Структуравий геномика

Структуравий геномика

Режа:

• Кириш
• Генларни аниклаш ва уларни функцияларини органиш усуллари
• Генлар экспрессияси ва унинг асосий богинлари
• РНК интерференция, транскрипция факторлари,оксиллар полиморфизми, геном регуляторлари, транскрипция, трансляция кисмлари.

Структуравий геномика

• МЕТОДЛАРИ:
• Экспериментал
• Моделлаштириш
• ВАЗИФАЛАРИ:
• Геномдаги нуклеотид кетма-кетликларни органиш
• Генларнинг чегаралари ва тузилишини аниклаш
• Генлар аро участкаларни ва регулятор генларни чегара ва тузилишини аниклаш

Геномика 5 хил болимларга болинади:

• Геномика 5 хил болимларга болинади:
• Структуравий геномика
• Функционал геномика
• Киёсий геномика
• Эволюцион геномика
• Тиббийёт геномикаси
• СТРУКТУРАВИЙ ГЕНОМИКА- геном малумотларининг тузилиши. Структуравий геномика натижасида нуклеотидларнинг кетма-кетлиги органилади.
• СЕКВЕНЛАШ- нуклеотидлар ёки аминокислоталар кетма-кетлигини аниклаш жараёни.
• Секвенлаш ( инглиз тилидан sequence- «кетма-кетлик» ) дегани.

КРЕЙГ ВЕНТЕР фикрича: «Барча организмлар уз аждодларига нисбатдан генетик жихатдан модификацияланган» « Мен, сиз ва Homo sapiens туриниг хар кандай вакили ортасида (бир зиготадан хосил болган эгизаклар бундан мустасно) миллионга якин генетик тафовутлар мавжуд» .

Генлар экспрессияси

• Генлар экспрессияси-ирсий ахборотни гендан белгига кадар болган реализацияси, яни ДНК даги нуклеотидлардан РНК ёки оксил шаклланиши.
• Генлар экспрессияси- органихмдаги асосий жараёндир. У бир катор кема-кет молекуляр боскичларни оз ичига олади:
• - хроматин шаблонини тайёрлаш
• - ДНК транскрипцияси
• - мРНК нинг йетуклиги ва рибонуклеопротеин заррачаларининг шаклланиши, уларнинг хужайра ичидаги транспорти ва трансляцияси.
• Ушбу боскичларнинг хар бири маълум бир омиллар топлами – молекуляр машиналар томонидан бошкарилади, улар одатда коп болинмали протеин комплекслари билан ифодаланади.

Маълумки генлар тирик организмлар хужайраларини ташкил этувчи барча молекулаларнинг тузилишини белгилайди, барча метаболизм жараёнларини бошкаради ва организмнинг ривожланиши дастурини оз ичига олади

• Маълумки генлар тирик организмлар хужайраларини ташкил этувчи барча молекулаларнинг тузилишини белгилайди, барча метаболизм жараёнларини бошкаради ва организмнинг ривожланиши дастурини оз ичига олади
• Исталган вактда, бактериядан одамгача болган хар кандай хужайра махсулотларни синтез килиш учун генларнинг факат бир кисмидан фойдаланилади
• Хужайранинг барча генлари бир вактнинг озида ишлаётган болиши мумкун эмас. Экспрессия болаётган генлар «ёник» , экспрессия болмаётган генлар «очик» хисобланади. Бу эса генлар экспрессиясини бошкарилишини англатади.

Эукариот хужайраларда 3 хил РНК-полемеразалар учрайди:

• Эукариот хужайраларда 3 хил РНК-полемеразалар учрайди:
• РНК-полемераза 1 – рибосомал РНК ни синтезига маъсул (рРНК)
• РНК –полемераза 2 – матрицали РНК (мРНК) синтезига
• РНК- полемераза 3 – транспорт РНК (тРНК) синтезига маъсул

Энхансерлар, сайлансерлар ва инсуляторлар

• Энхансерлар- промотрдан алохида ДНК кисмлари. Транскрипциянинг хар-хил омилига богланиб, маълум бир генлар транскрипциясини кучайтириб беради. Энхансерлар промотордан кейин ёки 10 та нуклеотидлар оралигида жойлашиши мумкун.
• Сайленсерлар- ДНК нинг регулятор элементлари болиб, транскрипция жараёнини оксил-репрессорлар ёрдамида сусайтиради.
• Инсуляторлар- махсус регулятор элементлар болиб ташкаридан келаётган сигналларни блоклаш кобилиятига эга.

А-энхансерга богланган промотор корсатилган Б-промотор ва энхансерлар ортасида активаторлар таъсирини блокловчи инсулятор жойлашган В-энхансер бошка бир якин оралигдаги промоторни активлаштириши мумкин Г- промотор занжирнинг куйи кисмида жойлашган энхансер таъсирида активлашиши мумкин

Процессинг. Сплайсинг

• Процессинг – интронларни рестриктазалар ёрдамида кесиш
• Сплайсинг- экзонларни бир-бирига лигаза ферменти ёрдамида улаш, бунинг натижасида мРНК хосил болади.
• Альтернатив сплайсинг- Баъзи мРНК экзонлари турли хил комбинацияларда уланиши мумкун ва турли матрица кетма-кетлигини хосил килиши мумкин. Бу организмга битта ген асосида турли тузилиш ва хусусиятларга эга оксилларни синтез килиш имконини беради

Рнк- интерференция (RNA silensing)

• РНК интерференцияси бу эукариотларда ген экспрессиясини транскрипциядан кейинги даражада бостирилиши, бу холат « ген сукути» деб ном олган.
• Dicer ферменти кошзанжирли РНК ни кесиб ташлайди, бундан хосил болган siРНК ва microРНК RISC комплексига тушади. RISC комплекси эса мРНК ни парчалаб ташлайди, шу билан трансляцияни олдини олади.