Filogenetik daraxtlar klasterlash metodlar mundarija

Filogenetik daraxtlar klasterlash metodlar MUNDARIJA:

KIRISH 2
I BOB. FILOGENETIK SHAJARALAR 3

1. 
   Filogenetik shajaralarning tuzilishi 3
   
2. 
   Filogenetik shajaralarning tuzilishi 8
   

II BOB. KLASTERLASH METODLARI 19

1. 
   Kladogramma va filogenetik shajaralarning asosiy farqi 19
   
2. 
   Filogenetik shajaralarni o'qishda eng ko'p uchraydigan xatolar 22
   

2.2.Genlarning filogenetik shajarasilarini o‘rganish dasturlari 28
XULOSA 36
ILOVALAR 38
FOYDALANILGAN ADABIYOTLAR 40

KIRISH

Mavzuning dolzarbligi. Hozirgi vaqtda turli xil morfologik va molekulyar belgilarni o'rganish natijasida buyuk bo'rsimonlarning singil guruhini artiodaktillar
- hatto tuyoqli tuyoqlilar tashkil etadi degan xulosaga kelish mumkin.
Filogenetik shajaralar ketma-ketlikda ishlab chiqarilgan bo'lsa- da genlar yoki genomik turli xil turlardagi ma'lumotlar evolyutsion tushunchani taqdim etishi mumkin, bu tahlillar muhim cheklovlarga ega. Eng muhimi, ular yaratadigan daraxtlar mutlaqo to'g'ri emas - ular kiritilgan taksonlarning evolyutsion tarixini aniq aks ettirishi shart emas. Har qanday ilmiy natijada bo'lgani kabi, ular ham bo'ysunadi soxtalashtirish qo'shimcha o'rganish orqali (masalan, qo'shimcha ma'lumotlarni to'plash, takomillashtirilgan usullar bilan mavjud ma'lumotlarni tahlil qilish). Ular asosidagi ma'lumotlar bo'lishi mumkin shovqinli;^[22] tahlilni aralashtirib yuborish mumkin genetik rekombinatsiya,^[23] gorizontal genlarning uzatilishi,^[24] duragaylash gibridlanish sodir bo'lishidan oldin daraxtda eng yaqin qo'shnisi bo'lmagan turlar orasida, konvergent evolyutsiyasiva konservalangan ketma-ketliklar.
Tadqiqotning o’rganganlik darajasi. Filogenez (yun. phylon — avlod, qabila va ... genez), filogeneya — tirik organizmlar hamda ular taksonomik guruxlari: olam, tip (boʻlim), sinf, turkum (tartib), oila, avlod (turkum, urugʻ) va turlarning tarixiy taraqqiyoti. "F." termini nemis olimi E. Gekkel tomonidan fanga kiritilgan (1866). Biol.ning F. vauning qonuniyatlarini oʻrganadigan boʻlimi filogenetika deyiladi. F.ni tadqiq qilish evolyutsiyaning umumiy nazariyasini rivojlantirish, organizmlarning tabiiy sistemasini tuzish uchun zarur. Guruhlar evolyutsiyasining barcha xususiyatlari individlarning morfofiziologik tomonlarini oʻrganish asosida aniqlanadi. Aksariyat guruxlar F.i adaptiv radiatsiyaga, yaʼni belgilarning dastlabki umumiy formadan raduis boʻylab har tomonga tarqalish xarakteriga ega. Oʻsimlik va hayvonlar F.i shajara daraxtini chizish yordamida tasvirlab beriladi. Shajara daraxti oʻsimlik va hayvonlarning umumiy bir ildizdan kelib chiqqanligi; turli xil formalar Yerdagi hayot tarixining har xil davrlarda
shoxlanish orqali astasekin taraqqiy etganligini aks ettiradi. Organizmlar filogenetik qayta tuzilishlarining adaptiv xarakterini belgilovchi asosiy kuch tabiiy tanlanish hisoblanadi. Filogenetik shajara barcha oʻzgarishlarning birlamchi negizida divergensiya va filetik evolyutsiya, soʻng esa parallelizm va konvergensiya yotadi.
Organizm har xil guruhlarining F.i bir xilda oʻrganilmagan, bu qazilma qoldiklarning har xil darajada saqlanganligi va mazkur guruxlarning qanchalik qadimiyligi bilan bogʻliq. Umurtqali hayvonlar (ayniqsa, yuksak guruhlari) va yuksak oʻsimliklar F.i, umurtqasiz hayvonlardan esa mollyuskalar, ignaterililar, boʻgʻimoyoqlilar F.i nisbatan yaxshi, prokariotlar va tuban oʻsimliklar F. i kamroq oʻrganilgan.
Odamlar narsalarni tartibga keltirish boʻyicha katta qobiliyatga ega. Faqat kiyim javoni yoki xonalarnigina emas (shaxsan oʻzim bu ikki narsa boʻyicha maqtana olmayman). Odamlar borliqdagi narsalarni guruhlarga jamlash va tartib bilan joylashni yoqtiradi. Qadimgi yunon faylasufi Aristoteldan boshlab insoniyat tomonidan Yer yuzidagi xilma-xil tirik jonzotlar tasniflab chiqilgan.
Eng soʻnggi qilingan tasniflarning katta qismi organizmlar orasidagi evolyutsion aloqalar, yaʼni ularning filogeniyasiga asoslangan. Bunday filogeniyaga asoslangan tasniflash tizimlarini tuzish tur yoki boshqa guruhlarning umumiy ajdoddan qanday qilib rivojlanib chiqqanligi haqidagi tushunchalarimizni aks ettiradi.
Ushbu maqolada organizmlar orasidagi evolyutsion aloqalarni ifodalovchi diagrammalar, yaʼni filogenetik shajaralar bilan tanishib chiqamiz. Ulardan aynan nimani oʻrganish (yoki oʻrganib boʻlmasligi) mumkinligi haqida bilib olamiz. Bundan tashqari, organizmlarning qarindoshlik darajasi bu daraxtlarda qanday ifodalanishi haqida ham oʻrganamiz.