194-guruh talabasi Tilavoldiyeva Gavharning Bioinformatika fanidan

Mavzuning dolzarbligi: Bir nechta veb-saytlar (masalan, RCSB PDB . Bir nechta veb-saytlar (masalan, Shveytsariya modeli) foydalanuvchiga ketma-ketlik identifikatori yoki BLAST qidiruvi yordamida tuzilmalarni topishga imkon beradi. Entrez Structure va SRS 3D 7 ketma-ketlikni har qanday tegishli uch o‘lchamli tuzilishga moslashtirishga imkon beradi. Hozirgacha barcha ma'lum bo‘lgan oqsillarning 1% dan kamrog‘i uchun eksperimental uch o‘lchovli tuzilmalar aniqlangan (UniProt 8 da PDB dan oqsil ketma-ketligiga to‘g‘ridan-to‘g‘ri ulanishlar asosida). Biroq, barcha oqsillarning taxminan 42-48% uchun, ularning ketma-ketligining hech bo‘lmaganda bir qismi PDB yozuviga sezilarli darajada o‘xshash hisoblanadi, shuning uchun ba'zi tarkibiy ma'lumotlardan xulosa chiqarish mumkin bunday holatlar uchun qiyosiy modellarni taqdim etadi. Har bir xizmat “katta ketma-ketlik o‘xshashligini” aniqlash uchun biroz o‘zgarib turadigan chegara mezonlaridan foydalanadi (masalan, ba’zi hollarda tekislangan hududlar uzunligiga bog‘liq), lekin odatda PDB tuzilmasi bilan ketma-ketlikning > 40% identifikatori ma’lumotlarni yaratish uchun yetarli darajada yaxshi hisoblanadi. yuqori sifatli qiyosiy model tuzilishi 10 . Ushbu qiyosiy modellarga yagona konsolidatsiyalangan veb-saytda, Protein Model Portalida (PMP) 10 kirish mumkin.
Ishning maqsadi:
Bioinformatsion dasturlar, ketma –ketlik tahlillarini samarali yoritishga asos bo‘lmoqda, biroq yuqori strukturalarni to‘liq taxlil etish uchun hali ko‘p yillar davomida ish olib borishga to‘g‘ri keladi. Ketma –ketliklarni to‘g‘ri joylashtirish muammosi –zamonaviy molekulyar biologiyaning asosiy mavzusi hisoblanadi. Ushbu yo‘nalishninig paydo bo‘lishi dastlab aminokislotalarning chiziqli ketma–ketligi qanday qilib oqsilning uchlamchi strukturasini belgilashi haqidagi tadqiqotlarda aks eta boshladi. 1961 yilda ribonukleazaning to‘liq denaturatsiyaga uchraganligi va fermentativ faolligi va dastlabki strukturasining to‘liq qayta tiklanganligi namoyish etilgan. Shundan so‘ng birlamchi struktura uchlamchi strukturani belgilaydi degan xulosaga kelingan.