Ablaufplan Wintersemester 2011: Blockkurs in 2 Gruppen
Inhaltsverzeichnis 0. Einführung Modalitäten zu den Abgabeaufgaben Einführung zu Recherchestrategien Beispielrecherche bei STN International 1. Fachinformationen für Biochemiker/Biologen : ein Überblick 1.1. Die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik 1.2. Fachportale an der Uni Jena - - das Portal Naturwissenschaften
- - das Portal Bioinformatik
2. Einführung in die Suche nach wissenschaftlicher Literatur 2.1. Recherchestrategien oder: wo und wie suche ich nach wissenschaftlicher Literatur? 2.2. Reichen NCBI-Literaturdatenbanken, Google oder vergleichbare Angebote im Internet? 2.3. GoPubMed und Semedico 3. Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung 3.1. Elektronische Zeitschriftenbibliothek 3.2. Zeitschriftendatenbank ( ZDB Subito )
Inhaltsverzeichnis (2) 4.1. Übersicht 4.2. Datenbanken unter OVID 6. SciFinder 6.1. Registrierung und Neuigkeiten 6.2. Die Datenbanken in SciFinder und Recherchestrategien 7. Faktendatenbanken 7.1. Reaxys 7.2. Registry und Strukturrecherchen in SciFinder 8. Zusammenfassung
0. Einführung: Ein Stück „Vorlesung“ am Anfang Zweifellos sind die heutigen Studierenden auf selbständiges Erarbeiten auch neuen Wissens durch Suchen, Browsen und Navigieren im Internet und durch die Beteiligung in oft mehreren sozialen Diensten, Mail-List-Servern, Blogs, Wikis etc., vorbereitet. Jedoch hieraus ergibt sich gerade die Verantwortung der „Lehrenden“….in das häufig genug planlose, orientierungslose, beliebig „Information“ ohne Qualitätskontrolle aufgreifende Browsing-Verhalten vorsichtig steuernd einzugreifen. Woher sollen Studierende, die mit dem Blick auf den Erwerb wissenschaftlich fundierten Wissens erst am Anfang stehen, zumindest nicht in einem weit fortgeschrittenen Stadium sind, über die Urteilskraft verfügen, die nötig ist, um Relevanz (also Einschlägigkeit) und Validität (Gültigkeit…) der auf sie einströmenden Informationen einschätzen zu können?
Einführung zum Thema Literatursuche
Man benötigt Literatur für eine Qalifizierungsarbeit- wie geht man vor? Zu einem gegebenen Thema (z.B. der Bachelorarbeit, Masterarbeit, Diplomarbeit) möchte man sich einen Überblick über die bereits bekannten Publikationen verschaffen… Thema: Alternatives Spleißen in Pilzen – Literaturübersicht Was tun? - in die Bibliothek gehen?
Literatursuche (2)
Recherchen bei Datenbankanbietern STN International (Scientific and Technical Information Network) Chemie, Pharmazie, Physik, Biowissenschaften, Mathematik; Medizin, Umwelt, Agrar, Geowissenschaften; Elektronik, Telekommunikation, Werkstoffe; Patente, Zeitschriften, Firmeninformation DIMDI (Deutsche Institut für Medizinische Dokumentation und Information) Behörde des Bundesministeriums für Gesundheit Medizin, Gesundheitswesen; Biowissenschaften, Biotechnologie; Pharmakologie; Agrar, Ernährung; Psychologie, Sozialwissenschaften DIALOG/DATASTAR Finanzen, Recht, Wirtschaft; Pharmazie, Medizin, Gesundheitswesen, Umwelt; Chemie, Biotechnologie; Patente, Marken, Europäische Zeitungen (Volltext)
Literatursuche (3) Kennt wer Literaturdatenbanken? Ah, gab es da nicht noch PubMed?
SciFinder sucht SciFinder sucht automatisch nach Synonymen, alternativen Schreibweisen, Pluralformen und verwendet Trunkierungen: - Vorteile: einfach - „Nachteile“: Kenntnisse der Regeln sind notwendig
Literatursuche (4)
Literatursuche (5)
Suche nach wissenschaftlicher Literatur…bis hin zum Volltext! Literaturdatenbanken: Bei Datenbankanbietern (ein Beispiel) Datenbanken im Uni-Netz - Medline (PubMed)
- Web of Science
- SciFinder
Recherchestrategien - unter Berücksichtigung der Besonderheiten der einzelnen Datenbanken
Online Datenbankrecherchen an der FSU Jena im Rahmen eines Landesvertrages mit dem Datenbankanbieter STN International (www.stn-international.de ) - für die Hochschulen des Freistaates - Recherchen für Studenten, Doktoranden und Mitarbeiter - - Recherchen für Seminararbeiten, Diplomarbeiten, Doktorarbeiten, etc.
die Recherchen erfolgen in der Wissenschaftlichen Informationsstelle, bitte Termin vereinbaren und Stichworte in Englisch mitbringen
Beispielrecherche bei einem Datenbankanbieter STN International (Scientific and Technical Information Network) STN International wird gemeinsam vom Fachinformationszentrum Karlsruhe, dem Chemical Abstracts Service (CAS) in Columbus (Ohio) und der Japan Association for International Chemical Information (JAICI) in Tokio betrieben. Suchsprache MESSENGER STN Express als Rechercheprogramm (Vorbereitung, Durchführung und Nachbereitung von Recherchen Es gibt auch eine browserbasierte Suchmöglichkeit: STN on the Web / STN Easy
Beispielrecherche bei STN International Thema: Optimalitätsprinzipien in der Evolution OPTIMAL?(3A)PRINCIP? AND EVOLUTION? ? - steht für beliebig viele Zeichen nach dem Wortstamm (3a) - bedeutet maximal 3 Wörter dazwischen, Reihenfolge ist egal Suche erfolgt automatisch im Basic Index, d.h. im Titel , im Abstract und in den Stichwortfeldern (z.B. IT, CT, ST, STP- es gibt unterschiedliche Stichwortfelder in den verschiedenen Datenbanken)
Beispielrecherche bei STN International: Voreinstellungen SET-Kommandos: set spellings perm on set abb perm on set plural perm on Britische und amerikanische Schreibweise, Plural und Abkürzungen (kommen nicht in allen Datenbanken vor) werden automatisch berücksichtigt.
Beispielrecherche bei STN International: Trefferermittlung
Beispielrecherche bei STN International: Rechercheergebnis L3 68 FILE SCISEARCH = Web of Science L4 43 FILE PASCAL L5 37 FILE BIOSIS L6 30 FILE MEDLINE L7 29 FILE EMBASE L8 26 FILE HCAPLUS = Chemical Abstracts L9 14 FILE ESBIOBASE L10 10 FILE DISSABS L11 9 FILE CABA L12 8 FILE LIFESCI L13 1 FILE AGRICOLA TOTAL FOR ALL FILES L14 275 L1 => dup rem L14 L15 136 DUP REM 14 (140 DUPLICATES REMOVED) Stand: 30.August 2010
Beispielrecherche bei STN International: Treffer ansehen (d kwic)
Beispielrecherche bei STN International: Recherche optimieren Die Suche ergibt auch (aus Medline bzw. Embase): TI Peritoneal dialysis prescription in children: bedside principles for optimal practice. CT Humans und TI Methods of quantitative analysis applied to vascular corrosion casts: A literature review. CT Medical Descriptors: *blood vessel 2. Schritt: Begriffe ausschließen (OPTIMAL?(3A)PRINCIP? AND EVOLUTION?) NOT (HUMAN OR BLOOD)
Beispielrecherche bei STN International: Rechercheergebnis L17 64 FILE SCISEARCH L18 40 FILE PASCAL L19 30 FILE BIOSIS L21 21 FILE MEDLINE L22 20 FILE EMBASE L23 14 FILE ESBIOBASE L24 9 FILE CABA L25 9 FILE DISSABS L26 8 FILE LIFESCI L27 1 FILE AGRICOLA TOTAL FOR ALL FILES L28 241 L16 => dup rem L28 L29 122 DUP REM L28 (119 DUPLICATES REMOVED)
Beispielrecherche bei STN International: Ein Beispieldokument L18 ANSWER 4 OF 137 SCISEARCH COPYRIGHT (c) 2010 The Thomson Corporation AN 2010:641570 SCISEARCH GA The Genuine Article (R) Number: 601MV TI The evolutionary optimality principle as a tool to model structured biological systems AU Razzhevaikin, V. N. (Reprint) CS RAS, Dorodnicyn Comp Ctr, Ul Vavilova 40, Moscow 119333, Russia (Reprint) E-mail: razzh@mail.ru CS RAS, Dorodnicyn Comp Ctr, Moscow 119333, Russia CYA Russia SO ZHURNAL OBSHCHEI BIOLOGII, (JAN-FEB 2010) Vol. 71, No. 1, pp. 75-84. ISSN: 0044-4596. PB MEZHDUNARODNAYA KNIGA, 39 DIMITROVA UL., 113095 MOSCOW, RUSSIA. DT Article; Journal LA Russian AB Suggested are some ways to use the theory of evolutionary optimality for modelling of structured biological communities. The functionals to be optimized are constructed for communities with age, with space, and with age-space continuous structures. The functionals are calculated on the basis of information available on steady-state distributions and are optimized over parameters essential from the from the viewpoint of evolutionary selection. …
Beispielrecherche bei STN International: Noch ein Beispieldokument TI Is maximization of molar yield in metabolic networks favoured by evolution?. AU Schuster Stefan; Pfeiffer Thomas; Fell David A CS Section of Bioinformatics, Faculty of Biology and Pharmaceutics, Jena, Germany. schuster@minet.uni-jena.de SO Journal of theoretical biology, (2008 Jun 7) Vol. 252, No. 3, pp. 497- 504. Electronic Publication: 2007-12-23. Journal code: 0376342. E-ISSN: 1095-8541. AB One approach of calculating unknown fluxes (frequently called flux balance analysis) is based on the optimality principle of maximizing the molar yield of biotransformations.
