2 – amaliy mashg’ulot mavzu: Genom ma’lumotlar bazasi resurslari bilan tanishish. Ishdan maqsad

---

2 – AMALIY MASHG’ULOT 
Mavzu: Genom ma’lumotlar bazasi resurslari bilan tanishish. 
Ishdan maqsad: Genom ma’lumotlar tushunchasi, RGD da ishlab 
chiqarilgan genom vositalari. 
Nazariy qism: The Rat Genom ma'lumotlar bazasi (RGD) - bu kalamush 
uchun premyera joyi genomika, genetika, fiziologiya va funktsional ma'lumotlar, 
shuningdek, kalamush, odam va sichqoncha o'rtasida taqqoslanadigan genomika 
ma'lumotlari.[1] RGD biologik ma'lumotni tuzilgan lug'at yoki ontologiya, genlarga 
berilgan izohlar va miqdoriy xususiyat lokuslari (QTL) orqali kalamush genomiga 
biriktirish va kalamushlarning shtammlari haqidagi ma'lumotlarni birlashtirish va 
tadqiqot jamoatchiligiga taqdim etish uchun javobgardir. RGD Genomic 
Applications uchun dasturlar kabi guruhlar bilan ishlaydi. MCW va Yaponiyada 
kalamush uchun milliy bioResurs loyihasida (NBPR-Rat) turli xil kalamush 
shtammlari uchun to'liq fiziologik ma'lumotlarni to'plash va mavjud qilish. 
Shuningdek, ular qazib olish va kalamush uchun genomik, fiziologik va funktsional 
ma'lumotlarni tahlil qilish va kalamush, sichqoncha va odam uchun qiyosiy 
ma'lumotlarni tahlil qilish uchun vositalar to'plamini ishlab chiqmoqdalar.
RGD kalamush genetik va genomik tadqiqotlar bilan shug'ullanadigan etakchi 
tadqiqot muassasalari o'rtasida hamkorlikda harakat sifatida boshlandi. Uning 
maqsadi, RFA: HL-99-013 da aytilganidek, kalamush genom va genomik 
tadqiqotlar natijasida hosil bo'lgan ma'lumotlarni to'plash, birlashtirish va 
birlashtirish va bu ma'lumotlarni ilmiy jamoatchilikka keng tanishtirish uchun Rat 

---

Genom ma'lumotlar bazasini yaratish edi. Ikkinchi darajali, ammo muhim maqsad 
xaritalar joylashuvini miqdoriy xususiyatlar joylashuvi, ma'lum mutatsiyalar va 
boshqa fenotipik ma'lumotlar uchun kursatsiya qilish edi. Sichqoncha tadqiqotchilar 
tomonidan farmakologiya, toksikologiya, umumiy fiziologiya va kasalliklar 
biologiyasi va patofizyologiyasini o'rganish uchun namunali organizm sifatida keng 
qo'llanilmoqda.[4] So'nggi yillarda kalamushlarning genetik va genomik 
ma'lumotlarining tez o'sishi kuzatilmoqda. Bunga qo'shimcha ravishda, Rat Genom 
ma'lumotlar bazasi tadqiqot uchun kalamush haqida ma'lumot olishning markaziy 
nuqtasiga aylandi va endi nafaqat genetika va genomika, balki fiziologiya va 
molekulyar biologiya haqida ham ma'lumot beradi. Ushbu sohalarning barchasi 
uchun RGD xodimlari tomonidan boshqariladigan vositalar va ma'lumotlar 
sahifalari mavjudEntsiklopediya site:uz.wikisko.ru 
RGD ning Genom vositalari[10] ikkala RGD-da ishlab chiqilgan dasturiy vositalarni 
va uchinchi tomon manbalaridan olingan vositalarni o'z ichiga oladi. 
RGD da ishlab chiqarilgan genom vositalari 
RGD RGD ma'lumotlar bazasida saqlangan ma'lumotlardan kalamush va turlar 
bo'yicha tahlil qilish uchun foydalanishga mo'ljallangan veb-vositalarni ishlab 
chiqadi. Bunga quyidagilar kiradi: Genni izohlovchi: 
Gennnotnotator 
yoki 
GA 
vositasi 
gen 
belgilarining 
ro'yxatini, 
RGD 
identifikatorlarini, GenBankga qo'shilish raqamlarini, Ensembl identifikatorlarini va
yoki xromosoma mintaqasini oladi va gen ortologlari, tashqi ma'lumotlar bazalari 

---

identifikatorlari va RGD-dagi tegishli genlar uchun ontologik izohlarni oladi. 
Ma'lumotlarni Excel elektron jadvaliga yuklab olish yoki vositada tahlil qilish 
mumkin. "Izohlarni taqsimlash" funktsiyasi har bir atamaga izohlar bilan kirish 
ro'yxatidagi genlarning ulushi bilan har etti toifadagi atamalar ro'yxatini ko'rsatadi. 
"Taqqoslash issiqlik xaritasi" funktsiyasi kirish ro'yxatidagi genlar uchun izohlarni 
ikkita ontologiya yoki bir xil ontologiyaning ikkita filiali bo'yicha taqqoslash 
imkonini beradi. 
Variantli vizualizator: Variant Visualizer (VV) - bu kalamush shtammlariga 
xos ketma-ketlik polimorfizmlari uchun ko'rish va tahlil qilish vositasi. VV gen 
belgilarining ro'yxatini yoki genomik mintaqani xromosoma, boshlash va to'xtash 
pozitsiyalari yoki ikkita gen yoki marker belgilar bilan belgilanadigan ro'yxatni 
oladi. Shuningdek, foydalanuvchi o'zlarining qiziqish turlarini butun genom ketma-
ketligi mavjud bo'lgan va natijalar to'plamidagi variantlar uchun parametrlarni 
o'rnatishi mumkin bo'lgan shtammlar ro'yxatidan tanlashi kerak. Chiqish - bu 
variantlarning issiqlik xaritasi turi. Shaxsiy variantlar uchun qo'shimcha ma'lumotni 
"tafsilotlar oynasi" displeyida ko'rish mumkin. 
OLGA - Ob'ektlar ro'yxati ishlab chiqaruvchisi va analizatori: OLGA - bu 
foydalanuvchilarga bir nechta so'rovlarni bajarishga, har bir so'rovdan ob'ektlar 
ro'yxatini tuzishga va natijalarni moslashuvchan tarzda birlashtirishga imkon 
beradigan qidiruv tizimi. OLGA ontologik izohlarga yoki pozitsiyaga asoslangan 
holda ob'ekt belgilarining ro'yxatini yoki qidiruv parametrlarini oladi. Genlar, 
QTLlar yoki shtammlarning yakuniy ro'yxati vositadan GA Tool, Variant Visualizer 
yoki Genome Viewer-ga yuklab olinishi yoki yuborilishi mumkin. 
Genome Viewer: Genome Viewer (GViewer) vositasi foydalanuvchilarga 
funktsiyalar, biologik jarayon, uyali komponent, fenotip, kasallik, yo'l yoki 
kimyoviy ta'sirga izohlangan genlar, QTLlar va xaritalangan shtammlarning to'liq 
genom ko'rinishini beradi. GViewer bir nechta ontologiyalarda mantiqiy izlashga 
imkon beradi. Chiqish kalamush genomining kariotipiga qarshi ko'rsatiladi. 
Probe Designer-dan voz keching: Ortiqcha zondlar - bu takroriy niqoblangan 
genomik ketma-ketlikdan olingan va genomni xaritalash uchun yuqori o'ziga xos 
faollik zondlari sifatida ishlatiladigan 22mer oligonukleotidlar bilan bir-birining 
ustiga qisman yopishgan juftliklar. Overgo Probe Designer vositasi kirish sifatida 
nukleotidlar ketma-ketligini oladi va ularning 3 'uchida kerakli 8 ta nukleotidning 
ustma-ust tushishini o'z ichiga olgan optimallashtirilgan tekshiruvlar ketma-ketligini 
chiqaradi. 
ACP gaplotiperi: ACP Haplotyperi ACP loyihasining bir qismi sifatida 
tavsiflangan 48 ta kalamush shtammining har qanday o'rtasida konservalangan va 

