Amaliy mashg’ulot №2 Mavzu

Amaliy mashg’ulot № 2
Mavzu: DNK va RNK nukleotidlar ketma-ketliklari ma’lumot bazalari (GenBank, EMBL, DDBJ).
Ishning maqasadi: Talabalarga DNK va RNK nukleotidlar ketma-ketliklari ma’lumot bazalari (GenBank, EMBL, DDBJ) bilan ishlash ko’nikmasini hosil qilish.
Kerakli jihozlar va materiallar: kompyuter, internet tarmog’i, EMBL, GenBank, DDBJ kabi ma’lumotlar bazalari.
Nazariy tushuncha:


GenBank – genetik ketma – ketliklar ma’lumotlar bazalari hisoblanadi va NIH (Milliy Sog’liq Instituti, AQSh) tomonidan qo’llab quvvatlanadi. Bu MB sining tarkibiga DNK va RNK va oqsillarning ketma – ketliklari haqidagi axborotlar kiradi. Uning tarkibidagi ma’lumotlar har ikki oyda bir marotaba yangilanib turiladi va uchta yirik nukleotidlar ketma-ketliklari ma’lumotlar bazasini (DDBJ, EMBL, GenBank (NCBI)) birlashtiruvchi International Nucleotide Sequence Database Collaboration ning tarkibiy qismi hisoblanadi. Bu uchta tashkilot xalqaro mehnat taqsimoti bo’yicha ish olib boradi va har kunlik olingan yangi axborotlarni almashinishadi.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov (internet manzili)
EMBL – European Molecular Biology Laboratory. Yevropa Molekulyar Biologiya Laboratoriyasining nukleotidlar ketma – ketliklari ma’lumotlar bazasi hisoblanadi. DNK yoki RNK fragmentlarining birlamchi strukturalarini aniqlashga doir ma’lumotlar bilan muntazam ravishda to’ldirilib boriladi. Bu MB ga 1982 yilda asos solingan.
http://www.ebi.ac.uk/embl/ (internet manzili)
DDBJ - DNA Data Bank of Japan. EMBL (Yevropa) va NCBI (AQSh) bilan doimiy aloqada bo’lgan DNK nukleotidlari ketma – ketliklari bo’yicha Yaponiyaning ma’lumotlar bazasi hisoblanadi. Bu ma’lumotlar bazasiga 1984 yilda Milliy genetika instituti qoshidagi informatsion biologiya markazi tomonidan asos solingan (Mishima, Japan). DDBJ MB ga axborotlar birinchi navbatda yaponiyalik olimlar tomonidan taqdim etiladi. MB da yig’ilgan umumiy axborotlarning 75 % sekvenirlangan DNK qismlari va EST (Expressed Sequence Tags) deb nomlanuvchi ekspressiyalangan genlar haqidagi ma’lumotlar hisoblanadi. http://www.ddbj.nig.ac.jp (internet manzili)


Ishni bajarish tartibi: Internet tarmog’iga ulangan kompyuter yordamida amaliy mashg’ulotda berilgan elektron manzillar orqali ma’lumotlar bazasiga kirish va DNK va RNK nukleotidlar ketma-ketliklari ma’lumot bazalari (GenBank, EMBL, DDBJ) haqidagi bilim va ko’nikmalarni hosil qilish.
EMBL – European Molecular Biology Laboratory. http://www.ebi.ac.uk/embl/


DDBJ rasmiy sayti ishchi oynasi

EMBL rasmiy sayti ishchi oynasi


GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov (internet manzili)


GenBank rasmiy sayti ishchi oynasi

DDBJ - DNA Data Bank of Japan - http://www.ddbj.nig.ac.jp

DDBJ rasmiy sayti ishchi oynasi
Topshiriqlar:

1. 
   GenBank ma’lumotlar bazasi ma’lumot bering
   
2. 
   EMBL ma’lumotlar bazasi haqida ma’lumot bering
   
3. 
   DDBJ ma’lumotlar bazasi haqida ma’lumot bering
   

Nazorat shakli: DNK va RNK nukleotidlar ketma-ketliklari ma’lumot bazalari (GenBank, EMBL, DDBJ) haqida hisobot yozish.
Tavsiya etiladigan adabiyotlar:
Asosiy adabiyotlar

1. 
   Леcк А. Введение в Биоинформатику. М., БИНОМ, 2015
   
2. 
   Астахонов Т.В. Сравнительный анализ информационных биополимеров. Компьютеры и суперкомпьютеры в биологии. М. Ижевск: Институт компьютерный исследований. 2002.
   
3. 
   Каменская Г.И. Биоинформатика. Москва, 2008
   

Qo’shimcha adabiyotlar

4. 
   RuziboyevX.S. , Radjabova G.YE., Atamuratova N.R. Bioinformatika fanidan o’quv uslubiy majmua, 2019 y.
   
5. 
   Иванов А.С. Биоинформатика: путь от генома к лекарству insilico Вест. РГМУ. 2003. №4.
   
6. 
   Бауэр Ф.Л., Гооз Г. Информатика. Вводный курс. В 2 ч. М. Мир, 1990.Todaro, Michael Р.
   
7. 
   М. Бородовский, С. Екишева Задачи и решения по анализу биологических последовательностей М.-Ижевск : РХД, 2008.
   
8. 
   Дромашко С.Е. Очерки биоинформатики. Минск, Беларуская наука, 2009.
   

Axborot manbaalari
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/about/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank/GenbankOver
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
1. www.ziyonet.uz
2. www.catuzmu
3. www.natl.uz
4. www.nature.uz
5. www.nedaeog.uz
6. www.maik.ru
7. www.blast.nih.gov
8. www.floranimal.ru
9. www.bioloev.ru