Genomni kartalashtirish reja: Genetik haritalash tarixi Haritalashning dasturiy turlari

Bowtie. Barrouz—Uiler algoritmidan indeksatsiya uchun foydalanadi. Dastur tezligi va xotiraning ishlashi bo‘yicha optimallashtirilgan, protsessor bir nechta yadrosini ishlatishga mo‘ljallangan. Bir xil sharoitda MAQ dan 35 marta, SOAP ga nisbatan 300 marta tez tezlikda ishlaydi. Ketma-ketliklar to‘g‘ri kelmasligiga yo‘l qo‘yadi. Bowtie bazasida TopHat dasturi ishlab chiqilgan, RNA-seq taxriri uchun. BWA. BWA (biologik ketma-ketliklarni taxrirlaydi) — dastur uch komplektdan iborat: BWA-backtrack, BWA-SW va BWA-MEM. BWAbacktrack 100 juft nukleotidgacha o‘qiy oladi, BWA-SW va BWA-MEM 70 dan 1 mln.gacha bo‘lgan uzun nukleotid qatorlarini o‘qiydi. BWA-MEM dasturning oxirgi versiyasi aniq va sifatl ishlab chiqilgan.

• Bowtie. Barrouz—Uiler algoritmidan indeksatsiya uchun foydalanadi. Dastur tezligi va xotiraning ishlashi bo‘yicha optimallashtirilgan, protsessor bir nechta yadrosini ishlatishga mo‘ljallangan. Bir xil sharoitda MAQ dan 35 marta, SOAP ga nisbatan 300 marta tez tezlikda ishlaydi. Ketma-ketliklar to‘g‘ri kelmasligiga yo‘l qo‘yadi. Bowtie bazasida TopHat dasturi ishlab chiqilgan, RNA-seq taxriri uchun. BWA. BWA (biologik ketma-ketliklarni taxrirlaydi) — dastur uch komplektdan iborat: BWA-backtrack, BWA-SW va BWA-MEM. BWAbacktrack 100 juft nukleotidgacha o‘qiy oladi, BWA-SW va BWA-MEM 70 dan 1 mln.gacha bo‘lgan uzun nukleotid qatorlarini o‘qiydi. BWA-MEM dasturning oxirgi versiyasi aniq va sifatl ishlab chiqilgan.
• BWA-SW va BWA-MEM ximerli ketma-ketliklarni topa oladi.

BWA-SW, Barrouza—Uiler qayta qurishlarini Smit—Vaterman taxriri orqali foydalanadi. Uzun ketma-ketliklar bilan ishlay oladi, BLAST ga nisbatan aniq va tezroq ishlaydi. ELAND. Efficient Local Alignment of Nucleotide Data ni anglatadi. Solexa kompaniyasi tomonidan ishlab chiqilgan keyinchalik Illumina sotib olgan. paired-end – o‘qishlardan foydalanadi, struktur variantlarni topa oladi, 32 juft nukleotid uzunligigacha o‘qiy oladi, nukleotid ketma-ketligida 2 ta farqga yo‘l qo‘yadi, lekin indellar (insertsiya + deletsiya) bilan ishlay olmaydi. MAQ. Geplarsiz (gep inglizcha ―gap‖ dan olingan bo‘lib, indel ya‘ni qo‘shimcha nukleotid yoki deletsiyani bildiradi, bo‘shliqlar ―-‖ beligi bilan belgilanadi) taxrirlaydi. single-end – ketma-ketliklarni o‘qishda 3 hil farqlarni topa oladi, paired-end – ketma-ketliklarni o‘qishda 1 farqlarga yo‘l qo‘yadi. Statistik model asosida konsensus quradi. SHRiMP. SHRiMP2 dasturi yuqori aniqlikka qaratilgan, polimorfizmli qatorlarning taxririni o‘tkazadi va sekvenirlash xatoliklarini aniqlaydi.

• BWA-SW, Barrouza—Uiler qayta qurishlarini Smit—Vaterman taxriri orqali foydalanadi. Uzun ketma-ketliklar bilan ishlay oladi, BLAST ga nisbatan aniq va tezroq ishlaydi. ELAND. Efficient Local Alignment of Nucleotide Data ni anglatadi. Solexa kompaniyasi tomonidan ishlab chiqilgan keyinchalik Illumina sotib olgan. paired-end – o‘qishlardan foydalanadi, struktur variantlarni topa oladi, 32 juft nukleotid uzunligigacha o‘qiy oladi, nukleotid ketma-ketligida 2 ta farqga yo‘l qo‘yadi, lekin indellar (insertsiya + deletsiya) bilan ishlay olmaydi. MAQ. Geplarsiz (gep inglizcha ―gap‖ dan olingan bo‘lib, indel ya‘ni qo‘shimcha nukleotid yoki deletsiyani bildiradi, bo‘shliqlar ―-‖ beligi bilan belgilanadi) taxrirlaydi. single-end – ketma-ketliklarni o‘qishda 3 hil farqlarni topa oladi, paired-end – ketma-ketliklarni o‘qishda 1 farqlarga yo‘l qo‘yadi. Statistik model asosida konsensus quradi. SHRiMP. SHRiMP2 dasturi yuqori aniqlikka qaratilgan, polimorfizmli qatorlarning taxririni o‘tkazadi va sekvenirlash xatoliklarini aniqlaydi.