11.PyMol va I-TASSER dasturlarida ishlash. Yaratilgan strukturalarni PDB, MMDB ma'lumotlar bazalariga joylashtirish.
RasMol - kompyuterli programmasi haqida
RasMol - komp'yuterli programma bo‘lib, molekulalarning vizualizasiyasi uchun va biologik makromolekularni fazoviy strukturasining tuzilishini olish hamda ularni tuli ko‘rganishda qo‘llaniladi. Birinchi o‘rinda oqsil va nuklein kislotalar strukturalarini vizualizasiyasi uchun qo‘llaniladi. RasMol programmasi birinchi bo‘lib 1990- yillarda Rodjer Seylor tomonidan aniqlangan. RasMol bioinformatika va molekulyar biologiyada aktiv qo‘llaniladigan molekulalarning vizualizasiyalovchi eng yaxshi o‘kuv dastur sanaladi.
«RasMol» so‘zi – ingl. “molekulalar rastri” so‘zining qisqartmasi bo‘lib, “rastr” so‘zi odatda komp'yuter ekranidagi piksellar matrisasini bildiradi. Molekulyar grafikaning bu dasturi, oqsillar, nuklein kislotalar va uchlamchi strukturasi ma'lum bo‘lgan kichik molekulalarni vizualizasiyalashtirishga mo‘ljallangan. Molekulani namoyish etish uchun “RasMol”ga atomlarning molekuladagi fazoviy dekart kordinatalari asosida joylashishlarini aks ettiruvchi atom kordinatalari kerak bo‘ladi. “RasMol” kordinatalarning turli xil formatlarini aks ettiradi, xususan, “BDB” formatida ham. Dasturning asosiy oynasining adresi quyida berilgan.
www.umass.edu/microbio/rasmol
«Chime» va «Protein explorer» dasturlari – «RasMol» ning hosilalari bo‘lib, molekulalarni dastur oynasida vizualizasiyalashtirish imkonini beradi. Ushbu dasturlarga kirish quyidagi adres orqali amalga oshiriladi:
«Molmol» atamasi inglizcha – Molecule analysis and Molecule display - molekulalar analizi va namoyishini bildiradi. Bu dasturlar bilan faqatgina tarmoqqa ulangan holdagina ishlash mumkin. «Molmol» - asosan YaMR – spektrometriya metodi yordamida aniqlangan oqsillar va nuklein kislotalarning uchlamchi strukturalarini analiz qilish va o‘zgartirish imkonini beradi.
www.mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/molmol
Quyida keltirib o‘tilgan dasturlarning veb – sahifalari berilgan:
Do'stlaringiz bilan baham: |
