchi vositalar. Bunday dasturiy kompleks ba’zan muammoga yo‘naltirilgan amaliy dasturlar paketi deb ham ataladi. Quyida MBBT xavfsizligiga tahdidlar va ushbu tahdidlami yuzaga keltirishi mumkin bo‘lgan buzg‘unchilar aniqlangan. Ushbu tahdidlarga quyidagilar qarshi tura oladi: - MBBT taqdim etgan xavfsizlikning texnik choralari; - bazaviy tizim taqdim etgan xavfsizlikning texnik choralari; 128 - muhitdagi texnik bo‘lmagan xavfsizlikning amaliy choralari (personalga tegishli muolajaviy, fizik choralar). Quyidagilar buzg ‘unchi bo 'lishi mumkin: - bazaviy tizimdan (operatsion tizimdan va/yoki tarmoq servislaridan va/yoki maxsus ta’minotdan) vakolatsiz foydalanuvchi shaxslar; - bazaviy tizimdan vakolatli foydalanuvchi shaxslar. Quyidagilar tizimdan foydalanuvchi hisoblanishi mumkin: - ma’lumotlar bazasidan foydalanuvchi bo‘lmagan shaxslar; - ma’lumotlar bazasidan foydalanuvchi shaxslar. MBBT bartaraf etuvchi tahdidlar. MBBT quyidagi tahdidlarga qarshi tura olishi shart: T.ACCES — m a’lumotlar bazasidan ruxsatsiz foydalanish. Begona yoki ayni vaqtda ma’lumotlar bazasidan foydalanishga vakolati bo‘Imagan shaxs MBBTgamurojaat etadi Onlayn ko’rinishidagi birikmalarning electron bazalari bilan tanishish���� Autentifikatsiyaning ushbu sxemasida ma’lumotlar bazasi foydalanuvchisini identifikatsiyalash va autentifikatsiyalashda xostning operatsion tizimiga ishoniladi. Xostning operatsion tizimi ma’lumotlar bazasidagi foydalanuvchining haqiqiyligini tasdiqlashni ta’minlaydi. Ma’lumotlar bazasi operatsion tizim tomonidan taqdim etilgan identifikatorni ma’lumotlar bazasi identifíkatorini o‘matish uchun ishlatadi. Bevosita ma’lumotlar bazasi doirasida (ma’lumotlar bazasi vositalari yordamida autentifikatsiya). Autentifikatsiyaning ushbu sxemasida ma’lumotlar bazasi o‘zining shaxsiy autentifikatsiyalash mexanizmidan foydalanib, foydalanuvchi bildirgan identifikatoming haqiqiyligini tekshiradi (verifikatsiyalaydi). Yuqorida tilga olingan autentifikatsiya servislaridan bo‘lmaganida bittasi mos ma’lumotlar bazasi tomonidan taqdim etilishi shart. Himoyaga ehtiyoj axborot texnologiyasining aktivlari MBBT doirasida saqlanuvchi, konfidensialligi, yaxlitligi yoki foydalanuvchanligi obro‘sizlantirilishi mumkin bo‘lgan axborotdan iborat. Ma’lumotlar bazasi obyektlari va ma’lumotlar bazasining ushbu obyektlari doirasidagi ma’lumotlar axborot texnologiyasining aktivlari hisoblanadi. Ma’lumotlar bazasining boshqa obyektlaridagi ma’lumotlar qismlarining birlashmasi ma’lumotlar bazasining obyektlari bo‘lishi mumkin. Boshqarish ma’lumotlari MBBT tomonidan ma’lumotlar bazasi obyektlarini tashkil etish va himoyalash uchun ishlatiiadi. Ma’lumotlar bazasi auditining ma’lumotlari MBBT tomonidan uning ishlash jarayonida generatsiyalanadi. Quyida MBBT xavfsizligiga tahdidlar va ushbu tahdidlami yuzaga keltirishi mumkin bo‘lgan buzg‘unchilar aniqlangan. Ushbu tahdidlarga quyidagilar qarshi tura oladi: - MBBT taqdim etgan xavfsizlikning texnik choralari; - bazaviy tizim taqdim etgan xavfsizlikning texnik choralari; 128 - muhitdagi texnik bo‘lmagan xavfsizlikning amaliy choralari (personalga tegishli muolajaviy, fizik choralar). Quyidagilar buzg ‘unchi bo 'lishi mumkin: - bazaviy tizimdan (operatsion tizimdan va/yoki tarmoq servislaridan va/yoki maxsus ta’minotdan) vakolatsiz foydalanuvchi shaxslar; - bazaviy tizimdan vakolatli foydalanuvchi shaxslar. Quyidagilar tizimdan foydalanuvchi hisoblanishi mumkin: - ma’lumotlar bazasidan foydalanuvchi bo‘lmagan shaxslar; - ma’lumotlar bazasidan foydalanuvchi shaxslar. MBBT bartaraf etuvchi tahdidlar. MBBT quyidagi tahdidlarga qarshi tura olishi shart: T.ACCES — m a’lumotlar bazasidan ruxsatsiz foydalanish. Begona yoki ayni vaqtda ma’lumotlar bazasidan foydalanishga vakolati bo‘Imagan shaxs MBBTgamurojaat etadi. T.DATA — axborotdan ruxsatsiz foydalanish. Ma’lumotlar bazasidan vakolatli foydalanuvchi MBBT doirasidagi axborotga, ma’lumotlar egasi yoki ma’lumotlar himoyasiga javobgar hisoblanuvchi ma’lumotlar bazasidan foydalanuvchining ruxsatisiz murojaat etadi. Ushbu tahdidga MBBT axborotidan, xotiradagi yoki MBBT boshqaradigan saqlash resurslaridagi qoldiq axborotdan ruxsatsiz foydalanish qo‘shiladi. P.ACCOUNT — ma ’lumotlar bazasi foydalanuvchilari quyidagilarga javobgarlar: - obyekt egasi tomonidan belgilangan obyektdagi amallarga; - ma’lumotlar bazasi ma’muri tomonidan belgilangan harakatlarga. MBBT axborot texnologiyasining texnik va muhitining fimksional jixatiga bog‘liq. MBBT bo ‘yicha taxminlar: A.TOECONFIG - MBBT o‘matilgan, konfíguratsiyalangan va o‘zining baholangan konfiguratsiyasiga muvofiq boshqariladi. Asosiy tizimli taxminlar. Fizik taxminlar: A.PHYSICAL — MBBT va bazaviy tizim resurslari foydalanish vositalarini boshqarish doirasida joylashgan bo‘lib, begona foydalanuvchilarning va ma’lumotlar bazasidan foydalanuvchilarning tizimdan ruxsatsiz fizik foydalanishlarini bartaraf etadi. Konfiguratsiya. taxminlari: A.SYS.CONFIG — bazaviy tizim (operatsion tizim va/yoki tarmoq xavfsizligi servislari va/yoki maxsus dasturiy ta’minot) o‘rnatilgan, konfíguratsiyalangan va o‘zining xavfsiz konfiguratsiyasiga muvofiq boshqariladi. A.ACCESS — bazaviy tizim shunday konfiguratsiyalanganki, tizimdan faqat shaxslaming ruxsatli guruhi foydalanishi mumkin. A.MANAGE — MBBTni bazaviy tizimini va axborot xavfsizligini boshqarish uchun bir yoki widan ortiq puxta bilimli__ ishonchli shaxslar belgilanadi. Bog ‘liqlik taxminlari: A.PEER - faraz qilinadiki, MBBT bilan o‘zaro harakatda bo‘lgan axborot texnologiyaning har qanday komponentlari o‘sha boshqarish ostida b o ‘ladi va o‘sha xavfsizlik siyosati ostida ishlaydi. 131 A.NETWORK - faraz qilinadiki, taqsimlangan muhitda tarmoqning bazaviy servislari foydalanuvchilaming haqiqiyligini ta’minlovchi o‘zaro harakatlaming xavfsiz protokollariga asoslanadi 5.1-jadvalda MBBT xavfsizligi maqsadlari tahdidlarining va xavfsizlik siyosatlarining har biriga munosabati keltirilgan va har qanday tahdidga boMmaganida, axborot texnologiyasining bitta maqsadi mos kelishligi va har qanday xavfsizlik siyosati, bo‘lmaganida, axborot texnologiyasi xavfsizligining bitta maqsadi bilan ta’minlanganligi ko‘rsatilgan. Jadvaldagi “Ha” so‘zi axborot texnologiyasi xavfsizligining ko‘rsatilgan maqsadi ma’lum tahdid yoki xavfsizlik siyosati uchun o‘rinli. O.ACCESS - MBBT foydalanuvchilami va ma’murlami xususiy yoki P.ACCESS xavfsizlik siyosatiga muvofiq javobgarliklaridagi ma’lumotlardan yoki resuslardan foydalanishni boshqarish imkoniyatini ta’minlashi lozim. Buning uchun baholash obyektida quyidagi muayyan maqsadlar mavjud. O.PHYSICAL - MBBTga javobgar uning xavfsizlik siyosatiga kritik bo‘lgan qismlarining fizik tajovuzdan himoyalanishini ta’minlashi lozim. O.AUDITLOG - ma’lumotlar bazasi ma’murlari audit vositalarining samarali ishlatilishini ta’minlashlari lozim. Ushbu muolajalar ma’lumotlar bazasi auditi jumalida va/yoki bazaviy operatsion 134 tizim auditi jumalida va/yoki xavfsizlikning tarmoq servislari jurnalidao‘z aksini topishi lozim. Ayniqsa: -auditning davomli ishlashini ta’minlash, masalan, audit jurnaiini muntazam arxivlash uchun yetarli band boMmagan xotirani ta’minlash uchun kerakli harakatlar qilinishi lozim. BuildQsar dasturida struktura-xossa biologik faollik modellarini olish�=∫����+∑��=∫����+∫∑���(r−r�)��=∫[��+∑���(r−r�)]���=∫[��+��]��=∫��� Molekulyar mexanika usuli tajribada aniqlangan ma’lumotlar asosida hisoblashlar olib borilganligi uchun “empirik usullar” deyiladi. Bundan tashqari, molekulyar mexanika usullari “kuch maydonlari” deb ham yuritiladi. Bunday deyilishining asosiy sababi, avvalo Nyutonning uchinchi (F=-F) qonuni bilan bog’liq, ya’ni kimyoviy bog’ni cho’zish uchun kuch (F) ta’sir qilinsa darhol cho’zilishga qarshi kuch (-F) yuzaga keladi. Yana shuningdek, sistema energiyasi va bog’ uzunligi (valent, torsion burchak) bog’liqligini ifodalovchi potentsiallarning (Morze potentsiali, Lennard-Jons potentsiali va b.) hamda infraqizil spektroskopiyasida guruhlar to’lqin sonini aniqlash formulasidagi bog’ doimiysining (k – force constant) qo’llanilishi bilan bog’liqdir. Molekulyar mexanika nazariyalari o’tgan asrning 60-chi yillarida T. Xill va A.I. Kitaygorodskiylar tomonidan yaratilgan. Molekulyar mexanika termini 1958 yilda L. Bartell tomonidan taklif qilingan. Ammo, molekulalarni mexanik sistema ko’rinishida qarash va ularning energiyalarini klassik mexanika nuqtai nazaridan hisoblash takliflari 1930-yillardan boshlangan. 1960-yillarga kelib birikmalarning kristall tuzilishlari, infraqizil (IQ) spektrlari va boshqa usullarda aniqlangan tajriba ma’lumotlari hisoblash usullarining aniqligini baholash bilan birgalikda yangi nazariy usullar yaratilishida salmoqli o’rin tutdi. Shuningdek, ushbu davrga kelib sikloalkanlarning konformatsiyasi ko’pchilik olimlar 19 muhokamasida edi. Yarim empirik va noempirik usullar kompyuter imkoniyatlarining cheklanganligi sababli sikloalkanlarning konformatsiyasi haqida xulosa qilish imkonini bermasdi. Birinchi molekulyar mexanika tipidagi hisoblashlar Hendrikson (J.B. Hendrickson) tomonian 1961 va 1964 yillarda sikloalkanlarning (C5 - C8) konformatsiyalarini o’rganish uchun bajarilgan. Undan keyin, K.B. Viberg (K.B. Wiberg) tomonidan 1965 yilda MM tipidagi hisoblashlar amalga oshirilgan. Keyinchalik bir nechta guruh olimlar tomonidan MM tipidagi hisoblashlar olib borilgan. Ancha mukammal empirik hisoblash usuli - MM1 1973 yilda N.L. Ellinjer (N.L. Allinger) tomonidan