International conference on bioinformatics of genome regulation

Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences
 Federal Agency for Scientific Organizations
Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics
THE TENTH
INTERNATIONAL CONFERENCE
ON BIOINFORMATICS
OF GENOME REGULATION
AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY 
Abstracts
BGRS\SB-2016
Novosibirsk, Russia
29 August – 2 September, 2016
Novosibirsk
2016

© FEDERAL RESEARCH CENTER 
    INSTITUTE OF CYTOLOGY AND GENETICS SB RAS, 2016
INTERNATIONAL PROGRAM COMMITTEE
Nikolay Kolchanov, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia 
Ralf Hofestädt, University of Bielefeld, Germany
Dmitriy Afonnikov, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Lubomir Aftanas, State Scientific-Research Institute of Physiology & Basic Medicine, Novosibirsk, Russia
Konstantin Anokhin, SIC “Kurchatov Institute”, Moscow, Russia
Tatyana Chernigovskaya, St. Petersburg State University, St. Petersburg, Russia
Ivo Grosse, Halle-Wittenberg University, Halle, Germany
Vladimir Ivanisenko, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Sergey Kabanikhin, Institute of Computational Mathematics and Mathematical Geophysics SB RAS, Novosibirsk,
Alexander Kel, geneXplain GmbH i.G., Wolfenbüttel, Germany
Elsa Khusnutdinova, Institute of Biochemistry and Genetics, Russian Academy of Sciences, Ufa, Russia
Alexey Kochetov, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Natalya Kolosova, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Fyodor Kondrashov, Centre for Genomic Regulation, Barcelona, Spain
Inna Lavrik, Otto von Guericke University, Magdeburg, Germany
Andrey Lisitsa, IBMC, Moscow, Russia
Yuri Matushkin, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Mikhail Moshkin, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Alexey Moskalev, Institute of Biology, Komi Science Centre
Evgeny Nikolaev, Institute of Energy Problems of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia
Yuriy Orlov, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Ivan Paponov, Norwegian Research Institute for Agriculture and the Environment, Norway
Sergey Peltek, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Aleksey Penin, Moscow State University, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia
Nikolay Podkolodny, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Vladimir Poroikov, Institute of Biomedical Chemistry, Moscow, Russia
Egor Prokhortchouk, Center of Bioengineering RAS, Moscow, Russia
Valery Puzyrev, Research Institute of Medical Genetics of the Academy of Medical Sciences, Tomsk, Russia
Alexander Ratushny, Institute for Systems Biology and thе Institute of Biomedical Research, Seattle, USA
Evgeny Rogaev, University of Massachusetts, USA
Andrey Rzhetsky, University of Chicago, USA
Elena Salina, Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia
Maria Samsonova, St. Petersburg State Polytechnic University, St. Petersburg, Russia
Elena Schwartz, Ariadne Diagnostics LLC, Rockville, USA
Andrey Seluyanov, University of Rochester, USA
Konstantin Skryabin, Center of Bioengineering RAS, Moscow, Russia
Mikhail Voevoda, Institute of Internal Medicine, Novosibirsk, Russia
CONTACTS
The Federal Research Center 
Institute of Cytology and Genetics 
The Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences
Russian Federation 
630090 Novosibirsk, Lavrentyeva, 10
Tel: [phone] 
Fax: [phone] 
URL - ICG SB RAS: www.bionet.nsc.ru 
URL - BGRS\SB-2016: http://conf.bionet.nsc.ru/bgrssb2016/
Organizing committee: [e-mail]
LOCAL ORGANIZING COMMITTEE 
Tatyana Chalkova, ICG SB RAS
Nadezhda Dmitrieva, NSU, ICG SB RAS
Nadezhda Glebova, ICG SB RAS
Tatyana Karamysheva, ICG SB RAS
Andrey Kharkevich, ICG SB RAS
Galina Kiseleva, ICG SB RAS
Evgenia Oshchepkovа, ICG SB RAS
Olga Petrovskaya, ICG SB RAS
Erlan Tokpanov, ICG SB RAS
Svetlana Zubova, ICG SB RAS (Chairperson)
ISBN 978-5-91291-026-5

Organizers
Sponsors
Institute of Cytology and Genetics, 
Siberian Branch of the Russian  
Academy of Sciences
Siberian Branch of the Russian  
Academy of Sciences
Siberian Branch  
of the Russian  
Academy of Sciences
Federal Agency for 
Scientific Organizations 
(FASO Russia)
The Vavilov Society  
of Geneticists and Breeders
Vavilov Journal  
of Genetics and Breeding
Khimexpert Ltd.
Kazan Federal 
Universiti
Eppendorf Russia Ltd.
Albiogen
Genotek Ltd.
Agilent Technologies Russia
Qvadros-Bio
DIA-M Ltd.
Chair of Information Biology, 
Novosibirsk State University
Company “Scientific service”   
Ltd.
The program “Genomics, 
proteomics and bioinformatics”  
of the SB RAS
Novosibirsk State University
Russian Foundation 
for Basic Research
SILVER SPONSORS
BRONZE SPONSORS
Bio-Rad
Roche Diagnostics Rus Ltd.

ИЦиГ СО РАН
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение
«Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики 
Сибирского отделения Российской академии наук» (ИЦиГ СО РАН)
директор – академик РАН Николай Александрович Колчанов
ИЦиГ СО РАН – это мультидисциплинарный, многопрофильный биологический институт с 
60-летней историей, проводящий исследования по ключевым направлениям, связанным с фе-
номеном наследственности (на уровне генов, геномов, клеток, организмов и популяций). ИЦиГ 
СО РАН по праву считается одним из ведущих биологических институтов в России, обладаю-
щим высокопрофессиональным кадровым составом.
В 2015 году образовался Федеральный исследовательский центр путем присоединения к Ин-
ституту цитологии и генетики СО РАН в форме филиала Сибирского научно-исследовательско-
го института растениеводства и селекции СО РАСХН (СибНИИРС).
Миссия ИЦиГ СО РАН: Решение приоритетных задач развития научно-технологического ком-
плекса РФ в области генетики и селекции растений, генетики и селекции животных, генетики 
человека и биотехнологии на основе методов молекулярной генетики, клеточной биологии и 
биоинформатики.
Стратегическая задача: Проведение полных циклов исследований от генерации фундамен-
тальных знаний до прикладных разработок в области генетики и селекции растений, генетики 
и селекции животных, генетики человека и биотехнологии на основе методов молекулярной 
генетики, клеточной биологии и биоинформатики, имеющих приоритетное значение для ре-
шения задач агропромышленного, биотехнологического, биологического и фармацевтического 
комплексов России.
Кадровый состав: в составе ИЦиГ СО РАН насчитывается 63 научных подразделения, в кото-
рых работает 990 человек, в том числе 417 научных работников, из которых 175 сотрудников в 
возрасте до 39 лет, 2 советника РАН, 4 академика РАН, 3 члена-корреспондента РАН, 58 доктор-
ов наук, 247 кандидатов наук (по данным на конец 2015 года).
Аспирантура: На конец 2015 года в аспирантуре ИЦиГ СО РАН обучалось 69 аспирантов. 
Публикации: Институт активно печатается в российских и зарубежных журналах и является 
в российской биологии одним из признанных лидеров. В 2015 году опубликовано 202 статьи, 
зарегистрированных в международной базе Web of Knowledge (WoS), общее количество статей 
в рецензируемых журналах более 370. Статьи Института цитировались в WoS в 2015 г.  более 
4 000 раз. 
Инфраструктура ИЦиГ СО РАН: УНУ «Центр генетических ресурсов лабораторных живот-
ных (ЦГР)» и 7 центров коллективного пользования (http://www.bionet.nsc.ru/uslugi/).
Имущественный комплекс: земельный участок площадью 35 тыс. га, закрепленный на пра-
ве постоянного пользования; 85 тыс. кв. м рабочих площадей, расположенных на территориях 
Советского района г. Новосибирска, Барышевского сельского совета НСО, в Искитимском и 
Черепановском районах НСО, в пос. Краснообск НСО. 
Федеральный исследовательский центр ИЦиГ СО РАН приглашает к сотрудничеству научные 
и коммерческие организации!
Адрес: 630090, Россия, Новосибирск, проспект Академика Лаврентьева, 10, ИЦиГ СО РАН
Тел./факс: [phone]
URL: www.bionet.nsc.ru
E-mail: [e-mail]

