Mirzo Ulug'bek nomidagi O'zbekiston Milliy Universiteti Biologiya fakulteti Biologiya yunalishi 4-kurs 401-guruh talabasi Safarov Sanjarbekning Bioinformatika fanidan

Mirzo Ulug'bek nomidagi O'zbekiston Milliy Universiteti Biologiya fakulteti Biologiya yunalishi 4-kurs 401-guruh talabasi Safarov Sanjarbekning Bioinformatika fanidan

Mavzu: tBlastn dasturi.

Reja:

1.Blast dasturi haqida ma'lumot.

2. tBlastn dasturi.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi.

• BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi.
• BLAST ga qanday kiriladi?
• Buning uchun kompyuterda internetni yoqib AQSHning Biotexnologik ma’lumotlar milliy markazi (NCBI) saytiga kiramiz. U yerdan BLAST bo’limi tanlaymiz. Bizda quyidagi oyna ochiladi.

Blast dasturi oynasi
Nucleotide BLAST- organizmdagi nukleotidni nukleotidga solishtiradi.
Blastx-nukleotidni proteinga o'tkazib beradi
tblastn-proteinni nukleotidga o'zgartirib beradi
Protein BLAST -organizmdagi proteinni proteinga solishtiradi.
Bizga tblastn kerakligi uchun shu dastur oynasi ustiga bosamiz.
tBLASTn dastuzi aminokislotalar ketma-ketligini nuklotid ketma-ketligiga utkazganligi sababli biz biron bir oqsilning aminokislota ketma ketligini olishimiz kerak. UniProt dasturiga kirib bu amalni bajaramiz
UniProt dasturida malum bir oqsilning aminokislota ketma-ketligini FASTA formatida nushalab olamiz.Shu nushalab olgan ketma-ketlikni olin tblastnning tegishli joyiga quyamiz.

Aminokislotalarni birinchi yuqoridagi qizil ko’rsatgichda ko’rsatilgan joyga ko’chirib olib qo’yamiz (Ctrl+C va Ctrl+V). Shundan so’ng ikkinchi ko’rsatkich ko’rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U yerda ayni vaqtda standart databases , rnk database, genomic databases chiqadi.Biz standart databasesni tanladik.Oxirgi ko’rsatkich Highly similar sequences – ‘juda ham o’xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko’rsatmoqda. Bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko’rsatib berishi uchun kerak. Shulardan keyin pastda chap tomonda turgan BLAST tugmasini bir marotaba bosamiz. Dastur bizga ma’lumotlar bazalaridagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o’xshash bo’lgan natijalarni ko’rsatib beradi. BLAST bosilganidan so’ng quyidagi oyna ochiladi:

• Aminokislotalarni birinchi yuqoridagi qizil ko’rsatgichda ko’rsatilgan joyga ko’chirib olib qo’yamiz (Ctrl+C va Ctrl+V). Shundan so’ng ikkinchi ko’rsatkich ko’rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U yerda ayni vaqtda standart databases , rnk database, genomic databases chiqadi.Biz standart databasesni tanladik.Oxirgi ko’rsatkich Highly similar sequences – ‘juda ham o’xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko’rsatmoqda. Bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko’rsatib berishi uchun kerak. Shulardan keyin pastda chap tomonda turgan BLAST tugmasini bir marotaba bosamiz. Dastur bizga ma’lumotlar bazalaridagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o’xshash bo’lgan natijalarni ko’rsatib beradi. BLAST bosilganidan so’ng quyidagi oyna ochiladi: