Blast dasturi vositasida aminokislotalar ketma-ketliklarini taqqoslash

Basic Local Alignment Search Tool – asosiylokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. Sodda qilib tushuntirilganda sizda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma’lumbir ketma-ketligi bor. Lekin siz bu nuklein kislota qaysi turga tegishli ekanligini bilmaysiz. BLAST sizga mana shu qo’lingizdagi nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albattau bazada mavjud bo’lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida sizga kerakli natijani chiqarib beradi. BLAST dasturini 1990-yilda AQSHlik bir guruh tadqiqotchilar ishlab chiqqanlar.
O’zbekiston baliqlarining DNK barkodingi va filogenetikasi ustida ilmiy tadqiqot ishida O’zbekiston suv havzalaridan yig’ilgan baliq namunalari kerak bo’ladi. Ayrim baliq turlarini tashqi ko’rinishidan, morfologik belgilaridan juda osongina ajratish mumkin, ayrimlarini maxsus aniqlagich kitoblaridan foydalangan holda aniqlaymiz. Ba’zi suv havzalaridan baliq namunalarini yig’ishda faqatgina juda mayda baliq chavoqlari yoki aniqlagich bilan ham qaysi tur ekanligini aniqlab bo’lmaydigan turlar uchrab turadi.
laboratoriya sharoitida baliq namunasining to’qimasidan mitoxondriya DNK ni ajratib olib (bu alohida mavzu), mitoxondriyadagi COI genini PZR mashinasida amplifikatsiya qilindi. Elektroforez jarayoni ushbu genni to’g’ri ajratib olganini ko’rsatdi. Natijalarni maxsus kompaniyalarga jo’natildi. Noma’lum baliq namunasidan olingan COI genidagi nukleotidlar ketma-ketligini o’qib berishdi. Ular jo’natgan natija taxminan quyida ko’rinishda edi.

Bu tasvirda DNK ikkala zanjirining ma’lum bir fragmenti va undagi nukleotidlarning spektrlari tasvirlangan. Nukleotidlar spektri va ularning rangidan ajratib olish haqida avval ham yozgan edim. DNK ning ushu holatini ko’rish uchun “ContigExpress Project” bioinformatsion dasturidan foydalaniladi. Ushbu rasmda DNK ning 5’-3’ (1) va 3’-5’ (2) zanjirlarini ko’rishingiz mumkin. COI geni o’rtacha 700 ta nukleotiddan iborat bo’ladi.
Biz DNK zanjirlarining holatini tekshirib ulardan umumiy holatda quyidagi nukleotidlar ketma-ketligini qo’lgan kiritamiz.

Mana bizda 723 ta nukleotidlardan tashkil topgan DNK ning bitta zanjiri fragmentining nukleotidlari turibdi. Ana endi uni BLAST yordamida kimga tegishli ekanligini topib olamiz.