5
THE TENTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY
CONTENTS
SMALL MOLECULE AGONISTS OF RELAXIN RECEPTOR
A.I. Agoulnik, I.U. Agoulnik, X. Hu, C. Myhr, Z. Huang, B.A. Ho, E. Barnaeva, J. Xiao, 
M. Ferrer, N.T. Southall, J.J. Marugan 
25
THE ROLE OF FUNCTIONAL DOMAINS OF DROSOPHILA SEPTIN PNUT
K.A. Akhmetova, N.V. Dorogova, M.L. Balasov, S.A. Fedorova, I.N. Chesnokov 
26
A FUNCTIONAL ANALYSIS OF SEPTIN PROTEINS IN DROSOPHILA MELANOGASTER S2 CELLS
A.L. Alekseeva, E.N. Andreyeva, L.A. Yarinich, A.V. Pindyurin, S.A. Fedorova
 
 
27
APPROACH TO PREDICTING THE SOLUBILITY/INSOLUBILITY OF E. COLI PROTEINS BASED ON THEIR 
PRIMARY STRUCTURE USING SEQUENCE NORMALIZATION AND MACHINE LEARNING TECHNIQUES
 
N.A. Alemasov, N.V. Ivanisenko, K.S. Antonets, A.A. Nizhnikov, V.A. Ivanisenko  
28
THE FUNCTIONAL INTERACTIONS OF PLEIOTROPIC PROTEIN YB-1 WITH KEY BASE  
EXCISION REPAIR FACTORS
 
E.E. Alemasova, N.A. Moor, K.N. Naumenko, P.E. Pestryakov, O.I. Lavrik 
29
THE P53 FAMILY IN CANCER BIOLOGY
  
I. Amelio, F. Bernassola, T.W. Mak, G. Melino
 
30
CHANGE OF THE SCENARIO OF THE TRP-CAGE MINIPROTEIN FOLDING WITH TEMPERATURE
 
V.A. Andryushchenko, S.F. Chekmarev 
31
AGING AND CANCER: STATE-OF-ART AND PROSPECTS FOR PREVENTION
  
V.N. Anisimov  
32
VLINCRNA DATABASE: TOOL FOR VERY LONG INTERGENIC NON-CODING RNA FUNCTIONAL 
ANNOTATION
 
D. Antonets, Y. Vyatkin, D. Luppov, P. Kapranov, M. Ri, O. Saik, D. Shtokalo 
33
POXVIRAL CHEMOKINE-BINDING PROTEINS: THEORETICAL STUDY OF STRUCTURE  
AND FUNCTION EVOLUTION 
 
D.V. Antonets, K.V. Gunbin, T.S. Nepomnyashchikh
 
34
TRANSCRIPTOME WIDE PREDICTION OF LNCRNA-RNA INTERACTIONS BY A THERMODYNAMICS 
ALGORITHM
 
I.V. Antonov, M.A. Zamkova, A.V. Marakhonov, M.Y. Skoblov, Y.A. Medvedeva 
35
DIFFERENTIAL ALTERNATIVE SPLICING IN RATS BRAIN TISSUES SELECTED BY AGGRESSIVE 
BEHAVIOUR 
 
V.N. Babenko, A.O. Bragin, I.V. Chadaeva, Y.L. Orlov 
36
MOLECULAR MODELING OF INFLUENZA VIRUS H1N1 HEMAGGLUTININ INHIBITION  
BY CAMPHOR IMINES 
 
D.S. Baev, A.S. Sokolova, O.I. Yarovaya, T.G. Tolstikova, V.V. Zarubaev  
37
THE USE OF DISCIMINANT ANALYSIS AND ARTIFICIAL NEURONAL NETWORK  
IN BREAST CANCER DETECTION
 
U.S. Bagina, L.V. Shchegoleva, T.O. Volkova  
38
DE NOVO SEQUENCING AND COMPARATIVE ANALYSIS OF CHLOROPLAST GENOMES FOR FOUR 
FERNS OF DRYOPTERIS AND ADIANTUM GENERA
  
M.S. Belenikin, A.A. Krinitsina, S.V. Kuptsov, M.D. Logacheva, A.S. Speranskaya
 
39
EVOLUTION OF RESTRICTION-MODIFICATION SYSTEMS IN LARGE SCALE
 
O.I. Bezsudnova, I.S. Rusinov, A.S. Ershova, A.S. Karyagina, S.A. Spirin, A.V. Alexeevski 
40
HOW TO ACCOMPLISH A RAPID DEFENSE AGAINST FOREIGN DNA – RESTRICTION- 
MODIFICATION SYSTEMS AND IMPLICATIONS FOR SYNTHETIC GENE CIRCUITS
 
B. Blagojevic, M. Djordjevic, M. Djordjevic
 
41

6
THE TENTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY
STATISTICS OF INTERVALS BETWEEN SIMILAR MONOMERS: A COMPLEMENTARY  
WAY TO ASSESS THE STRUCTURAL PROPERTIES OF BIOLOGICAL POLYMERS
 
M.I. Bogachev, A.R. Kayumov, O.A. Markelov
 
42
HUMAN AUTHENTICATION USING ELECTROCARDIOGRAM 
 
M.R. Bogdanov  
43
INTERSPERSED REPETITIVE SEQUENCES DISTRIBUTION IN HUMAN CHROMOSOMES  
ANALYZED BY IN SITU HYBRIDIZATION AND IN SILICO ANALYSIS
 
A.G. Bogomolov, T.V. Karamysheva, N.B. Rubtsov
 
44
THE SOFTWARE FOR ESTIMATION OF TELOMERE LENGTH ON INDIVIDUAL CHROMOSOME  
ARMS IN IMMUNOPATHOLOGY
 
A.G. Bogomolov, M.S. Barkovskaya, N.B. Rubtsov, V.A. Kozlov
 
45
RIBOSOMAL GENES AS PHYLOGENETIC MARKERS FOR STUDING EVOLUTION OF BLUE-FLOWERED FLAXES
 
N.L. Bolsheva, N.V. Melnikova, A.A. Dmitriev, M.S. Belenikin, A.S. Speranskay, A.A. Krinitsina,  
G.S. Krasnov, V.A. Lakunina, A.V. Snezhkina, A.F. Sadritdinova, T.A. Rozhmina, А.V. Amosova,  
T.E. Samatadze, O.Yu. Yurkevich, N.G. Shostak, S.A. Zoshchuk, A.V. Kudryavtseva, O.V. Muravenko  46
SIBERIAN LARCH CHLOROPLAST GENOME ANALYSIS OVER TRIPLET FREQUENCY DISTRIBUTION
E.I. Bondar, Y.A. Putintseva, K.V. Krutovsky
 
47
THE OPPOSING EFFECTS OF SHORT- AND LONG-TERM SOCIAL STRESS ON PREFRONTAL CORTEX 
TRANSCRIPTOME
 
N.P. Bondar, L.O. Bryzgalov, N.E. Ershov, F.E. Gusev, V.V. Reshetnikov, D.F. Avgustinovich,  
M.V. Tenditnik, E.I. Rogaev, T.I. Merkulova 
48
RNA-SEQ DATA ANALYSIS OF RATS WITH AGGRESSIVE BEHAVIOR IN THREE BRAIN AREAS
 
A.O. Bragin, A.L. Markel, V.N. Babenko, I.V. Chadaeva, E.S. Tiys, Y.L. Orlov
 
 
49
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МИКРОФЛЮИДИКИ DOLOMITE ДЛЯ СЕКВЕНИРОВАНИЯ  
ТРАНСКРИПТОМОВ ОТДЕЛЬНЫХ КЛЕТОК
 
D. Britt
al 
 
50
DELINEATING SINGLE CELL LIFE/DEATH DECISIONS IN THE CD95/FAS NETWORK
 
J.H. Buchbinder, D. Pischel, K. Sundmacher, R.J. Flassig, I.N. Lavri
k 
 
51
MODELING OF TWO PHASES IN DROSOPHILA SENSORY ORGAN PRECURSOR CELL DETERMINATION
 
T.A. Bukharina, D.P. Furman, V.P. Golubyatnikov, M.V. Kazantsev
 
52
NUMERICAL MODEL OF
 
DROSOPHILA SENSORY ORGAN PRECURSOR CELL DETERMINATION
 
T.A. Bukharina, D.P. Furman, V.P. Golubyatnikov, M.V. Kazantsev
 
53
EVOLUTION FEATURES OF THE THREE CODON POSITIONS IN GENE OF ENVELOP  
PROTEIN E FOR DIFFERENT GENOTYPES OF THE TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS
 
Yu.S. Bukin, Yu.P. Dzhioev, I.V. Kozlova, S.E. Tkachev, D.O. Kiselev, A.I. Paramonov,  
O.N. Reva, V.I. Zlobin
 
54
STOCHASTIC MODEL OF SPECIATION, WHICH DESCRIBES THE EVOLUTIONARY BRANCHING  
PROCESS WITHIN THE SPECIES FLOCK IN A CLOSED ECOSYSTEM
 
Yu.S. Bukin, D.Yu. Sherbakov
 
55
ONLINE SCRIPTING TOOL FOR RETRIEVING 3D HUMAN GENOME DATA
 
A. Butyaev, J. Waldispüh  
56
UGENE: A TOOLKIT FOR TEACHING STUDENTS
 
I.V. Bykova, O.I. Golosova, A.Y. Bakulina, D.A. Afonnikov, D.Y. Kandrov, A.Y. Palyanov,  
G.A. Grekhov, Y.E. Danilova
 
57
GENE ONTOLOGY ANALYSIS AND NETWORK RECONSTRUCTION FOR GENES RELATED TO AGING 
DISEASES AND BEHAVIOR
 
I.V. Chadaeva, O.V. Saik, V.N. Babenko 
58

7
THE TENTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY
ANTIOXIDANT RESPONSE ELEMENT CONTROLS LYSOSOMAL BIOGENESIS MASTER-REGULATOR GENES
 
A.V. Chechushkov, N.K. Zenkov, E.B. Menshchikova 
59
SOFTWARE MODULE FOR INTEGRATION OF SBML-WRITTEN MATHEMATICAL MODELS  
OF MOLECULAR GENETIC SYSTEMS FOR THE HAPLOID EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR  
3D SOFTWARE PACKAGE
 
A.D. Chekantsev, S.A. Lashin  
60
A SPATIAL MODEL OF PLANT INTERACTOME AND LONG NON-CODING RNA
 
M. Chen 
61
LONG-TERM SPACEFLIGHT MEDIATED CHANGES IN PROMOTER LANDSCAPE  
IN ZEB
RAFISH TISSUES 
A.V. Cherkasov, K.V. Arshavsky, V.N. Sychev, M.A. Levinskikh, O.A. Gusev
 
62
SIMULATION OF ENHANCER EVOLUTION IN A COMPUTATIONAL MODEL  
OF THE DROSOPHILA GAP GEN
E NETWORK 
A.A. Chertkova, J. Schiffman, K.N. Kozlov, M.G. Samsonova, S.V. Nuzhdin, V.V. Gursky
 
63
FUNCTIONAL ANALYSES ON THE MECHANISM OF INDUCTION OF ANHYDROBIOSIS  
IN THE MIDGE POLYPEDILUM VANDERPLANKI  
R. Cornette, K-I. Iwata, S. Kikuta, Y. Sogame, T. Okuda, T. Kikawada  
64
MODELING OF THE BLOOD FLOW IN THE NARROWED VESSELS
 
