O’zbekiston Respublikasi Oliy ta’lim Fan va Innovatsiyalar vazirligi Zahiriddin Muhammad Bobur nomli Andijon Davlat Universiteti Tabiiy fanlar fakulteti Biologiya yo’nalishi

O’zbekiston Respublikasi
Oliy ta’lim Fan va Innovatsiyalar vazirligi
Zahiriddin Muhammad Bobur nomli
Andijon Davlat Universiteti
Tabiiy fanlar fakulteti Biologiya yo’nalishi
4 - bosqich 404-guruh talabasi
Baxodirova Zeboxonning
Bioinformatika fanidan tayyorlagan

KURS ISHI

Mavzu: Eukariot organizmlar gen tuzilishini bashorati
Kurs rahbar: Qodirova L .



Andijon– 2023
Mundarija:


Kirish………………………………………………………………………………3
I-Bob. Genetik ma'lumotlarni uzatish. Prokaryotlar va eukariotlar genomlari………………………………………………………………………….5
1.1. Genlarni tahlil qilish muammolari……………………………………...5
1.2. Genomdagi genlarning lokalizatsiyasi...................................................10
1.3. Prokaryotik genomlar………………………………………………….12
1.4. Eukaryotik genomlar…………………………………………………..16

II-Bob. Ochiq o'qish ramkalari, ORF-Finder dasturida ishlash va kodlash ketma-ketligi..........................................................................................................21

2.1. Noma'lum gen tomonidan kodlangan oqsilning faolligini batafsilroq o'rganish………………………………………………………………..….21

2.2. Ochiq o'qish ramkalari, ORF-Finder dasturida ishlash …………………...24

2.3. Ochiq o'qish ramkalari va kodlash ketma-ketligi (CDS)……………..29

Xulosa…………………………………………………………………………....33
Foydalanilgan adabiyotlar……………………………………………………..35


Eukariot organizmlar gen tuzilishini bashorati
Kirish.
ORF bu DNK ketma-ketligi bo'lib, u "ATG" boshlang'ich kodonidan boshlanadi (har doim ham emas) va uchta tugatish kodonlarining har biri (TAA, TAG, TGA) bilan tugaydi. Boshlanish nuqtasiga qarab, genetik kodga muvofiq har qanday nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotalar ketma-ketligiga o'tkazishning oltita mumkin bo'lgan (uchtasi oldinga siljishda va uchtasi to'ldiruvchi ipda) mavjud. Ular o'qish ramkalari deb ataladi.
Kodlash ketma-ketligi (CDS) oqsillarni hosil qilish uchun tarjima qilingan DNKning haqiqiy hududidir. ORF tarkibida intronlar ham bo'lishi mumkin bo'lsa-da, CDS kodonlarga bo'linishi mumkin bo'lgan nukleotidlarga (birlashtirilgan ekzonlarga) tegishli bo'lib, ular ribosomalarni tarjima qilish mexanizmi tomonidan aminokislotalarga aylanadi. Prokariotlarda ORF va CDS bir xil.
Oqsillarni kodlaydigan DNK hududlari avval messenjer RNKga transkripsiyalanadi, so'ngra oqsilga aylanadi. Faqatgina DNK ketma-ketligini tekshirish orqali biz oxirgi oqsilda paydo bo'ladigan aminokislotalarning ketma-ketligini aniqlashimiz mumkin. Tarjimada uchta nukleotidning kodonlari o'sib borayotgan oqsil zanjiriga keyingi qaysi aminokislota qo'shilishini aniqlaydi. Qaysi nukleotidni tarjima qilishni boshlash va qachon to'xtatish kerakligini hal qilish juda muhim, bu ochiq o'qish ramkasi deb ataladi.