Transkriptomika texnologiyalari

Transkriptomikadan oldin
Shaxsni o'rganish stenogrammalar transkriptomika yondashuvlari mavjud bo'lishidan bir necha o'n yillar oldin amalga oshirilgan. Kutubxonalar ning ipak kuya mRNA transkriptlari to'planib, ularga o'tkazildi bir-birini to'ldiruvchi DNK (cDNA) yordamida saqlash uchun teskari transkriptaz 1970-yillarning oxirlarida.^[13] 1980-yillarda Sanger usuli tasodifiy transkriptlarni ketma-ketligi, ishlab chiqarish uchun ishlatilgan ifodalangan ketma-ketlik teglari (EST).^{[2][14][15][16]} The Sangerning ketma-ketlik usuli paydo bo'lishiga qadar ustunlik qilgan yuqori ishlash usullari kabi sintez bilan ketma-ketlik (Solexa / Illumina). ESTlar ni aniqlashning samarali usuli sifatida 1990-yillarda mashhurlikka erishdi genlarning tarkibi bo'lmagan organizmning ketma-ketlik butun genom.^[16] Shaxsiy transkriptlar miqdori yordamida miqdoriy aniqlandi Shimoliy blotting, neylon membrana massivlariva keyinroq teskari transkriptaz miqdoriy PCR (RT-qPCR) usullari,^[17][18] ammo bu usullar juda mashaqqatli va faqat transkriptomning kichik bir qismini olish mumkin.^[12] Binobarin, transkriptomni bir butun sifatida ifodalash va tartibga solish usuli yuqori samaradorlik texnikasi ishlab chiqilmaguncha noma'lum bo'lib qoldi.
Dastlabki urinishlar
"Transkriptom" so'zi birinchi marta 90-yillarda ishlatilgan.^[19][20] 1995 yilda birinchi navbatda ketma-ketlikka asoslangan transkriptomik usullardan biri ishlab chiqilgan, gen ekspressionining ketma-ket tahlili Tomonidan ishlangan (SAGE) Sanger ketma-ketligi birlashtirilgan tasodifiy transkript fragmentlari.^[21] Transkriptlar fragmentlarni ma'lum genlarga moslashtirish orqali miqdoriy aniqlandi. Raqamli gen ekspresiyasi tahlili deb nomlangan yuqori samaradorlikdagi sekvensiya usullaridan foydalangan holda SAGE-ning bir varianti ham qisqacha ishlatilgan.^[9][22] Biroq, ushbu usullar asosan transkriptlarning yuqori o'tkazuvchanligi ketma-ketligi bilan o'zlashtirildi, bu esa transkript tuzilishi haqida qo'shimcha ma'lumotlarni taqdim etdi. qo'shilish variantlari.