5 Ma’ruza Qiyosiy genomika

3. filogenetik shajara,
Filogenetik daraxt (evolyutsion daraxt, hayot daraxti) - umumiy ajdodga ega bo'lgan turli turlar yoki boshqa mavjudotlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlarni aks ettiruvchi daraxt.
F ilogenetik daraxtning uchlari uch sinfga bo'linadi: barglar, tugunlar va (ko'pi bitta) ildiz. Barglar so'nggi cho'qqilar, ya'ni har birining bir chetini o'z ichiga oladi; har bir barg qandaydir tirik organizmni (yoki evolyutsiyaga uchragan boshqa ob'ektni, masalan, oqsil domenini) ifodalaydi. Har bir tugun evolyutsion hodisani ifodalaydi: ajdodlar turining ikki yoki undan ko'pga bo'linishi, keyinchalik ular mustaqil ravishda rivojlanadi. Ildiz ko'rib chiqilayotgan barcha ob'ektlarning umumiy ajdodini ifodalaydi. Filogenetik daraxtning qirralari "novdalar" deb ataladi.
"Daraxt" g'oyasi hayotning dastlabki qarashlarida oddiy shakllardan murakkab shakllarga o'tish jarayoni sifatida paydo bo'lgan. Zamonaviy evolyutsion biologlar evolyutsiyani tasvirlash uchun daraxtlardan foydalanishda davom etmoqdalar, chunki ular tirik organizmlar o'rtasidagi munosabatlarni aniq ko'rsatmoqda (22.1-rasm).
22.1-rasm- Filogenetik daraxt uchta sohadagi organizmlarning umumiy kelib chiqishini ko'rsatadi. Bakteriyalar ko'k rangda, eukariotlar qizil rangda, archaea yashil rangda. Ba'zi turlarning tegishli pozitsiyalari daraxt atrofida ko'rsatilgan.
4. Gaplotip tushunchasi
Gaplotip ("gaploid genotip" dan qisqartirilgan) - bir xil xromosomaning lokuslaridagi allellar to'plami, odatda birgalikda meros bo'lib o'tadi. Agar krossing-over paytida allellar birikmasi o'zgarsa (bu juda kam uchraydi), ular yangi haplotipning paydo bo'lishi haqida gapirishadi. Gaplotip bitta lokusda yoki butun genomda bo'lishi mumkin. Diploid shaxsning ma'lum genlarining genotipi mos ravishda ona va otadan olingan ikkita xromosomada joylashgan ikkita gaplotipdan iborat.
Genetik genealogiyada gaplotip ham Y-xromosomaning bir nechta lokuslarida STR belgilarini o'rganish natijasidir, takrorlanishlar soni esa allel deb ataladi.
Individning gaplotipini uning genotipidan aniqlash har doim ham mumkin emas. Misol uchun, diploid organizmni va har birida ikkita mumkin bo'lgan allelga ega bo'lgan ikkita lokusni (bir xil xromosomada) ko'rib chiqing. Birinchi lokusda A va T allellari mavjud bo'lib, 3 ta mumkin bo'lgan AA, TT va AT genotiplarini beradi. Ikkinchi lokusda C va G allellari mavjud (genotip CC, GG, CG). Shunday qilib, bitta odam uchun bu juftlik uchun 9 ta gaplotip mavjud.
Jadvaldan ko'rinib turibdiki, faqat bitta lokus uchun homozigot bo'lgan organizm uchun haplotiplarning yagona kombinatsiyasi mavjud (masalan, AA GC genotipi uchun mos keladigan haplotiplar AG va AC). Agar odam ikkala lokus uchun geterozigota bo'lsa, gaplotiplarning ikkita kombinatsiyasi mumkin. Gaplotipni aniq aniqlash faqat ketma-ketlik bilan ta'minlanadi. Biroq, bunday noaniqlik holatida ma'lum bir haplotipning ehtimolini baholashga imkon beruvchi algoritmlar mavjud.
Adabiyot:

1. 
   Butler, John M. (4 August 2011). Advanced Topics in Forensic DNA Typing: Methodology. San Diego: Elsevier Academic Press. pp. 99–100. ISBN 9780123745132.