Genomni kartalashtirish reja: Genetik haritalash tarixi Haritalashning dasturiy turlari

Statistik model asosida konsensus quradi. SHRiMP. SHRiMP2 dasturi yuqori aniqlikka qaratilgan, polimorfizmli qatorlarning taxririni o‘tkazadi va sekvenirlash xatoliklarini aniqlaydi. Smit-Vaterman algoritmidan foydalanadi, 1 versiyasi ketma-ketliklarni o‘qishni, 2 versiyasi esa genomni indeksatsiya qilishda foydalaniladi, shunga ko‘ra katta tezlikka ega. Illumina/Solexa, Roche/454 i AB/SOLiD kompaniyalari tomonidan ketma-ketliklarni o‘qishda va va parallel ravishda hisoblash ishlarini olib borishda qo‘llaniladi. SOAP. single-read va pair-end fragmentlarining taxririni bajaradi va asosan intronlarni aniqlashda qo‘llaniladi. 2way-BWT (2BWT) indeksini ishlatish qobiliyatiga ega. SOAP3 versiyasi GPU bilan ishlashga optimallashtirilgan va maxsus GPU-2BWT indeksidan foydalanadi.

• Statistik model asosida konsensus quradi. SHRiMP. SHRiMP2 dasturi yuqori aniqlikka qaratilgan, polimorfizmli qatorlarning taxririni o‘tkazadi va sekvenirlash xatoliklarini aniqlaydi. Smit-Vaterman algoritmidan foydalanadi, 1 versiyasi ketma-ketliklarni o‘qishni, 2 versiyasi esa genomni indeksatsiya qilishda foydalaniladi, shunga ko‘ra katta tezlikka ega. Illumina/Solexa, Roche/454 i AB/SOLiD kompaniyalari tomonidan ketma-ketliklarni o‘qishda va va parallel ravishda hisoblash ishlarini olib borishda qo‘llaniladi. SOAP. single-read va pair-end fragmentlarining taxririni bajaradi va asosan intronlarni aniqlashda qo‘llaniladi. 2way-BWT (2BWT) indeksini ishlatish qobiliyatiga ega. SOAP3 versiyasi GPU bilan ishlashga optimallashtirilgan va maxsus GPU-2BWT indeksidan foydalanadi.

TopHat. RNA-seq taxrirlarini o‘qishga moslashgan, Bowtie bazasi asosida ishlab chiqilgan. Illumina Genome Analyzer tomonidan ishlab chiqilgan va boshqa dasturlar tomonidan ishlangan taxrirlar bilan ishlaydi. 75 nukleotid qatorlarigacha bo‘lgan nukleotid qatorlarini aniqlaydi, paired va single-end ni aralashtirishga yo‘l qo‘ymaydi. Normal inson karyotipining barcha xromosomalarining ideogrammalari sifatidagi grafik tasviri genetik haritalardan tashqari, boshqa xromosoma haritalari ham ishlab chiqilgan:

• TopHat. RNA-seq taxrirlarini o‘qishga moslashgan, Bowtie bazasi asosida ishlab chiqilgan. Illumina Genome Analyzer tomonidan ishlab chiqilgan va boshqa dasturlar tomonidan ishlangan taxrirlar bilan ishlaydi. 75 nukleotid qatorlarigacha bo‘lgan nukleotid qatorlarini aniqlaydi, paired va single-end ni aralashtirishga yo‘l qo‘ymaydi. Normal inson karyotipining barcha xromosomalarining ideogrammalari sifatidagi grafik tasviri genetik haritalardan tashqari, boshqa xromosoma haritalari ham ishlab chiqilgan: