Termiz davlat universiteti Tabiiy fanlar fakukteti Biologiya ta’lim yõnalishi 3 kurs 320 guruh talabasi Usmonova Munisaning Bioinformatika fanidan tayyorlagan taqdimoti

Ketma-ketliklarni taqqoslash masalasini ko’rib chiqaylik. Bunda bir ketma-ketlik ikkinchisining pasiga yoziladi. attgtACcTCgTgG-AA---- -----AC-TCaTaGcAAccag Bunda ikki ketma-ketlik shunday solishtirilishi kerakki, tasodiflar soni maksimal qiymatga erishsin (juftlab taqqoslash (tekislash)). Tekislashtirishning sifati mos kelmagan harflar va probellar uchun (ko’proq mos keluvchi ketma-ketliklarga ega bo’lish uchun ba’zan ketma-ketliklar surilganida bo’sh joylar qoladi) jarima belgilash orqali aniqlanadi.

• Ketma-ketliklarni taqqoslash masalasini ko’rib chiqaylik. Bunda bir ketma-ketlik ikkinchisining pasiga yoziladi. attgtACcTCgTgG-AA---- -----AC-TCaTaGcAAccag Bunda ikki ketma-ketlik shunday solishtirilishi kerakki, tasodiflar soni maksimal qiymatga erishsin (juftlab taqqoslash (tekislash)). Tekislashtirishning sifati mos kelmagan harflar va probellar uchun (ko’proq mos keluvchi ketma-ketliklarga ega bo’lish uchun ba’zan ketma-ketliklar surilganida bo’sh joylar qoladi) jarima belgilash orqali aniqlanadi.

Shu tariqa, ketma-ketlik sekvenirlanganidan keyin ma’lumotlar bazasidan unga o’xshash ketma-ketliklar qidirilib, uning vazifasi haqida birlamchi ma’lumot olish imkonini beradi. Agar ikkita xarf o’zoro mos kelsa, demak bu soxa funksional muxim xisoblanadi. Aminokislotalar almashinuvi oqsil xossalariga ta’sir ko’rsatmasligi yoki butkul o’zgartirib yuborishi mumkin. Masalan, lizin aminokislotasi leytsin bilan almashib qolsa, mazkur oqsilning vazoviy strukturasi va xossalari butkul o’zgarib ketishi mumkin. Lizinning arginin bilan almashinishi esa deyarli hech qanday o’zgarishlarga sabab bo’lmaydi. Shuning uchun aminokislota ketma-ketliklari taqqoslanayotganida aminokislota qoldiqlarini qarshi qo’yish matritsasi ham inobatga olinadi (o’xshash, bir oz o’xshash, o’xshamaydigan). Ikkita ketma-ketlikni tekislashtirish –ularni yonma-yon qo’yib, ular orasidagi probellar shunday qo’yiladiki, bunda ularning umumiy uzunligi bir hil bo’lishi kerak.

• Shu tariqa, ketma-ketlik sekvenirlanganidan keyin ma’lumotlar bazasidan unga o’xshash ketma-ketliklar qidirilib, uning vazifasi haqida birlamchi ma’lumot olish imkonini beradi. Agar ikkita xarf o’zoro mos kelsa, demak bu soxa funksional muxim xisoblanadi. Aminokislotalar almashinuvi oqsil xossalariga ta’sir ko’rsatmasligi yoki butkul o’zgartirib yuborishi mumkin. Masalan, lizin aminokislotasi leytsin bilan almashib qolsa, mazkur oqsilning vazoviy strukturasi va xossalari butkul o’zgarib ketishi mumkin. Lizinning arginin bilan almashinishi esa deyarli hech qanday o’zgarishlarga sabab bo’lmaydi. Shuning uchun aminokislota ketma-ketliklari taqqoslanayotganida aminokislota qoldiqlarini qarshi qo’yish matritsasi ham inobatga olinadi (o’xshash, bir oz o’xshash, o’xshamaydigan). Ikkita ketma-ketlikni tekislashtirish –ularni yonma-yon qo’yib, ular orasidagi probellar shunday qo’yiladiki, bunda ularning umumiy uzunligi bir hil bo’lishi kerak.