---

saqlanmagan xromosoma zonalarini aniqlash uchun ishlatilishi mumkin bo'lgan 
"vizual haplotip" ni yaratadi. Tanlangan xromosoma va tanlangan shtammlar uchun 
vosita tanlangan genetik yoki RH xaritasida mikrosatellit markerlari uchun allel 
o'lchamlari ma'lumotlarini taqqoslaydi.[11] 
SNPlotyper: SNPlotyper - bu dbSNP va Ensembl-dan import qilingan Rat SNP 
ma'lumotlarini ko'rish va tahlil qilish vositasi. Bu foydalanuvchilarga shtammlar 
o'rtasida taqsimlangan haplotip bloklarini ko'rish va ikki yoki undan ortiq shtammlar 
o'rtasida ma'lumotli (polimorfik) markerlarni aniqlashga imkon beradi. SNPlotyper-
dagi ma'lumotlar eski genotiplash ma'lumotlari bo'lib, kalamush shtammlarining 
WGS-dan olingan shtammga xos variantlarni o'z ichiga olmaydi. 
RGD ma'lumotlari bilan ishlash uchun moslashtirilgan uchinchi tomon genom 
vositalari RGD RGD ma'lumotlar bazasida saqlangan ma'lumotlardan foydalangan 
holda veb-saytda foydalanish uchun moslashtirilgan bir nechta "uchinchi tomon" 
dasturiy vositalarini taklif qiladi. Bunga quyidagilar kiradi: 
Genom brauzerlari: 2015 yil iyul oyidan boshlab RGD sichqon, sichqoncha 
va odam uchun ma'lumotlarni ko'rish uchun ikki turdagi genom brauzerlarini qo'llab-
quvvatladi. Ikkala vosita, GBrowse va JBrowse tomonidan ishlab chiqilgan yoki 
ishlab chiqilmoqda Umumiy Model Organizm Ma'lumotlar Bazasi. Ushbu vositalar 
foydalanuvchiga tegishli turlarning genomida genetik belgining (ketma-ketlik, gen, 
lokus, marker va / yoki oligonukleotid) o'rnini ko'rish imkonini beradi. Shuningdek, 
ular "sintez treklari" yordamida turlar o'rtasida taqqoslash va turli xil turlar uchun 
brauzerlar misollari orasidagi bog'lanishlarga imkon beradi. 
RatMine: RatMine - bu InterMine-ning kalamushga yo'naltirilgan versiyasi[14] 
dasturiy ta'minot. Bu foydalanuvchilarga turli xil ma'lumotlar bazalaridagi RGD, 
NCBI, UniProtKB va Ensembl kabi sichqoncha ma'lumotlarini izchil format 
yordamida bitta joyda qazib olish va tahlil qilish imkonini beradi. InterMine 
platformasi boshqa ma'lumotlar bazalaridagi bir nechta turlarga moslashtirilgan 
bo'lib, foydalanuvchilar RatMine interfeysidan turlar bo'yicha so'rov o'tkazishlari 
uchun misollar o'rtasida bir-biriga mos keladigan tarzda ishlab chiqilgan. 

---

Virtual qiyosiy xarita: Virtual qiyosiy xarita (VCMap) dastlab kalamush, sichqoncha 
va odam genomlari o'rtasidagi sintenik munosabatlarni o'rganish uchun ishlab 
chiqilgan. Endi sigir, cho'chqa va tovuq go'shtlarini o'z ichiga olgan VCMap-ning 
yangi versiyasi mavjud. Foydalanuvchilar "asosiy" yoki "umurtqa pog'onali" turlarni 
tanlaydilar, so'ngra boshqa yoki boshqa turlarning birida sintenik mintaqalarni 
ko'rishlari mumkin. Qo'shimcha ma'lumotlar va vositalar Fenotiplar va modellar 
portal RGD-ning "Fenotiplar va modellar" portal shtammlarga qaratilgan, fenotiplar 
va a model organizm uchun fiziologiya va kasallik. Fenotiplar va modellar portalida 
beshta bo'lim mavjud: "Fenotiplar", "Strainlar & Models", "Meet Joe Rat", 
"PhenoMiner" va
Fenotiplar: Fenotiplar 
bo'limi 
NHLBI 
tomonidan 
moliyalashtiriladigan 
"Genomik 
dasturlar 
uchun 
PhysGen 
Program" loyihasidan 
olingan 
"sichqon 
sichqonlarining konsomik va nokautli shtammlarini ishlab chiqish, ushbu 
shtammlarni fenotipik tavsiflash va ilmiy jamoatchilikka taqdim etish" loyihasidan 
olingan katta ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Ma'lumotlar toifalariga yurak-qon 