S.G. Davydova, E.A. Biberdorf  
65
STRUCTURAL PATTERNS AMONG THE DIVERSITY OF FLAVIN-DEPENDENT  
OXIDOREDUCTASES FROM LUMINOUS BACTERIA AND E. COLI
 
A.A. Deeva, E.A. Temlyakova, A.A. Sorokin, E.V. Nemtseva, V.A. Kratasyuk 
66
ANHYDROBIOSIS RELATED PROMOTERS IN PV11 CELL LIN
E 
R.M. Deviatiiarov, T. Kikawada, R. Cornette, O.A. Gusev  
67
GENE EXPRESSION PROFILING OF FLAX (LINUM USITATISSIMUM L.) UNDER EDAPHIC STRESS
 
A.A. Dmitriev, A.V. Kudryavtseva, N.V. Koroban, G.S. Krasnov, A.S. Speranskaya, A.A. Krinitsina, 
M.S. Belenikin, A.V. Snezhkina, A.F. Sadritdinova, O.Yu. Yurkevich, N.V. Kishlyan, T.A. Rozhmina,  
O.V. Muravenko, N.L. Bolsheva, N.V. Melnikova 
68
GENETICS AND PHYSIOLOGY OF WHEAT INFLORESCENCE DEVELOPMENT
 
O.B. Dobrovolskaya, P. Martinek, Yu.L. Orlov, A.A. Krasnikov, E.D. Badaeva, K.I. Popova,  
J. Salse, N. Watanabe
 
69
THE MANIFESTATION AND PHYTOHORMONE RESPONCE OF LEAF PUBESCENCE  
GENES IN BREAD WHEAT 
 
A.V. Doroshkov, A.V. Simonov, D.A. Afonnikov, T.A. Pshenichnikova 
70
A SOFTWARE SYSTEM FOR SIMULATING SOCIAL AND GENETIC ASPECTS OF DEAFNESS  
IN HUMAN POPULATIONS
 
I.S. Dyachenko, O.L. Posukh, M.S. Bady-Khoo, M.V. Zytsar, V.Yu. Mikhalskaia, G.P. Romanov, 
N.A. Barashkov, Yu.G. Matushkin, S.A. Lashin
 
71
SOME ASPECTS OF MOLECULAR EVOLUTION AND RECOMBINATIONAL VARIABILITY  
OF THE ZIKA VIRUS  
YP. Dzhioev, A.I. Paramonov, Y.S. Bukin, I.V. Kozlova, V.I. Zlobin
 
72
THE DISTANCE MATRIX BOOTSTRAPPING IN THE CASE OF QUANTITATIVE TRAITS 
V.M. Efimov, K.V. Efimov, V.Y. Kovaleva
 
73
METABOLITE PROFILING OF THE MOSS PHYSCOMITRELLA PATENS INOCULATED WITH PSEUDOMONAS
 
E.D. Egorova, N.A. Baraeva, S.V. Vinogradova 
74
DYNAMIC RECOGNITION OF 8-OXOGUANINE BY DIFFERENT PROTEIN FOLDS
 
A.V. Endutkin, C. Simmerling, D.O. Zharkov
 
75

8
THE TENTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY
AGEING OF MULTICELLULAR ORGANISMS AS A STAGE OF ONTOGENESIS
 
I.L. Erokhin 
76
OPISTHORCHIIDAE TRIAD: COMPARATIVE GENOMICS OF THE CARCINOGENIC  
LIVER FLUKES USING A DRAFT GENOME OF OPISTHORCHIS FELINEUS
  
N. Ershov, G. Fan, E. Prokhortchouk, V. Solovyev, D. Afonnikov, H. Yang, V. Mordvinov,  
X. Liu, K. Skryabin 
77
ELUCIDATION OF MOLECULAR SIGNAL OF TRANSCRIPTION RESPONSE TO DESICCATION 
STRESS IN CHIRONOMID P. VANDERPLANKI
 
