Oqsillarni idenfikatsiyalash resursi

1.3. PIR World Wide Web (WWW) sayti
1-jadval

PIR ob'ekt identifikatorlari turlari va tashqi ma'lumotlar bazasi teglari o'rtasidagi yozishmalar
Yangi varaqda ochingSlaydni yuklab olish
PIR ob'ekt identifikatorlari turlari va tashqi ma'lumotlar bazasi teglari o'rtasidagi yozishmalar

GenBank, EMBL va DDBJdagi ko'plab yozuvlar kompozit yozuvlar bo'lsa-da (xabar qilingan nuklein kislotalar ketma-ketligidan tuzilgan), bu ma'lumotlar bazalariga qo'shilgan yangi yozuvlar odatda bitta manbadan kelib chiqadi. Ushbu ma'lumotlar ma'lumotlar bazasiga yuboriladi va ko'pincha ketma-ketlikni tavsiflovchi nashr yozuvda mavjud. Agar boshqacha belgilanmagan bo'lsa, biz yangi GenBank/EMBL/DDBJ yozuvlarini yagona hisobot sifatida ko'rib chiqamiz va ma'lumotlarni bitta ma'lumotnoma yozuvida taqdim etamiz (nashrga iqtibos berilganda nashrga tegishli). GenBank/EMBL/DDBJ kodlash hududi xususiyatlari (CDS) noyob PIR manba ketma-ketligiga mos keladi. PIR CDS xususiyatlarini tarjima qiladi va kompyuter tarjimasini CDS/tarjima kvalifikatori ostida taqdim etilgan ketma-ketlik bilan va iloji bo'lsa, nashrda ko'rsatilgan ketma-ketlik bilan taqqoslaydi. Mos kelishmovchiliklar qayd etiladi va imkoni boricha hal qilinadi; PIR manba ketma-ketligi tuzatilgan shaklga mos keladi. Qo'shilish uchun maxsus o'zaro havolalar CDS_PID (/db_xREF kvalifikatsiyasidan olingan) va asosiy GenBank/EMBL/DDBJ kirish raqami va CDS paydo bo'lgan yozuvning NID-ni o'z ichiga oladi. GenBankning oldingi versiyalarida, NCBIgi identifikatorlari CDS va GenBank nuklein kislotasi ketma-ketligi bilan bog'langan; ularning ba'zilari o'zaro mos yozuvlar sifatida ko'rinadi (mos ravishda NCBIP va NCBIN), lekin yangi GenBank identifikatorlari bilan almashtiriladi. Genomik tadqiqotlar instituti (TIGR) tomonidan Mycoplasma genitalium ( 17 ), Haemophilus influenzae ( 18 ) va Methanococcus jannaschii ( 19 ) genomik ketma-ketliklari uchun tayinlangan CDS identifikatorlari ham kirishga xos oʻzaro mos yozuvlar sifatida kiritilgan. Protein ma'lumotlar bankida (PDB) saqlangan koordinata ma'lumotlarida ketma-ketliklar paydo bo'ladigan bir nechta holatlar mavjud ( 16) .) boshqa joyda mavjud emas. Bunday hollarda PDB yozuviga o'zaro havolalar (PDB kodi bo'yicha) ulanish uchun maxsus o'zaro havolalar sifatida kiritiladi.Genom ma'lumotlar bazasi (GDB) ( 20 ), xamirturush gen nomi LISTA ma'lumotlar bazasi ( 21 ) va Drosophila genom ma'lumotlar bazasi (FlyBase) ( 22 ) kabi gen xaritalash ma'lumotlar bazalari genetik ma'lumotlarni, jumladan, standartlashtirilgan gen nomlari va belgilarini va xaritani jamlaydi. makromolekulyar ketma-ketlik ma'lumotlar bazalaridan mustaqil pozitsiyalar. PIR yozuvining GENETIKA yozuvi ushbu ma'lumotni o'z ichiga olishi va uni gen xaritalash ma'lumotlar bazalarida topilganlarga mos ravishda saqlash uchun tuzilgan. Ushbu ma'lumotlar tegishli ma'lumotlar markazi bilan hamkorlikda saqlanadi.