I bob. Oqsil strukturalarini va uning turlari

Genomlarda oqsil strukturalarini aniqlash. Evolyusiyada oqsil funksiyasining divergensiyasi. Funksional proteomika. Organizmda qandaydir oqsilning mavjudligi ma'lum vazifani bajara olish qobiliyati xaqida fikr yuritishga asos bo‘ladi. Butun proteom organizmning to‘liq xayot faoliyatini amalga oshirish uchun xizmat qiladi. Funksional proteomika proteomning funksional xossalarini aniqlash bilan shug‘ullanadi va u hal qiladigan vazifalar oqsil strukturani aniqlashga nisbatan ancha murakkabdir.
Proteomning biror vazifani amalga oshirishi muxitda qand, lipid, prostoglandinlar, turli ionlar va boshqa qo‘shimcha moddalarning bo‘lishini talab etadi. Oqsil molekulalari atrofdagi va boshqa moddalar bilan ta'sirlashib, avval molekulyar so‘ngra makromolekulyar darajada funksional reaksiyalarning amalga oshishiga olib keladi. Ular qatoriga fermentni substrat bilan, antiteloni antigen bilan, peptidlarni reseptor, toksinlarni ion kanallari bilan o‘zor ta'sirini keltirish mumkin.
Bu kabi jarayonlar mexanizmini aniqlashda individual uchastkalarning eksperimental tajribalaridan tashqari, bioinformasion vositalar yordamida tizimli yondashuvlardan ham foydalaniladi.
Quyidagi rasmda inson peptidomasi vakillari – oshqozon–ichak yo‘lida lokalizasiyalangan turli gastrinlar va xolesistokininlar ko‘rsatilgan (aminokislotalarni ifodalashda standart bir xarfli koddan foydalanilgan).
Insondagi peptidoma vakillari birlamchi strukturasini bulutlarning bitta peptid bilan taqqoslanishi
O‘zoro juda o‘xshash bo‘lgan o‘ng soxalar bu peptid molekulalarining funksional qismlari hisoblanadi. Ammo oqsillar to‘g‘ri va teskari xossalarga ega bo‘ladi: gastrinlar organizmda ochlik hissini paydo qilsa, xolesistokininlar faoliyati tufayli to‘qlik hissi paydo bo‘ladi. Xolesistokininlarning birlamchi ketma –ketliklarida tirozin Y qoldig‘ining xolati gastrinlarga nisbatan bir qadamga siljigan. Quyidagi rasmda sodda xordalilar vakillaridan Siona intestinalisdan olingan sionin peptidining birlamchi strukturasi keltirilgan. Uninng strukturasi gastrin va xolissistokinin bilan gomologik bo‘lib, bu ikkala ko‘rsatilgan peptidlardagi kabi xolatda joylashuvchi ikkita tirozin qoldig‘I bilan tavsiflanadi. Lekin funksional hususiyatlari xali to‘liq o‘rganilmagan. To‘g‘ri tashkil etilgan tajriba yordamida butun kimyoviy struktura va tirozin qoldig‘ining fiziologik effektlarni kelib chiqishidagi o‘rni haqida to‘htalsa bo‘lar edi.
Shimoliy dengizda uchrovchi Siona intestinalis buluti
Yana bir misol, sutemizuvchilar endotelinlari va ilon toksinlarining strukturaviy gomologik oilasi. Strukturalari bir biriga o‘xshash bo‘lishiga qaramasdan ularning funksional hossalari bir biridan farq qiladi: biri qon –tomir aylanishining foydali boshqaruvchilari bo‘lsa, ikkinchisi hayot uchun xavflidir. Bundan birlamchi struktura moddaning hususiyatlari to‘g‘risida to‘liq ma'lumotlarni saqlamasligi ma'lum bo‘ladi. Shuning uchun moddalarning fazoviy strukturasini to‘liqroq o‘rganish maqsadga muvofiq bo‘ladi.
Endotelin/toksinlar struktur-gomologik oqsillarining birlamchi strukturalari
Quyida YaMR-spektroskopiya usuli yordamida aniqlangan, mazkur oila vakillari – endotelin-1 va sarafotoksin S6.ning fazoviy strukturasi keltirilgan. Rasmda ular shunday qayrilganki, bunda fazoviy gomologiyaga maksimal yaqinlashtiriladi.
Ammo har qancha aylantirib ko‘rilsa ham ularning to‘liq gomologiyasiga erishib bo‘lmaydi. Birlmchi strukturasi deyarli bir xil bo‘lishiga qaramay, ta'sirlanish xar hil reseptor strukturalari tomonidan amalga oshiriladi, shu orqali turli hil fiziologik effektalra ham ega bo‘ladi.