E.I. Shagimardanova, R.M. Deviatiyarov, T. Kikawada, O.A. Gusev  
78
STRUCTURAL BASIS FOR THE RECOGNITION AND PROCESSING OF DNA CONTAINING  
BULKY LESIONS BY THE MAMMALIAN NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR SYSTEM
 
A. Evdokimov, A. Popov, I. Petruseva, O. Lavrik
 
79
PRINCIPAL ORGANIZATION OF PHYSIOLOGICAL REGULATOR
 
V.I. Fedorov 
80
PHYLOGENY DEVELOPED OVER THE TRIPLET COMPOSITION OF MITOCHONDRIAL  
GENOMES: HIGH SYNCHRONY IN THE EVOLUTION OF TWO GENETIC SYSTEMS
 
V.S. Fedotova, M.G. Sadovsky, Yu.A. Putintseva  
81
INTEGRATION OF TRANSCRIPTOMIC AND PROTEOMIC DATA TO ELUCIDATE THE MECHANISM  
OF ACTION OF NOVEL COMPOUNDS: THE CASE OF THE ANTITUMOR PEPTIDE CIGB5
52 
J.R.F. Massó, T. N. de Villavicencio-Díaz, Y.R. Gómez, B.O. Argüelles, A.R. Ulloa, Y.C. García,  
O.G. Cruz, Y.P. Riverol, L.J. González, I. TiscorniaI, S. Victoria, M.B. Fogolín, V.B. Pérez,  
L.D. Roche, D.P. Gardon, I.G. Perez, D.V. Blomquist, L.N. Perez, Y.G. Rodriguez, M.G. Vallespi
 
82
THE SPATIAL MAP OF AVIAN GENOME
 
V. Fishman, N. Battulin, A. Maslova, O. Serov, A. Krasikova
 
83
A NEW ALGORITHM TO THE RECONSTRUCTION OF A SET OF POINTS FROM THE MULTISET  
OF N
2
 PAIRWISE DISTANCES IN N
2
 STEPS FOR THE DE NOVO SEQUENCING PROBLEM
 
E.S. Fomin 
84
MOLECULAR MODELING OF THE INTERACTION BETWEEN INDOLE LUPANE DERIVATIVES  
AND C-MYC/MAX HETERODIMER
 
T.S. Frolova, D.S. Baev, A.V. Petrova, E.K. Khusnutdinova, O.I. Sinitsyna
 
85
ALTERED CATECHOLAMINERGIC, SEROTONERGIC, GABAERGICS, AND GLUTAMATERGIC  
GENES EXPRESSION IN THE VENTRAL TEGMENTAL AREA OF MALE MICE UNDER CHRONIC 
SOCIAL DEFEAT STRESS: RNA-SEQ DATA
 
A.G. Galyamina, I.L. Kovalenko, D.A. Smagin, N.N. Kudryavtseva 
86
RECONSTRUCTION OF TRANSCRIPTION CONTROL NETWORK IN GENOME-REDUCED 
 BACTERIA BY HIGH-THROUGHPUT PROMOTERS IDENTIFICATION
 
I.A. Garanina, G.U. Fisunov, D.V. Evsutina, V.M. Govorun 
87
GENOME-WIDE TRANSCRIPTOMICS AS A PLATFORM FOR UNDERSTANDING THE UNUSUAL 
RESISTANCE TO MUSCLE ATROPHY IN HIBERNATING DORMICE
 
G.R. Gazizova, O.V. Tyapkina, O.S. Kozlova, M.D. Logacheva, L.F. Nurullin, I.M. Vikhlyantsev,  
O.A. Gusev  
88
SYSTEMIC RESPONSE TO GENETIC AND CHEMICAL MODULATION OF DDR REGULATING WILD  
TYPE  P53-INDUCED PHOSPHATASE IN SKIN, INTESTINE AND HEMATOPOIETIC SYSTEM
 
A.R. Goloudina, B.B. Grigorash, E.Y. Kochetkova, E. Appella, V.A. Pospelov, O.N. Demidov 
89
PREDICTING OF THERMODYNAMIC DATA OF MORPHOLINO ANALOGOUS OF NA BY COMPUTER 
APPROACH AND COMPARING WITH EXPERIMENTS
 
V.M. Golyshev, A.A. Lomzov 
90
TUMOR-SPECIFIC CELL FREE DNA AS A BIOMARKER OF METASTASIS
 
T.M. Gorbacheva, S.A. Solodskikh, V.Yu. Bashmakov, V.Yu. Panevina, A.Y. Maslov, V.N. Popov
 
91

9
THE TENTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE\SYSTEMS BIOLOGY
DNA DAMAGE INITIATING DEMETHYLATION: A REPAIR–EPIGENETIC CONNECTION
I.R. Grin, A.A. Ishchenko
 
92
CONSERVATION LEVEL OF THE KEY MEIOTIC PROTEINS REFLECTS THEIR FUNCTION  
AND INDEPENDENT EVOLUTION IN DIFFERENT LINEAGES OF EUKARYOTES
  
T.M. Grishaeva, Yu.F. Bogdanov  
93
A COMPUTATION SYSTEM FOR RANDOMIZATION-BASED ENRICHMENT ANALYSIS USING GPU: 
PERFORMANCE INVESTIGATION
 
M. Grishenko, A. Yakimenko, M. Khairetdinov, K. Gunbin
 
94
ACTIVE MAINTENANCE OF PHYLOTRANSCRIPTOMIC HOURGLASS PATTERNS IN PLANT  
AND ANIMAL EMBRYOGENESIS
 
H.-G. Drost, A. Gabel, I. Grosse, M. Quint 
95
THE EVOLUTION OF LANGUAGE-READINESS IN THE HOMININ LINEAGE: AN ANALYSIS OF OPEN 
CHROMATIN REGIONS IMPLICATED IN GENE REGULATION
K. Gunbin, A. Benítez-Burraco, F. Gusev, E. Rogaev 
96
SEARCHING FOR CYTOLYTIC GENETIC MARKERS OF NEWCASTLE DISEASE VIRUS  
USING COMPUTER ASSISTED ANALYSIS
 
K.V. Gunbin, M.R. Kabilov, K.S. Yurchenko, A.V. Glushchenko, A.M. Shestopalov, N.V. Gubanova
 
97
TRANSCRIPTOMIC ANALYSIS OF WHEAT ROOT  IN RESPONSE TO ESSENTIAL NUTRIENT  
DEFICIENCY: A GEMOME-WIDE COMPARATIVE STUDY
 
S. Gupta, B.S. Yadav, S. Freilich, P.K. Varadwaj  
98
TRANSCRIPTION BY ALTERNATIVE SIGMA FACTORS: REVISING THE RIGIDNESS PARADIGM
 
J. Guzina, M. Djordjevic
 
99
SCORING OF PROTEIN DOCKING BY GENE ONTOLOGY
 
A. Hadarovich, I. Anishchenko, A.V. Tuzikov, P.J. Kundrotas, I.A. Vakser
 
100
KATIS: INTEGRATIVE INFORMATION SYSTEM FOR COMPLEMENTARY MEDICINE
 
R. Hofestädt, V. Ogultarhan, A. Shoshi 
101
LONG NON-CODING RNAS IN FANTOM5
 
C.-C. Hon, J.A. Ramilowski, Y. Hayashizaki, P. Carninci, A. Forrest
 
102
IDENTIFICATION OF NEW CANDIDATE GENES FOR ELEVATED BODY MASS INDEX NEAR 
GWAS SNPS USING TRANSCRIPT ANNOTATIONS FROM ENSEMBL AND HAVANA PROJECTS
 
E.V. Ignatieva, V.G. Levitsky 
103
THE COMPENDIUM OF HUMAN GENES CONTROLLING FEEDING BEHAVIOR OR BODY WEIGHT, 
RECONSTRUCTION OF NETWORKS AND ANALYSIS OF THEIR PROPERTIES
 
E.V. Ignatieva, O.V. Saik, D.A. Afonnikov 
104
SYNTHESIS AND ACCUMULATION OF A NOVEL FUNCTIONAL FOOD COMPONENT IN TOMATO