Metiltransferaza modifikatsiyasi Metiltransferaza

Metiltransferaza modifikatsiyasi
Metiltransferaza
cheklash-modifikatsiya tizimi komponenti
Bular
fermentlar o'tkazish orqali tanib olish joyini o'zgartiradi
metil guruhi S-adenosilmetionindan o'ziga xosgacha
asoslar ketma-ketlikda, ba'zi hollarda adenin,
boshqalarda sitozin.
Tanib olish ketma-ketligi (tanib olish sayti)
DNK
metiltransferaza sifatida tan olingan ketma-ketlik
cheklash-modifikatsiya tizimi endonukleaz;
odatda noyob (lekin ba'zan degeneratsiya)
ko'p bo'lsa-da, 4-8 bp nukleotidlar ketma-ketligi
noaniq ketma-ketlikning DNK segmenti bilan uzilib qolgan
lekin belgilangan uzunlik
Cheklov fermenti (yoki endonukleaza)
cheklash-modifikatsion endonukleaza komponenti
tizimi.
Ushbu fermentlar DNKni o'zgartirilmagan holda parchalaydi
tanib olish saytlari, ba'zi hollarda (lekin hammasi emas).
tanib olishga nisbatan sobit joylarda
keyingi ketma-ketlik.

"Cheklash fermenti" atamasi birinchi marta taxminan 40 yil oldin kiritilgan.

oldin fag birida o'sganligini ko'rgandan keyin
bakteriya turlari xuddi shu turdagi boshqa shtammda yaxshi rivojlanmagan
xilma-xillik;
faglar o'zlarining uy egalari oralig'ida cheklangan edi.
cheklash faolligi ajraladigan endonukleazga bog'liq
ma'lum bir ketma-ketlikni bog'lashda ikki zanjirli DNK
nukleotidlar (tanib olish joyi).
Biroq, transfer
metil guruhi S-adenosilmetionindan o'ziga xosgacha
bir yoki ikkala tanib olish sayt blok zanjirlarida tayanch
Split.
Ushbu modifikatsiya metiltransferaza faolligi bilan katalizlanadi.
Shunday qilib, mezbon DNK dan himoyalangan
yarim konservativ replikatsiya bilan ham o'z-o'zini hazm qilish
bitta ip vaqtincha o'zgartirilmaganda.
Aksincha, har qanday
invaziv DNK metillangan asoslarning to'g'ri namunasini olib yurishi va parchalanish nishoniga aylanishi dargumon.
Parallel
endonukleaza va metiltransferaza faolligi mavjudligi
bakterial hujayra "cheklash-modifikatsiya tizimi" deb ataladi.
Cheklov-modifikatsiya tizimining farqlash qobiliyati
begona DNKdan olingan o'zi immunitet tizimiga o'xshaydi
yuqori eukariot
Ehtimol, bu himoya roli tufayli cheklash fermentlari tabiatda keng tarqalgan.
o'rganilgan bakteriyalarning har bir jinsida topilgan
Darhaqiqat, ko'pchilik
bakterial turlari bir nechta cheklov-modifikatsiyaga ega
tizimlar, ularning har biri o'ziga xos tanib olish ketma-ketligiga ega: 20 dan ortiq
ba'zi hollarda
Cheklov endonukleazalarining ajoyib o'ziga xosligi
in vitro asboblari kabi laboratoriyada keng qo'llanilishiga olib keldi.
DNKni kesish uchun.
Ochilish va xususiyatlarsiz
1970-yillarning boshlarida va keyinroq birinchi turdagi II cheklovchi fermentlar
yangi o'ziga xoslikka ega bo'lgan fermentlarni tizimli izlash, kam
so'nggi 40 yil ichida molekulyar biologiyadagi yutuqlar
sodir bo'lardi.
Bundan tashqari, ularning nisbatan tufayli
oddiy tashkilotlar, cheklash fermentlari ajoyib tizimlardir
DNK-oqsilning molekulyar mexanizmlarini tahlil qilish
o'zaro ta'sirlar.
Oxirgi jihat so'nggi paytlarda juda ko'p rivojlanish oldi.
Bu fermentlarning mavjudligi ma'lum bo'lganidan beri yillar o'tdi
turli yo'llar bilan ishlaydigan juda xilma-xil guruh,
va turli xil xususiyatlarni tasvirlash uchun ishlatilishi mumkin
oqsil-DNK o'zaro ta'siri.

Cheklovli endonukleazalarning turlari

Cheklovchi endonukleazlar uchta asosiy turga bo'linadi:
irsiyat va enzimologiyasiga qarab I, II yoki III deb belgilanadi
To'rtinchi to'plam, IV sinf turi, ma'lum DNKni tashishni cheklaydi
metillangan asoslarning namunalari, ammo bu erda muhokama qilinmaydi.

Adenozin trifosfatga bog'liq cheklovlar

endonukleazlar

I va III turdagi cheklovchi endonukleazlar assimetrik DNK ketma-ketligini taniydilar (1-jadvalga qarang), bunday hollarda ikki tomonlama.

ko'p turdagi I tizimlar

Biroq, ular keyinchalik DNKni parchalaydilar

tanib olish joylaridan uzoqda joylashgan o'ziga xos bo'lmagan joylarda
I turi uchun
fermentlar, bu har qanday joyda 50 va bir necha ming bp orasida bo'lishi mumkin. saytdan uzoqda, ko'pincha o'rta nuqtaga yaqin
ikkita joy o'rtasida, III turdagi fermentlar esa 25-27 bp bo'linadi.
veb-saytidan.
Ikkala holatda ham cheklash adenozin trifosfat (ATP) va Mg2+ ionlarining gidrolizini talab qiladi va I turdagi uchun
S-adenosilmetionin tomonidan qo'zg'atilgan fermentlar
I turi
va III turdagi cheklovchi fermentlar odatda oligomerikdir.
individual modulli yig'ilishdan yaratilgan komplekslar
gen mahsulotlari, jumladan nukleaza, helikaz va metiltransferaza domenlari
Ferment sinflarining hech biri DNKni ochmaydi;
ichida
o'rniga helikaz domenlari ishlatiladi o'rtasidagi aloqa uchun saytlar

I turdagi fermentlarning aksariyati uchta gendan iborat

mahsulotlar:
HsdS, bu maxsus ravishda tanib olish joyiga bog'lanadi;
HsdR, molekulyar vosita vazifasini bajaradi va DNKni parchalaydi;
va HsdM, DNKni metillaydi.
Hammasi kompleksi
uchta oqsil ham endonukleaza, ham metiltransferaza vazifasini bajaradi: endonukleaza metillanmagan hududlarda ustunlik qiladi va
bilan bir xil zanjirda metillangan saytlarda metiltransferazalar
yarim konservativ DNK replikatsiyasidan keyin sodir bo'ladi
ikkala zanjirda ham o'zgardi.
Biroq, ba'zi I turdagi fermentlar
HsdM va HsdR bo'linmalarining funktsiyalarini birida bajarish
HsdS domeniga ehtiyoj sezmasdan polipeptid (turi
ISP, bitta polipeptid uchun).
Barcha turdagi I fermentlar uchun saytga xos DNKlar orasidagi uzoq masofali aloqa
tanib olish va o'ziga xos bo'lmagan parchalanish gidrolizga asoslangan DNK translokatsiyasi (DNK izi) orqali ta'minlanadi.
ATP helikaz domenlari.
Kuzatish paytida ferment
tanib olish sayti bilan bog'liq bo'lib qoladi va bir vaqtning o'zida
qo'shni o'ziga xos bo'lmagan DNK harakati o'zidan o'tib, shunday qilib
kengayayotgan DNK halqasining siljishi.
I turdagi reaktsiyalar
chiziqli DNKdagi fermentlar kamida ikkita joyni talab qiladi,
bir juft ko'chirish qaerda sodir bo'linish bilan
fermentlar to'qnashadi.
ISP tipidagi fermentlar uchun faqat ajralish
bir juft sayt oldinga yo'naltirilganda paydo bo'ladi
(masalan, LlaGI uchun (1-jadval) 5'-CTnGAYG-3' ketma-ketligi bo'lishi kerak.
Xuddi shu ipda 5'-CRTCnAG-3' dan oldin).
qarshi,
Klassik I turdagi fermentlar bo'yicha bo'linish mustaqildir
sayt yo'nalishi.
III turdagi fermentlar ikkita gen mahsulotidan yig'iladi:
Mod, DNKni bog'laydi va metillaydi, va Res
DNKni parchalaydi va ATPni gidrolizlaydi
Birgalikda ular
endonukleaza va metiltransferaza hosil qiladi
turi
III fermentlar o'zaro bog'langan fermentlar o'rtasidagi o'zaro ta'sirni talab qiladi
teskari takrorlangan bir juft sayt (ya'ni, boshdan boshga yoki dumga
dumga).
Keyingi bo'linish faqat saytlardan birida sodir bo'ladi
tasodifiy. To'g'ridan-to'g'ri takrorlashda alohida saytlar yoki saytlar juftligi
Split.
III turdagi fermentlar ATP dan ko'proq gidrolizlanadi
I tur fermentlari va ularning 1000 marta sekinroq
shaharlararo aloqa mexanizmi savol bo'lib qolmoqda
munozara.
Yaqin vaqtgacha I va III turdagi tizimlar deb hisoblar edi
cheklangan taqsimotga ega.
2010 yil may holatiga ko'ra, taxminan 4000
cheklovchi fermentlar asosan bakterial hujayra ekstraktining biokimyoviy tahlillari bilan aniqlangan, ammo ularning 100 dan kami shunday turga tegishli edi.
I va < 15 fermentlar III turdagi tizimlar edi. Biroq, bu aks ettiradi
I turdagi cheklovchi fermentni farqlash qiyinligi
biokimyoviy tahlil bilan nonspesifik nukleaza.
Ayni paytda,
ko'p sonli prokaryotiklarning to'liq genomik ketma-ketligi va
archaeal avlodlar bir nechta nomzod genlarini aniqladilar
ko'pchilik bakteriyalarda cheklash-modifikatsiya tizimlari va in
hozirgi kunga qadar aniqlangan 6500 nomzod genlarning 40% ga yaqini
I turdagi tizimlar.

II turdagi cheklovchi endonukleazlar

II turdagi tizimlarda cheklash faoliyati odatda kodlanadi
bitta gen, metillanish esa alohida tomonidan katalizlanadi
ferment.
Garchi ular bir xil ketma-ketlikni tan olishsa ham, yo'q
ma'lum bir tizimning ikkita oqsili o'rtasida homologiya mavjud.
Aksariyat II turdagi fermentlar kofaktor sifatida faqat Mg2+ ionlarini talab qiladi.
DNKning parchalanishi uchun, garchi ba'zilari S-adenosil tomonidan faollashtirilgan bo'lsa
metionin: ikkinchisi ko'pincha metiltransferazalarning sintezidir
va endonukleaza oqsillari.
Fosfodiester bog'larini metall ionlarisiz gidrolizlovchi ham bor, masalan
fosfolipaza (BfiI: 1-jadval).
Turni belgilovchi xususiyat
Shunday qilib, II cheklov fermenti uning subunit tarkibi emas.
na uning kofaktoriga bo'lgan talab, balki ularning ajralishi haqiqati
DNK tanib olish ketma-ketligiga nisbatan sobit joylarda:
ketma-ketlikda (masalan, EcoRV va BbvCI: 1-jadval) yoki
tan olingan joydan aniq masofada, birida yoki
saytning har ikki tomoni (ya'ni, FokI va BcgI, mos ravishda: 1-jadval).
(O'z saytlaridan tashqarida ishlaydigan ba'zilar ba'zan DNK 1 ni kesib tashlaydi yoki
tomonidan 2 b.p. ularning kanonik pozitsiyasidan.)
4000 ga yaqin II tip endonukleazlar aniqlangan.
sana.
Bu fermentlarning juda xilma-xil guruhini aniqladi, shuning uchun
II turdagi toifaning o'zi songa bo'lingan
kichik turlari.
Ba'zi kichik tiplar ularning tabiati bilan belgilanadi
tanib olish joylari va/yoki DNK ajralish joylari: masalan, IIP, IIS va IIB turlari (1-jadval).
Boshqalar rejim tomonidan o'rnatiladi
ferment ta'siri: turlari IIE va IIF (1-jadval).
Uzoqroq
toifalar ularning genetik tashkilotini bildiradi: turlari IIC, IIG va
IIH (ko'rsatilmagan).
Bugungi kunga qadar topilgan 4000 ga yaqin II turdagi cheklovchi fermentlar 300 ga yaqin turli xil tanib olish ketma-ketligini qamrab oladi.
ikki yoki undan ortiq
turli turlarning fermentlari bir xil narsani taniy oladi
ketma-ketlikda va uni bir xil holatda bo'ling (qaerda
hollarda ular izoskizomerlar deb ataladi) yoki turli pozitsiyalarda
(neoschizomerlar). Tanib olish ketma-ketligiga ba'zi misollar
1-jadvalda keltirilgan.
Ko'p hollarda saytlar 4-8 bp nosimmetrik palindromlardir. bir xil ketma-ketlik bilan 5'–3'.
ikkala zanjir bilan: EcoRV va kabi IIP turdagi fermentlar
NotI bu toifaga kirmaydi (1-jadval).
Biroq, ba'zi fermentlar
tanazzulga uchragan saytlarni tanib oling, bu ichidagi ma'lum bir pozitsiya
ketma-ketlik muqobil bazani o'z ichiga olishi mumkin. Masalan, SGRAI
ikkinchi asosda purin talab qilinadi - A yoki G
tanib olish ketma-ketligi va pirimidin - yoki T yoki A - ichida
ettinchi baza (1-jadval).
Shuningdek, markaziy
EcoRII uchun sayt A:T yoki T:A bp bo'lishi mumkin. DA
boshqa hollarda, streç DNKning cho'zilishi bilan uziladi
noaniq ketma-ketlik, lekin aniq uzunlik, ya'ni BglI va
SfiI (1-jadval).
Yuqoridagi barcha misollarda bo'linish ichida sodir bo'ladi
tanib olish sayti. Ba'zi fermentlar DNKni 5' yarmida parchalaydi.
ketma-ketliklar, bir ipli kengaytmalarni olish uchun
5' uchida joylashgan ikki ipli fragmentlar (masalan, EcoRI,
1-jadval)
Boshqalar markazni bo'linib, silliq uchlari bo'lgan duplekslarni qoldiradilar.
(ya'ni, EcoRV), ba'zilari esa saytning 3' yarmida yorilib ketgan.
3 'bir ipli kengaytmalarni berish (ya'ni, PstI).
Kengaytmalar
EcoRI va PstI kabi fermentlar tomonidan ishlab chiqarilgani aniq
ketma-ketliklar: hosil bo'lgan DNK bo'laklarining 5' uchida qolganlar
EcoRI ma'lumotlariga ko'ra, ularning barchasi AATT ketma-ketligiga ega.

