Tekshirdi: Maxammadiev Maxsud
Download 0.7 Mb. Pdf ko'rish
|
2- lab
|
Bajardi: Saparbayev U.M Tekshirdi: Maxammadiev Maxsud Guruh: 210-19 Bioinformatika va biomexanika fani 2-laboratoriya ishi Savol: 1. Nukleotidlar ketma-ketligini nom bo'yicha izlang ma'lum bir protein; Nukleotidlar, DNA va RNA molekullarini tashkil qiluvchi elementar zaxiralardir. Ular uchta asosiy qismlardan iborat: bir nitrogenli baz (adenin, guanin, sitozin yoki urasil), bir pentoz (bejik yoki riboz) va fosforik kislota. Bir nechta nukleotidlar ketma-ket qilinishi mumkin, bu esa pentoz va fosforik kislotalarning ketma-ketligiga bog'liq. Agar pentoz va fosforik kislota o'rtasida 3'-5' fosfodiester bog'lanish bo'lsa, shunday nukleotid 3'-5' ketma-ket holatida bo'ladi. DNA molekulasi quyidagi ko'rinishda ketma-ketligi mavjud: • Nukleotidlar, adenin (A) va guanin (G) bazalaridan iborat bo'lgan bir qator baz pairlarini tashkil qiladi. Adenin va guanin bazi bir boshqa nukleotid bilan hidrojen bog'lanish orqali alohida. • Boshqa nukleotidlar, sitozin (C) va timin (T) bazalaridan iborat bo'lgan boshqa bir qator baz pairlarini tashkil qiladi. Sitozin va timin bazi ham bir boshqa nukleotid bilan hidrojen bog'lanish orqali alohida. RNA molekulasi esa, bazalarning o'zaro RNA molekulasi bilan yoki DNA molekulasidagi bazlarga mos keladigan bazlari bilan ketma-ket qilinishi orqali ketma-ketligini tashkil etadi. RNA molekulasida timin bazasi o'rniga urasil bazasi bor. Savol: 2. Muayyan protein haqida ilmiy maqolalarni qidirish (Antibody lar haqida) Antibodylar: Antibodylar, organizmni tashqi zararli mikroorganizmlar, viruslar va boshqa zararli jismlardan himoya qilishda asosiy rol o'ynaydilar. Antibodylar, antigenlar bilan aloqador bo'lgan va ularni tanib olib, ularga qarshi kurashishda yordam beradi. Biror turdagi protein haqida ilmiy maqolalar topish uchun, quyidagi veb-saytlarni foydalanish mumkin: PubMed: Bu ABD National Library of Medicine tomonidan yaratilgan va aholi uchun bepul maqola ma'lumotlarini taqdim etadi. PubMed-da yuzlab ilmiy jurnallar, kitoblar va maqolalar mavjud. Aynan protein nomini qidirishingiz mumkin va uni yuzlab maqolalar bilan bog'liq ma'lumotlarni topishish mumkin. ScienceDirect: Bu Elsevier tomonidan yaratilgan veb-sayt, ilmiy jurnallarning elektron versiyalari, kitoblar va konferentsiyalar mavjud. Protein nomini qidirib, uni taqdim etuvchi jurnallar bilan bog'liq maqolalarni topish mumkin. PLOS: Bu bir yarim-avtonom Open Access jurnal mavjud. Bu saytda yuzlab maqola o'qish mumkin. Google Scholar: Bu Google tomonidan yaratilgan, muayyan protein haqida ilmiy maqolalar bilan bog'liq turli manbalarni tashkil etadi. Ushbu saytda yuzlab ilmiy jurnallarning ko'plab versiyalari mavjud. ResearchGate: Bu sayt, ilmiy jurnallarning jurnalistik va adabiyot dasturlaridan foydalanib, ilmiy maqolalar va qisqa izohlar yuklash imkoniyatini beradi. Bu saytda muayyan protein haqida ilmiy maqolalar topish mumkin. Bundan tashqari, o'zining so'zini qo'llab-quvvatlash maqsadida, ilg'or maqolalar yozgan jurnallarning veb-saytlari ham bor. Ularning eng yiriklari quyidagilardir: Nature Science Cell The Journal of Biological Chemistry Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) Misol: Pubmed manbasidan foydalandim. Sayt uchun rasmiy havola: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ Va sahifadan qidiruv bo’limi orqali Kerakli protein turini qidiramiz. Bu jarayon yuqoridagi boshqa manbaa va saytlarda ham shu tartibda amalga oshadi. Savol: 3. Oqsilning 3D tuzilishini tavsiflovchi faylni oling Fayl nomi: 1AKI.pdb Fayl tavsifi: Bu fayl Protein Data Bank (PDB) formatida oqsilning 3D kristal strukturasini ko'rsatadi. Faylda oqsilning atomlarining koordinatalari, tashqi va ichki bog'lanishlari, va ularning o'zaro masofasi kabi ma'lumotlar mavjud. Faylda proteinning tashqi qismi (protein fonlari) va uning ichki qismi (heliks va beta-laplar) ko'rsatilgan. Faylda aynan shu tuzilishdagi proteinning har bir atomi haqida ma'lumotlar mavjud. Fayl bilan ishlash uchun ko'plab chertish dasturlari mavjud, misol uchun PyMol va VMD kabi. Faylni quyidagi manzildan yuklab olishingiz mumkin: https://www.rcsb.org/structure/1AKI Savol: 4. 3D-brauzer yordamida oqsilning uchinchi darajali tuzilishini o'rganish. NCBI-da ENTREZ avtomobili 1. ENTREZ saytiga (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) kirib, "Protein" bo'limiga kirib, oqsilning nomini yoki sekvenssasini qidirdim. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=ENTREZ va proteinlar bo’limidan bo’limni tanladim. 1-natijaning profil sahifasiga kirdim: 2-qadam. Display bo’limidan proteinning grafik jihatdan kodlangan ko’rinishini ko’rishimiz mumkin. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AAA37322.1?report=graph BU yerda esa, protein 3D ko’rinishiga o’tish uchun sahifada bunday qism mavjud: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?Dopt=s&uid=932 4 Bunga qo’shimcha tarzda: Download 0.7 Mb. Do'stlaringiz bilan baham: 
|