---

tomir, buyrak va nafas olish funktsiyalari, qon kimyosi, tana morfologiyasi va xulq-
atvori kiradi. Kalamushlarni fenotiplash protokollariga va shunga o'xshash yuqori 
o'tkazuvchan fenotiplash ma'lumotlariga Yaponiyada kalamush uchun milliy 
bioresurs loyihasida (NBRP-Rat) havolalar berilgan. 
Suşlar va modellar: Suşlar va modellar bo'limi kalamush shtammlari haqida 
umumiy ma'lumotlarni, shu jumladan shtammlarning mavjudligi va chorvachilikni, 
shuningdek, RGD shtammlarini qidirish va sichqonlarning shtammlari haqidagi 
maqolalarni ko'rib chiqishni o'z ichiga oladi. Ushbu bo'limda kasallik modellari 
haqidagi kichik bo'lim mavjud bo'lib, unda qaysi kalamush shtammlari odamning 
yurak-qon tomir kasalliklari, asab kasalliklari, sut bezlari saratoni, diabet, nafas olish 
yo'llari kasalliklari va immunitet va yallig'lanish kasalliklari uchun namuna sifatida 
ishlatilganligi haqida batafsil ma'lumot berilgan. 
Jo Rat bilan tanishing: "Jou Rat bilan tanishing" kalamush tadqiqotchilari 
uchun umumiy ma'lumot manbai sifatida yaratilgan. Rasmlar va rasmlar sahifalarida 
PGA / PhysGen ota-ona va kontsomik shtammlari tasvirlari, bu esa ushbu shtammlar 
uchun ma'lumotlarga bog'langan. "Ratday" yillik RGD kalamush taqvimiga 
havolalar. "Hamjamiyat tomonidan yuborilgan ma'lumotlar" fotosuratlarni 
yuborish, shtammlarni ro'yxatdan o'tkazish va PhenoMiner uchun fenotipning 
miqdoriy ma'lumotlarini yuborish uchun ma'lumot va shakllarni taqdim etadi. 
Yakuniy bo'limda shtammlarning mavjudligi to'g'risida ma'lumotlar mavjud. 
Pheno Miner: Pheno Miner kalamush fenotipi ma'lumotlarini topish va tahlil 
qilish uchun ma'lumotlar bazasi va veb-ilovadir. Ma'lumotlar kalamushlarning 
shtammlari, klinik o'lchovlari, o'lchash usuli va eksperimental holati uchun 
ontologiyalar bilan izohlanadi. Tajribalar o'lchov bilan baholanadigan xususiyat 
yoki kasallik bo'yicha tasniflanadi. Standartlashtirilgan so'z boyliklari va 
ma'lumotlar formatidan foydalanish bir xil o'lchov uchun tajribalar bo'yicha 
qiymatlarni taqqoslash imkonini beradi. Pheno Miner natijalari sahifasida o'lchov 
qiymatlari grafigi va ularga qo'shib berilgan metama'lumotlar bilan birga ko'chirib 
olinadigan jadvallar mavjud. Foydalanuvchilarga ma'lumotlar bazasiga o'z 
ma'lumotlarini yuborish imkoniyatini berish uchun havola taqdim etiladi. 
Tibbiy yozuvlar: RGD ning Strain Medical Records (SMR) ma'lum bir 
shtamm haqida ma'lum bo'lgan narsalarni birlashtirish uchun mo'ljallangan. Palto 
ranglanishi, erkak va ayol uchun har xil vaqt nuqtalarida tana vaznining o'rtacha 
og'irligi va ko'payish haqida ma'lumot berilgan. Standart / nazorat sharoitida ushbu 
shtammning kalamushlari uchun qon bosimi, yurak urish tezligi va qon kimyosi kabi 
miqdoriy fenotip o'lchovlari uchun o'rtacha qiymatlar boshqa keng tarqalgan 
ishlatiladigan shtammlar uchun tegishli qiymatlar qatori bilan birga keltirilgan. Har 

---

bir SMR shtammni olish mumkin bo'lgan manbalarga (manbalarga), miqdoriy 
fenotip ma'lumotlari uchun PhenoMiner-ga va variant, QTL va mikroarray 
ekspression ma'lumotlariga ulanadi.Entsiklopediya site:uz.wikisko.ru