taklif qilingan. U yaratgan MM1 usuli sikloalkanlar hisobi uchun atigi 1-2 minut sarflagan. U 1977 yilda MM1 usulini yanayam mukammallashtirgan holda MM2, 1989 yilda MM3 va 2004 yilda esa MM4 usullarini taklif qildi. Shuning uchun ham empirik hisoblashlar sohasida Ellinjer o’rni katta. Molekulyar mexanika usullarining ko’pchiligi faqat organik birikmalarni hisoblashga mo’ljallangan. Ammo, UFF molekulyar mexanika usuli 1992 yilda Kolorado (Colorado) universiteti olimlari tomonidan yaratilgan usul bo’lib, u davriy sistemadagi qariyb barcha elementlarni hisoblash uchun mo’ljallangan. Molekulyar mexanika usullari kvant-kimyoviy usullarga nisbatan juda tezkor usul sanaladi. Lekin, aniqligi yarim empirik va noempirik usullarnikiga nisbatan past. Dastlabki yaratilgan MM usullari N, O kabi atomlarining bog’lanmagan elektron juft (BEJ) ta’sirlashuvlari inobatga olinmagan. Vaholanki kimyoda bog’lanmagan elektron juft muhim ahamiyat kasb qiladi. Shuni inobatga olgan holda, keying yaratilgan MM usullarida (MM3, MM4), asosan makromolekulalarni hisoblashga mo’ljallangan usullarida BEJ ta’siri inobatga olingan. Ayrim MM usullari atom zaryadlari va hosil bo’lish issiqligini va tebranish spektrlarini (inkrement va modellar asosida) hisoblash imkonini beradi BuildQsar dasturida o‘rganilayotgan 30-ta birikmaning biologik faollik kattaligi (Log1/IC) Y[1] deb deskriptorlar X[1] …X[n] belgilanadi. Programmaga korrelyasiya koeffitsiyenti R2 ≥ 0.7 bo‘lgan, 1-7 deskriptordan tarkib topgan modellarni top deb buyruq berish mumkin. 68 7.4-rasm. Modellar olishga mo‘ljallangan BuilQsar dasturi Shuni ta’kidlab o‘tish kerakki, topiladigan modeldagi deskriptorlar soni o‘rganilayotgan birikmalar soniga ko‘ra ma’lum bir chegaraga ega. Topiladigan modeldagi maksimal deskriptorlar soni (DS) birikmalar sonini (BS) 5 ga bo‘lish orqali topiladi: DS=BS/5. Demak, qaralayotgan 30 ta birikma uchun tanlanadigan modelda deskriptorlar soni 6 tadan oshmasligi kerak (Y = X1+X2+X3+X4+X5+X6). Bitta, ikkita, uchta, to‘rtta, beshta va oltita deskriptorli modellar ichidan korrelyatsiya koeffitsiyenti (R2 ) eng yuqori bo‘lganlari tanlab olinadi. Olingan modellar, test guruhidagi birikmalar uchun hisoblangan deskriptorlarni ushbu modelga qo‘yib bashorat qilingan biologik faollik kattaligi aniqlanadi. Test guruhi birikmalari uchun tajribadan ma’lum bo‘lgan BF kattaligi va bashorat qilingan BF kattaligi orasidagi miqdoriy bog‘liqlik (R2 test) aniqlanadi. Ushbu qiymat R2 test ≥ 0.7 bo‘lsa, topilgan model ishonchli model sanaladi. 7.3. Molekulyar doking va virtual skrining QSAR qismida aytib o‘tganimizdek, yuz minglab birikmalar ichidan biologik faolligi yuqoriroq bo‘lgan, dorivor modda bo‘lishi mumkin bo‘lgan birikmalarni (lider birikmalarni) sintez va farmokologik 69 izlanishlar uchun tavsiya qilish chiqimlarni kamaytiradi, mablag‘larni tejash imkonini beradi. Molekulyar doking dasturlari oqsil-oqsil yoki kichik molekulali birikmalarning (ligandlarning) oqsillar, Download 56.79 Kb. Do'stlaringiz bilan baham: |
Ma'lumotlar bazasi mualliflik huquqi bilan himoyalangan ©fayllar.org 2024
ma'muriyatiga murojaat qiling
ma'muriyatiga murojaat qiling