Muhammad-al xorazmiy nomidagi toshkent axborot texnologiyalari universiteti qarshi filiali

Evolyutsion hisoblash biologiyasi
Evolyutsion biologiya turlarning kelib chiqishi va paydo boʻlishini, shuningdek ularning vaqt oʻtishi bilan rivojlanishini oʻrganadi. Bioinformatika fani evolyutsion biologlarga bir necha usulda yordam beradi:

• 
  koʻp sonli organizmlarning evolyutsiyasini nafaqat tuzilishi yoki fiziologiyasi boʻyicha emas, balki ularning DNKsidagi oʻzgarishlarni oʻrganishda ;
  
• 
  butun genomlarni solishtirganda (BLAST), murakkab evolyutsion hodisalarni oʻrganish, masalan: genlarning koʻpayishi, gorizontal gen oʻtkazilishi va bakterial ixtisoslashgan omillarni bashorat qilish;
  
• 
  vaqt oʻtishi bilan tizimning harakatini bashorat qilish uchun populyatsiyalarning kompyuter modellarini yaratish;
  
• 
  koʻp sonli turlar toʻgʻrisidagi maʼlumotlarni oʻz ichiga olgan nashrlarni kuzatish.
  

Genetik algoritmlardan foydalanadigan boinformatika sohasi koʻpincha hisoblash evolyutsion biologiyasi bilan chalkashib ketadi, ammo bu ikki soha bir-biriga bogʻliq boʻlishi shart emas. Ushbu sohadagi ishlar algoritmlar va hisob-kitoblarni yaxshilash uchun maxsus dasturlardan foydalanadi va replikatsiya, rekombinatsiya yoki mutatsiya orqali diversifikatsiya va tabiiy tanlanish orqali omon qolish kabi evolyutsion tamoyillarga asoslanadi.
Asosiy bioinformatik dasturlar

• 
  ACT (Artemis Comparison Tool) Arxivlandi 2011-01-09 Wayback Machine saytida. — genomik tahlil
  
• 
  Arlequin — populyatsiya genetik maʼlumotlarini tahlil qilish
  
• 
  Bioconductor — bu bioinformatika boʻyicha tadqiqotlar uchun koʻplab mustaqil paketlarni taqdim etadigan katta FLOSS loyihasi.
  
• 
  BioEdit — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta taxrir qilish uchun muharrir.
  
• 
  BioNumerics Arxivlandi 2012-08-19 Wayback Machine saytida. — universal dasturiy taʼminot toʻplami
  
• 
  BLAST — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasida tegishli ketma-ketliklarni qidirish
  
• 
  Clustal — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini taxrirlash.
  
• 
  DnaSP — DNK ketma-ketligi polimorfizmini tahlil qilish
  
• 
  FigTree — filogenetik daraxtlar muharriri
  
• 
  Genepop — populyatsiya genetik tahlili
  
• 
  Genetix — Populyatsiya genetik tahlili (faqat frantsuz tilida mavjud)
  
• 
  JalView —nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta tekislash uchun muharrir.
  
• 
  MacClade — interaktiv evolyutsion maʼlumotlarni tahlil qilish uchun pulli dasturidir.
  
• 
  MEGA — molekulyar evolyutsion genetik tahlil
  
• 
  Mesquite — qiyosiy biologiya Java dasturi
  
• 
  Muscle — nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligini koʻp taqqoslash. ClustalW ga qaraganda tezroq va aniqroq
  
• 
  PAUP — parsimoniya yordamida filogenetik tahlil
  
• 
  PHYLIP — filogenetik dasturiy taʼminot toʻplami
  
• 
  Phylo_win — filogenetik tahlil. Dastur grafik interfeysga ega.
  
• 
  PopGene —pulyatsiyalarning genetik xilma-xilligini tahlil qilish
  
• 
  Populations — populyatsiya genetik tahlili
  
• 
  PSI Protein Classifier — PSI-BLAST dasturi yordamida olingan natijalarning qisqacha mazmuni
  
• 
  Seaview — Filogenetik tahlil (GUI)
  
• 
  SplitsTree Arxivlandi 2018-03-14 Wayback Machine saytida. — filogenetik daraxtlarni qurish uchun dastur
  
• 
  UGENE — bu rus tilidagi bepul vosita, nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta marta taxrirlash, filogenetik tahlil, annotatsiya, maʼlumotlar bazalari bilan ishlash.
  
• 
  ZENBU — natijalar xulosasi