Mustaqil ish mavzu: genom ma’lumotlari asosida filogenetik daraxt tuzish

 

 

• 
  Filogenetik daraxtni tuzish. Dastlabki davrlarda filogenetik daraxtlar oqsil yoki nuklein kislota ketma-ketligiga ko’ra tiklangan. Maxsus xisoblash (filogenetik) usullaridan foydalanilgan xolda kiritiladigan ketma-ketliklarning ixtiyoriy sonlariga ko’ra daraxtlab tuzilgan. Xaqiqiatga yaqin kelish prinsipiga asoslangan o’lchov (kriteriy)- mazkur daraxt topologiyasi berilgan nukleotid ketma-ketliklari (saralangan) ning nisbatan ishonchli mos kelish o’lchovi bo’lib xisoblangan. Ba’zan Bayes prinsipi xam qo’llanilib, undan foydalanish kko’p xollarda baxslarga sabab bo’ladi. Ehtimolli kriteriy (haqiqatga yaqin) lar esa xisob-kitob uchun mashinada ko’p ish vaqtini talab etadi. “Maksimal ekonomiya” hamda kiritiluvchi ketma-ketliklar orasidagi masofani oldindan xisoblashga asoslangan bir qator kriteriylar nisbatan tez aniqlanadi.
  

Tuzilgan daraxtni chizilish turlari

Filogramma:
Qovurg’alar uzunligi evolyutsion masofaga proporsional.
Kladogramma:
Faqat topologiyasi namoyish etilgan, qovurg’alar uzunligi tanqid qilinadi.
Arabidopsis
Caenorhabditis
Drosophila
Anopheles
Tenebrio
Trout
Mus
0.1 substitutions per site
Arabidopsis
Caenorhabditis
Drosophila
Anopheles
Tenebrio
Trout
Mus

Daraxt tuzish usullari bir qator asosiy ko’rsatkichlar bilan baholanishi mumkin:

• 
  Daraxt tuzish usullari bir qator asosiy ko’rsatkichlar bilan baholanishi mumkin:
  
• 
  Samaradorlik –xisoblash uchun talab etiladigan vaqt va xotira;
  
• 
  Foydalilik –olingan ma’lumotlardan qandaydir foyda bor yoki olingan axborotning keraksizligi;
  
• 
  Qayta ishlanish –mazkur muammoli model uchun har safar turlicha ma’lumotlar kiritilganda, takroriy javoblar shunday bo’lish yo bo’lmasligi;
  
• 
  Hatolarga turg’unlik –ko’rib chiqilayotgan modelni yuborishdan oldin bo’ladigan mavhumliklarni yenga olishi;
  

Human
Chimp

Gorilla
Orangutan
Gibbon
Traditional
Human
Chimp
Gorilla
Orangutan
Gibbon
Molecular