Bio201l lab 7 Plasmid Digest Activity Sheet

---

Bio201L Lab 7 Plasmid Digest Activity Sheet 

Imagine you have a recombinant plasmid with a single 2.5 kb Eco R1 yeast fragment insert. You 

have determined that the insert does not have a Bam H1 recognition site. 

 

A. In the space at right draw a map of 

this recombinant plasmid indicating the 

insert, the vector, their sizes, along 

with the Eco R1 and Bam H1 sites.   

 

 

 

 

B. Using the gel image below, draw in the expected band sizes for the recombinant plasmid if it 

was digested with Eco R1 (Lane 1) and digested with Bam H1 (Lane 2). 

 

 

C. Now, imagine that you have 100 copies of the recombinant plasmid in a test tube with the 

Eco R1 enzyme and, instead of letting the Eco R1 digest for the full 45 minutes, you stop the 

digest after 20 minutes, which means that not all of the Eco R1 sites on all of the plasmids are 

cut: 75% of the recombinant plasmids were cut at both Eco R1 sites on the plasmid, and 25% of  

the recombinant plasmids were cut at only one 

of the two sites (i.e., they were partially 

digested). Using the gel at right (Lane 3), draw 

in the expected Eco R1 band sizes you would 

expect to see from the 20-minute digest of the 

plasmids. Compare the results of Lane 3 with 

Lane 2. What do you notice? 

 

 

 

 

 

 

D. Assuming that you started with 100 

recombinant DNA plasmids in your test tube, 

how many DNA fragments would you expect in 

each band you have drawn in lane 3?  

 

 

 

 

 

 

Which of the bands in lane 3 would you expect 

to have the greatest fluorescent intensity? How 

did you decide this?