9– amaliy mashg‘ulot. Oqsil molekulalarida gomologik domenlarni izlash. Darsning maqsadi

9– amaliy mashg‘ulot. Oqsil molekulalarida gomologik domenlarni izlash.
Darsning maqsadi: mavzu bilan talabalarni yaqindan tanishtirish. Mavzuga doir taqdimotlar bilan talabalarni tanishtirish, tushincha hosil qilish
Darsning o‘tkazish tartibi: dars o‘qituvchi bilan talabalar o‘rtasidagi muloqat asosida olib borilib, barcha ma’lumotlar yozib tushintirib beriladi
O‘xshash molekulalar odatda "gomolog" deb ataladi, shuning uchun ularning o'xshashligi kelib chiqishining umumiyligidan kelib chiqadi.
Hozirgi kunda eng mashhur dastur – bu nom deyarli ketma-ketlik bo'yicha qidiruv bilan sinonimga aylanganBLAST-NCBI veb-saytida veb-xizmat sifatida mavjud bo'lgan BLAST dasturi. Dastlabki ma'lumotlar turiga va olingan natijalarga qarab, BLAST bir nechta navlarga bo'linadi (masalan,blastp(Protein BLAST) amino kislotalar ketma – ketligini talab qiladi, blastn (Nukleotide BLAST) - polinukleotid).
BLAST xizmatiga NCBI saytidan sahifani ochish orqali kirish mumkin
blast.ncbi.nlm.nih.gov
Veb-BLAST qismidaProtein BLAST-ni tanlang BLAST. Xizmat interfeysini o'rganing.Algoritm parameters bo'limida parameters(sahifaning pastki qismida) siz bilgan qidiruv parametrlarini toping. Natijalarga qanday ta'sir qiladi? Ma'ruza matnlaridan foydalaning.
1.17.Inson alfa globin misolida Blast dasturining ishini ko'rib chiqing. Ushbu proteinga tegishli yozuvni toping; keyinRunsahifaning o'ng tomonidagi Run BLAST havolasinibosing.
Keyingi sahifada-boshlang'ich qidiruv sahifasi-so'rov maydonidaproteiningizning accession-ga ega ekanligiga ishonchвашегоhosil qiling va BLASTsahifaning pastki qismidagi BLAST tugmasini bosing.
Qidiruvni tezlashtirish uchun mo'ljallangan aqlli algoritmga qaramasdan, u nisbatan uzoq vaqt davomida – odatda o'nlab soniyalardan bir necha daqiqagacha amalga oshiriladi. To'g'ri manba ma'lumotlari bilan natijalar ko'rsatilishidan oldin sahifa bir necha marta qayta ishga tushiriladi.
Grafik Xulosa Bo'limi
Natijalar sahifasida Graphic Summary bizning ketma-ketlikni (query) ko'rsatadi-agar u juda uzoq bo'lmasa, alohida harflar ko'rsatiladi-monomerlar (bu holatda bo'lgani kabi), aks holda ketma-ketlik kulrang chiziq kabi ko'rinadi. Odatda, uning ostida molekulaning o'ziga xos joylari haqida ma'lumot bor – shuning uchun bu holda uchburchak o'qlar boshqa molekulalar bilan o'zaro aloqada bo'lgan aminokislotalarni ko'rsatadi.
Xuddi shu ketma-ketlik qizil chiziq shaklida quyida ko'rsatilgan ("Query" imzolangan); uning homologlari qidirish natijasida topilgan ketma – ketliklarni sxematik tarzda "qo'ydi". Chiziqlarning qizil rangi query200-dan yuqori ball bilan query bilan hizalanganligini ko'rsatadi.
Bo'lim Tavsifi
Ushbu bo'lim qidiruv natijalarining batafsil tavsifini o'z ichiga oladi. Topilgan ketma-ketliklar jadvalda keltirilgan va sukut query bilan hizalama hisob kamaytirish maqsadida tashkil etiladiquery.
Ta'rif-bu yozuvning nomi. Link shu sahifada quyida joylashgan query bilan bu ketma-ketlikni ichiga ruhimdan olibkeladi.
Max scorevaTotal score-bu hizalama hisobi. Ushbu ikki parametr o'rtasidagi farqni tushuntirish BLAST algoritmining tafsilotlariga juda kuchli chuqurlikni talab qiladi.
Query cover-bu ketma-ketlik bilan Query uzunligining qaysi qismini "qoplangan" ekanligini ko'rsatadi.
E-qiymat-hizalama statistik ishonchliligi ko'rsatkichi.
Ident-mos belgilar bilan hizalama pozitsiyalarining soni.
AccessionUshbu ketma-ketlikdagi Accession NCBI-da o'z yozuviga havola sifatida ko'rsatiladi.
Ish:
BLAST xizmati yordamida ggkdacqgdsggplvadg ketma-ketligi qaysi proteinga tegishliekanligini aniqlang .
Qaysi organizmlar topilgan homologlarga tegishli?
Javob olish uchunDescription bo'limidan, shuningdek topilgan domenlar haqida ma'lumotdan foydalaning-sxema bo'yicha bosish orqali ochiladi: