Blast dasturi yordamida nukleotid ketma-ketliklarini solishtirish

BLAST dasturi yordamida nukleotid ketma-ketliklarini solishtirish.
BLAST (ingl. Basic Local Alignment Search Tool) – birlamchi strukturasi (ketma-ketliklari) ma'lum bo‘lgan nuklein kislotalar yoki oqsillarning gomologlarini izlash uchun zarur bo‘lgan komp'yuter dasturlari oilasidir. BLAST ni qo‘llagan holda tadqiqotchi o‘zida mavjud ketma – ketliklarni ma'lumotlar bazasidagi ketma – ketliklar bilan solishtirgan holda uning taxmin qilinayotgan gomologlarini izlashi va ularni taqqoslashi mumkin. Bu dastur molekulyar biologiya, bioinformatika va sistematika fanlari bilan shug‘ullanuvchi mutaxassislar uchun muhim vosita hisoblanadi.
BLAST dasturlar oilasi 5 ta asosiy guruhga ajratiladi:
 nukleotidlar uchun
 oqsillar uchun
 translyasiyalanuvchi
 genomlar uchun
 maxsus amaliy dasturlar
BLAST turlari.
Nukleotidlarni tadqiq etish uchun mo‘ljallangan guruh o‘rganilayotgan nukleotidlar ketma – ketliklarini ma'lumotlar bazasidagi mavjud boshqa nukleotidlar ketma – ketliklari va ularning uchastkalari bilan taqqoslaydi va quyidagi dasturlarni o‘z ichiga oladi:
megablast — yuqori o‘xshashlikka ega ketma-ketliklarni tez solishtirishga mo‘ljallangan
dmegablast — bir – biriga uncha o‘xshash bo‘lmagan ketma – ketliklarni solishtirishga mo‘ljallangan
blastn — barcha o‘xshash ketma – ketliklarni aniqlash asosida sekin taqqoslashga mo‘ljallangan
Oqsillarni tadqiq etuvchi guruh o‘rganilayotgan oqsilning aminokislotalar ketma – ketliklarini ma'lumotlar bazasida mavjud bo‘lgan boshqa oqsillarning aminokislota ketma – ketliklari va ularning uchastkalari bilan taqqoslashni amalga oshiradi va quyidagi dasturlarni o‘z ichiga oladi:
blastp — barcha o‘xshash ketma –ketliklarni izlash maqsadidagi sekin solishtirish
cdart — domen arxitekturasiga binoan o‘xshash bo‘lgan gomologik oqsillarni izlashga mo‘ljallangan
rpsblast — konservativ domenlar ma'lumotlar bazalari ma'lumotlari bilan solishtirish
Translyasiyalovchi dasturlar yordamida nukleotidlar ketma – ketliklari ko‘rinishida berilgan axborotni aminokislotalar ketma – ketliklari ko‘rinishiga o‘tkazish va ularni boshqa ketma –ketliklar bilan taqqoslash uchun qo‘llaniladi va quyidagi dasturlarni o‘z ichiga oladi:
blastx — o‘rganilayotgan nukleotidlar ketma – ketligini kodlovchi aminokislotalar ko‘rinishiga o‘tkazadi, keyin ma'lumotlar bazasida mavjud oqsillarning aminokislotalar ketma – ketliklari bilan taqqoslaydi.
tblastn — o‘rganilayotgan aminokislotalar ketma – ketliklari ma'lumotlar bazasidagi translyasiyalangan nuklein kislotalar ketma – ketliklari bilan solishtiriladi.
tblastx — o‘rganilayotgan nukleotidlar ketma – ketliklarini aminokislotalar ko‘rinishiga o‘tkazadi va uni ma'lumotlar bazasidagi sekvinirlangan nuklein kislotalarning translyasiyalangan ketma – ketliklari bilan solishtiradi.