Tiplarning filogenetik munosabatlari

Fayl formatlari tahrirlash

Daraxtlar turli xil formatlarda kodlanishi mumkin, ularning barchasi daraxtning ichki tuzilishini ifodalashi kerak. Ular filial uzunligi va boshqa xususiyatlarni kodlashi yoki kodlamasligi mumkin. Standartlashtirilgan formatlar mavjud dasturiy ta'minotga import qilish qiyin bo'lgan grafik chiqishiga tayanmasdan daraxtlarni tarqatish va almashish uchun juda muhimdir. Odatda ishlatiladigan formatlar
Turli turlardagi ketma-ket genlar yoki genomik ma'lumotlar asosida ishlab chiqarilgan filogenetik daraxtlar evolyutsion tushunchani berishi mumkin bo'lsa-da, bu tahlillar muhim cheklovlarga ega. Eng muhimi, ular yaratadigan daraxtlar mutlaqo to'g'ri emas - ular kiritilgan taksonlarning evolyutsiya tarixini aniq ko'rsatishi shart emas. Har qanday ilmiy natijada bo'lgani kabi, ular keyingi o'rganish (masalan, qo'shimcha ma'lumotlarni to'plash, mavjud ma'lumotlarni takomillashtirilgan usullar bilan tahlil qilish) orqali qalbakilashtirilishi mumkin. Ularga asoslangan ma'lumotlar shovqinli bo'lishi mumkin tahlil genetik rekombinatsiya, gorizontal gen o'tkazish, duragaylashdan oldin daraxtda eng yaqin qo'shni bo'lmagan turlar o'rtasidagi duragaylanish, konvergent evolyutsiya bilan chalkashishi mumkin.
Bundan tashqari, tahlilni bitta gen yoki oqsil kabi bir turdagi belgilarga yoki faqat morfologik tahlilga asoslashda muammolar mavjud, chunki boshqa bog'liq bo'lmagan ma'lumotlar manbasidan qurilgan bunday daraxtlar ko'pincha birinchisidan farq qiladi va shuning uchun katta e'tibor talab etiladi. turlar orasidagi filogenetik munosabatlar haqida xulosa chiqarishda. Bu genlarning lateral o'tkazilishi va rekombinatsiyasiga duchor bo'lgan genetik materialga to'g'ri keladi, bu erda turli xil haplotip bloklari turli tarixga ega bo'lishi mumkin. Ushbu turdagi tahlillarda bitta genning filogenetik tahlilining chiqish daraxti bu belgilar namunasi olingan taksonlar (ya'ni turlar daraxti) filogeniyasini emas, balki genning filogeniyasini (ya'ni gen daraxti) baholaydi. ideal holda, ikkalasi ham juda yaqin bo'lishi kerak. Shu sababli, jiddiy filogenetik tadqiqotlar odatda turli genomik manbalardan (masalan, mitoxondrial yoki plastid va yadro genomlaridan) kelib chiqadigan genlar kombinatsiyasidan yoki turli selektiv rejimlar ostida rivojlanishi kutilayotgan genlardan foydalanadi, shuning uchun gomoplaziya (noto'g'ri homologiya) tabiiy tanlanish natijasida yuzaga kelishi dargumon.
Yo'qolgan turlar tahlilga terminal tugunlar sifatida kiritilganda (masalan, ichki tugunlarni cheklash o'rniga), ular mavjud bo'lgan har qanday turning bevosita ajdodlari emas deb hisoblanadi. Yo'qolib ketgan turlar odatda yuqori sifatli DNKni o'z ichiga olmaydi.
Foydali DNK materiallari assortimenti ekstraktsiya va ketma-ketlik texnologiyalaridagi yutuqlar bilan kengaydi. Kichikroq bo'laklardan yoki DNK degradatsiyasi mahsulotlarining fazoviy naqshlaridan ketma-ketlikni aniqlashga qodir texnologiyalarni ishlab chiqish foydali deb hisoblangan DNK doirasini yanada kengaytiradi.
Filogenetik daraxtlar, shuningdek, boshqa ma'lumotlar turlaridan, jumladan, morfologiya, genlarning alohida turlarining mavjudligi yoki yo'qligi, kiritish va o'chirish hodisalari va evolyutsiya signalini o'z ichiga olgan boshqa har qanday kuzatishdan ham xulosa chiqarish mumkin.
Filogenetik tarmoqlar bifurkatsiyalangan daraxtlar mos bo'lmaganda qo'llaniladi, bu asoratlar tufayli namuna olingan organizmlarning evolyutsion tarixini ko'rsatadi.