Ko'pgina fermentlar o'ziga xos bo'lmagan segment ichida kesilgan uzluksiz qismlar bilan, lekin ichida ular noyob ketma-ketliklar bilan kengaytmalar yaratmaydilar
Hamma tanib olish joylari palindromik emas. Buning o'rniga, ko'p
Cheklovchi fermentlar assimetrik ketma-ketlikni tan oladi va,
ularning ba'zilari sayt ichida kesilgan bo'lsa (ya'ni BbvCI: 1-jadval),
ko'pchilik DNKni saytdan ma'lum masofada kesib tashlaydi.
Bir
IIS tipidagi endonukleazlarning kichik to'plami qo'sh ipli hosil qiladi
saytning bir tomonida tanaffus: FOC taqdirda, 9 va 13 nt
mos ravishda yuqori va pastki shoxlarda (1-jadval),
Garchi boshqalar 20 nt ni kesib tashlagan bo'lsa-da
Boshqa kichik to'plam,
BcgI va AloI kabi IIB tipidagi fermentlar (1-jadval) hosil qiladi
ularning tanib olish saytlari har ikki tomonida ikki torli tanaffuslar
DNK qoldig'idan saytni kesib tashlang
Ikkinchisida, odatda, I turga o'xshash ikki qavatli tanib olish joylari mavjud.
tizimlar, IIS tipidagi fermentlar esa odatda qo'shni ketma-ketlikni taniydi.

II turdagi cheklovchi endonukleazlardan foydalanish

II turdagi cheklash endonukleazlari o'zlarining tan olinishini ajratadilar
saytlar boshqa ketma-ketliklarga qaraganda kamida million marta tezroq,
hatto faqat 1 bp bilan farq qiladiganlar ham.
Bu diskriminatsiya ularning molekulyar biologiyada keng qo'llanilishiga olib keldi.
(Biroq, aniq
organik erituvchilar yoki Mn2+ ionlari kabi reaksiya sharoitlari mumkin
kamsitishning yo'qolishiga olib keladi va 1 b.p bilan farq qiladigan saytlar.
osonroq bo'linish; Bu "yulduz faoliyati" deb ataladi.)
Ushbu aniq DNK parchalanishi tahlil qilish uchun foydali diagnostika vositasidir
katta DNK molekulalari.
Bir yoki bir nechta cheklovchi fermentlar bilan parchalangan DNK DNK fragmentlarining xarakterli qatorini hosil qiladi.
(cheklovning bo'laklari).
gel elektroforezi bilan ajratilgandan keyin
agaroz yoki poliakrilamid yordamida siz bo'laklarning o'lchamlarini solishtirishingiz va nisbiy pozitsiyani ko'rsatadigan xaritani yaratishingiz mumkin.
har bir sayt.
Saytlarning faqat bitta almashtirilishi mumkin
kuzatilgan parchalar.
Bu usul genomning birinchi bosqichidir
xarakterlidir va nuqsonli allellarni xaritalash uchun ham foydalanish mumkin
ma'lum saytlarni yo'qotish yoki yaratishga asoslangan (cheklash
fragment uzunligi polimorfizmi; RFLP).
Bu o'z navbatida sabab bo'ldi
DNK barmoq izlari, aniqlashning sud-tibbiy usuli
genetik o'ziga xoslik.
Genom ketma-ketligi ham ko'p jihatdan bog'liq
yordamida xromosomali DNKning dastlabki parchalanishi bo'yicha
cheklovchi fermentlar
Masalan, dastlabki loyihalar
inson genomining barcha ketma-ketliklari ketma-ketlik bilan olingan
individual cheklash bo'laklari
Barcha II turdagi cheklovchi endonukleazlar fosfodiesterlarni parchalaydi.
5'-fosfat va 3'-gidroksil guruhlar hosil bo'lishi bilan bog'lanadi.
Bular
uchlari DNK ligaza tomonidan tan olinadi, bu imkon beradi
kovalent bog'langan
Uchlari bir-birini to'ldiruvchi 5' yoki 3' bo'lsa
kengaytmalar (yopishqoq uchlari), ikkita bo'lakda bo'lgani kabi
EcoRI tomonidan yaratilgan, kengaytmalar orasidagi tayanch juftligi saqlanib qoladi
parchalar kovalent bo'lmagan holda birlashadi
Keyingi qo'shimcha
DNK ligazalari ularni kovalent bog'laydi
Bundan tashqari, ba'zilarida
Masalan, turli cheklovchi fermentlar tomonidan ishlab chiqarilgan bo'laklar.
birga yonishi mumkin
Misol uchun, BamHI va BglII esa
turli ketma-ketliklarni tan olish, G ↓ GATCC va A ↓ GATCT,
mos ravishda, ular bir-birini to'ldiruvchi bir ipli beradi
ularning 5' uchida kengaytmalar, GATC ketma-ketligi
Bugungi kunga qadar yaratilgan rekombinant DNK molekulalarining katta qismi yaratilgan
bilan cheklovchi fragmentlarni tavlash orqali hosil bo'ladi
mos keladigan yopishqoq uchlari.

DNKni tanib olish va parchalanish mexanizmlari

Palindromik DNKni taniydigan cheklovchi endonukleazlar
ketma-ketliklar, IIP tipidagi fermentlar, odatda bir xil dimerlardir
bo'linmalar
Bu fermentlar o'zlarining tanib olish joylariga bog'lanadi
nosimmetrik tarzda, har bir bo'linma DNK bilan va ikkita bo'linmadagi faol saytlar bilan bir xil aloqada bo'lganda,
Ularning har biri o'zining maqsadli fosfodiester bog'lanishini birida ajratish uchun joylashtirilgan
DNK zanjiri. EcoRI, EcoRV, NotI va BglI (1-jadval) ishlaydi
Bu yerda
Biroq, palindromik joylarga ta'sir qiluvchi ba'zi fermentlar
monomerlar va boshqa tetramerlardir.
MvaI (1-jadval) monomer rejimini ko'rsatadi. Taxminlarga ko'ra, u birinchi navbatda o'zining nosimmetrik yamog'iga bir yo'nalishda bog'lanadi.
va dissotsilanishdan oldin DNKning bir ipini kesadi, to
qisqartirish uchun qarama-qarshi yo'nalishda saytga qayta ulanish
ikkinchi ip
Aksincha, tetramerlar ikkita subbirlikdan foydalanadilar
simmetrik tanib olish ketma-ketligining bir nusxasini bog'lang, ko'p
dimerik ferment sifatida
Biroq, bitta nusxaga bog'langanda
maqsadli ketma-ketlikda, tetramerik fermentlar ushbu saytga nisbatan kam yoki umuman faollikka ega emas. To'liq faoliyat uchun, qolgan ikkita kichik birlik
tanib olish ketma-ketligining ikkinchi nusxasini bog'lashi kerak:
Keyin ferment IIF tipidagi tizimlarning o'ziga xos belgisi bo'lgan DNKdan ajralib chiqishdan oldin ikkala ipni ikkala joyda ham kesib tashlaydi.
SfiI kabi (1-jadval).
IIF tipidagi fermentlarning boshqa misollari, masalan
SgrAI va Ecl18kI kabi, faol bo'lmagan dimerik oqsillardir.
DNK bilan bog'langan ikkita dimer bir-biri bilan birlashmaguncha
ikkita saytni qamrab oluvchi tetramer.
Ba'zi dimerik cheklash fermentlari, turi IIE tizimlari
EcoRII va NaeI (1-jadval) o'z ichiga oladi, ikkinchi havola (yoki undan ko'p)
turli joylarda tanib olish ketma-ketligining nusxalari
oqsil, ulardan biri uchun katalitik funktsiyani o'z ichiga oladi
fosfodiester gidrolizi
Biroq, kataliz qilish mumkin emas.
boshqa (tartibga soluvchi) sayt (lar) tegishli DNKni bog'lamaguncha,
keyinchalik allosterik faollashtiruvchi vazifasini bajaradi.
Vaholanki
IIE tipidagi fermentlar faqat ikkita sayt bog'langandan so'ng faol bo'ladi, ular
IIF fermentlaridan faqat bitta joyni parchalashi bilan farq qiladi
reaktsiya uchun.
Asimmetrik tanib olish ketma-ketligini tanib bo'lmaydi
gomodimerik fermentning ikkita sub birligi, ularning har biri hosil bo'ladi
DNK bilan bir xil aloqalar
Buning o'rniga, assimetrik ketma-ketliklar
yoki monomerik oqsil barcha DNK bilan bog'lanishi kerak
ketma-ketlik yoki oligomer turli bo'linmalarga ega, ularning har biri
ketma-ketlikning bir qismini taniydi.
BbvCI misol keltiradi
oxirgi sxema (1-jadval), lekin qo'shimcha muammo
monomerik cheklash fermenti - bu DNKni kesishi kerak
strands, garchi u faqat bitta faol saytga ega bo'lishi mumkin.

1-jadvalda qo'llaniladigan bir nechta turli strategiyalar ko'rsatilgan Ikkala ipni bir vaqtning o'zida kesish uchun IIS va IIB tipidagi tizimlar assimetrik ketma-ketlik
Ushbu strategiyalarning aksariyati talab qiladi
ko'rib chiqilayotgan ferment bir vaqtning o'zida ikkita saytga bog'lanadi, lekin
ba'zilari IIE turi kabi faqat bitta saytni ajratishga olib keladi
ferment, boshqalari esa ikkalasining bir vaqtning o'zida parchalanishiga olib keladi
IIF tipidagi ferment kabi saytlar.
Bir vaqtning o'zida DNKning ikkita mintaqasi bilan bog'lanishi mumkin bo'lgan oqsil
Buni cis ichida yoki bir xil molekuladagi ikkita sayt bo'ylab aylanish uchun bajaring
oraliq DNK dan yoki transga, alohida saytlar orqali
ularni birga ushlab turadigan molekulalar.
Cisdagi o'zaro ta'sirlar kuchli
mahalliy, chunki trans o'zaro ta'sir afzal
DNKning bir qismining boshqasiga yaqin kontsentratsiyasi
cisdagi saytlar uchun transga qaraganda yuqori
Shuning uchun cheklov
odatda ikkita saytga bog'lanishi kerak bo'lgan yana ko'p fermentlar mavjud.
DNKga qaraganda tanib olish ketma-ketligining ikki yoki undan ortiq nusxalarini olib yuradigan substratlarda faol. Fermentlardan beri
ikkita cheklash saytlarini talab qiladigan barcha turdagi I va
III turdagi tizimlar va II toifadagi ko'plab toifalar, ular
mavjud bo'lgan cheklovchi fermentlarning ko'p qismini tashkil qiladi
tabiat.