4-mavzu: Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash Lektor: Behruz toshbadalov
Download 0.95 Mb. Pdf ko'rish
|
4-ma`ruza
- Bu sahifa navigatsiya:
- Orthologs
- BLAST qanday ishlaydi
|
Taqqoslash metodlari
Alignment metodining asosiy 2 turi bor. Bular: • global alignment • local alignment Global va lokal ketma-ketlik tartibi o`rtasidagi farq: Evaluating the alignments • Number of residues that match • Mis-match number • Gaps • Gap length scoring pattern 1: match +1, mis-match: 0, gap creation: -1 gap extension: -1 scoring pattern 1: match +1, mis-match: -1, gap creation: -1 gap extension: 0 Orthologs are two genes in two different species that share a common ancestor. Paralogs are two genes in the same genome that are a product of a gene duplication event of the original gene. BLAST qanday ishlaydi? Barcha bioinformatik dasturlar biologiya sohasidagi ma’lumotlar ko’lami bilan ishlashni osonlashtirish uchun xizmat qiladi. Bioinformatik dasturlar online yoki offline rejimida ishlaydi. BLAST dasturi online rejimda ishlaydigan dasturlardan hisoblanadi. Ya’ni bu dasturni ishlatishimiz uchun eng birinchi talab: internetga ulangan bo’lishimiz kerak. BLAST o’zi nima? BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi) bu - kompyuter dasturi bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. Sodda qilib tushuntirilganda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma’lum bir ketma-ketligi bor. Lekin bu nuklein kislota qaysi turga tegishli ekanligini bilmaymiz. BLAST sizga mana shu nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albatta, u bazada mavjud bo’lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida kerakli natijani chiqarib beradi. BLAST dasturi 1990-yilda AQSHlik bir guruh tadqiqotchilar tomonidan ishlab chiqarilgan. |