1. Fachinformationen für Biochemiker/Biologen : ein Überblick 1.1.Die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik
Lehrstuhl Bioinformatik ( Prof. Schuster ) http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/
1.2. Fachportale an der Uni Jena Das Portal Naturwissenschaften http://pinguin.biologie.uni-jena.de/fachinformationsportal
1.2. Fachportale an der Uni Jena ( 2 ) Das Portal Bioinformatik http://pinguin.biologie.uni-jena.de/portalbioinformatik
2. Einführung in die Suche nach wissenschaftlicher Literatur 2.1. Recherchestrategien oder: wo und wie suche ich nach wissenschaftlicher Literatur? Was genau man sucht, ist entscheidend für die Auswahl von geeigneten Datenbanken ! Datenbanktypen Bibliographische Datenbanken - bibliographische Angaben ( Autor, Titel, Quelle)
- Zusammenfassung
Faktendatenbanken : REGISTRY, Reaxys Patentdatenbanken
Recherchestrategien: Einfache Vorüberlegungen 1. Was suche ich ? - Verwendungszweck, Umfang
- Stichworte
2. Wo suche ich ? - Welche Datenbanken sind geeignet ?
- Wie vollständig muß die Recherche sein?
- Medien, Zeitraum
3. Wie suche ich ( dort ) ? - Kenntnisse von Datenbanken
- Recherchestrategie ( in Anhängigkeit von der Datenbank )
4. Die Recherche - - pro Suchschritt möglichst wenige Suchbegriffe verwenden
- Überblick wahren
- ggf. Index- und Thesaurussuche nutzen
Auswertung - Sind die Treffer relevant?
- Zuviel oder zu wenige Literaturstellen?
Was suche ich ? - Stichworte Deutsche, englische oder lateinische Begriffe ? die meisten Datenbanken sind in Englisch, daher benötigt man Stichworte in Englisch manchmal gibt es für einen Begriff kein englisches Wort ( ist zwar eher die Ausnahme, kommt aber vor ) - Beispiel : stammzellen, zeitgeber, aufwuchs entscheidungsproblem
lateinische Begriffe sollten immer mit verwendet werden ( zuweilen werden nur die lateinischen Begriffe verwendet ) bei deutschen Begriffen sind Umlaute zu beachten, generell ist es vom Verlag oder von der Datenbank abhängig, ob Umlaute verwendet werden ( z.B. bei Autorennamen ) oder nicht - im Zweifelsfall also beide Scheibweisen anwenden :
- mueller or muller bzw. boecker or bocker
Synonyme beachten und Relevanz prüfen !
Die etwas andere Habichtsmotte…
Beispiele für deutsche Begriffe in englischen Publikationen
Beispiel zu „Zeitgeber“
Suche nach „Stammzellen“ in SciFinder
Gewusst, wie es formuliert wird, z.B. Life-dinner-principle
2.2. Zu einigen Angeboten im Internet: PubMed, PubMed Central, Suchmaschinen
PubMed/Medline http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Erläuterungen zur Medline Trefferliste
Medical Subject Headings ( MESH )
Feldbezeichnungen in MEDLINE Erläuterung der Feldbezeichnungen in Medline: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.table.pubmedhelp.T44
PubMed : Send to Clipboard, Limits und Details
PubChem http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
GoPubMed und Semedico
3. Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung 3.1. Elektronische Zeitschriftenbibliothek
The Journal of Biological Chemistry ( JBC online )
3. Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung 3.2. Zeitschriftendatenbank ( ZDB Subito ) http://www.subito-doc.de Zur Nutzung muß man sich bei Subito registrieren
Recherche in der Zeitschriftendatenbank ( ZDB )
Zeitschriftendatenbank: Trefferliste
Detailansicht für Zeitschriften und E-Mail-Lieferungen
Elektronische Zeitschriften beim MPI / Materialien zur Volltextbeschaffung im Portal Naturwissenschaften
ZDB (OPAC) http://www.zeitschriftendatenbank.de/
Suche nach Volltexten im Internet
Suche in Zeitschriftenarchiven der Verlage Beispiel: Science Direct http://www.science-direct.com/
Literaturverwaltungsprogramme Es gibt auch kostenfreie Literaturverwaltungsprogramme, z.B.: Citavi Free http://www.citavi.com/de/download/index.html Litw3 http://litw3.uni-muenster.de/web/download.php JabRef http://www.heise.de/software/download/jabref/24459 Citavi-Landeslizenz: http://www.uni-jena.de/Universität/Einrichtungen/URZ/Dienste/Software/ Citavi_LV.html
Jabref Open-Source-Literaturverwaltungsprogramm, es setzt das BibTeX-Format ein, welches das Standardformat für Literaturdatenbanken für LaTeX darstellt. JabRef bietet eine bedienerfreundliche Oberfläche zur Bearbeitung von BibTeX-Dateien, zum Import von Daten aus wissenschaftlichen Online-Datenbanken und zum Verwalten und Suchen in BibTeX-Dateien.
Zitieren in wissenschaftlichen Arbeiten http://lotse.uni-muenster.de/tutorials/ Zitieren nach DIN 1505 http://www.uni-muenster.de/imperia/md/content/fachbereich_ physik/didaktik_physik/materialien/ materialschlichting/ zitierregeln.pdf
Zugriff mit VPN-Client der Uni
Zugriff mit VPN-Client der Uni Installation des VPN-Client für das jeweilige Betriebssystem Verbindungsaufbau durch Provider VPN starten (vpngui.exe )
4. Datenbanken im Uni-Netz
Erläuterungen zu Datenbanken Datenbanken haben bei verschiedenen Anbietern oder auf unterschiedlichen Oberflächen z.T. unterschiedliche Namen Beispiele : Uni-Netz STN International Web of Science = SCISEARCH SciFinder = Chemical Abstracts, Medline, Registry, Casreact, Chemcats, Chemlist Biological Abstracts/ BIOSIS = BIOSIS
Wo finde ich geeignete Literaturdatenbanken?
Datenbanken im Uni-Netz ( Auswahl ) Datenbankanbieter: OVID http://ovidsp.ovid.com/autologin.html Biological Abstracts / BIOSIS - - Biowissenschaften
- ab 1926
- Nationallizenz BIOSIS 1926-2004
CAB Abstracts - - Landwirtschaft, angewandte Biologie
- - ab 1910
Zoological Record
4.2. Datenbanken unter OVID Einige Datenbanken im Uni-Netz können unter der Oberfläche von OVID genutzt werden.
4.2. Datenbanken unter OVID (2)
Suchmaske bei OVID
Trefferliste bei OVID
Detailanzeige eine Dokuments bei OVID
5. Web of Science Für die Uni Jena sind im Web of Science freigeschaltet: Science Citation Index Expanded (1945-jetzt) Social Sciences Citation Index (1956-jetzt) Arts & Humanities Citation Index (1975-jetzt) Der Web of Science umfaßt den Zeitraum ab 1900, die Uni hat den Web of Science aber nur für die o.g. Zeiträume erworben!
Möglichkeiten der Recherche im Web of Science Suche mit Stichworten Cited Reference Search (ausgehend von einer Publikation nach solchen, die diese zitieren)
Maskierungen
Erweiterte Suche (Advanced Search) Bei der erweiterten Suche können vorangegangene Suchschritte miteinander verknüpft werden.
Trefferliste im Web of Science
Suchergebnisse verfeinern Mit Refine Results kann man die Suchergebnisse verfeinern Man kann z.B. bestimmte Fachgebiete auswählen (oder auch ausschließen!)
Ausschnitt aus der Gesamtanzeige eines Dokuments
Analyze Results Mit den Rechercheergebnissen kann man statistische Analysen zu ausgewählten Aspekten machen.
Create Citation Report / H-Index Der H-Index ist ein bibliometrisches Maß, welches auf Zitationen der Publikationen eines Autors beruht Er wurde 2005 von Jorge E. Hirsch vorgeschlagen:Jorge E. Hirsch (2005): Anindex to quantify an individual's scientific research output http://arxiv.org/abs/physics/?0508025 - Der H-Index beinhaltet eine Aussage zu der Anzahl der Publikationen eines Autors, die mindestens die gleich hohe Anzahl von Zitierungen aufweisen.
Beispiel: H-Index von Stephen F. Altschul Autorensuche nach Altschul SF
Beispiel: H-Index von Stephen F. Altschul (2) Es wurde ein H-Index von 37 ermittelt….
Beispiel: H-Index von Stephen F. Altschul (3) 37 Publikationen haben mindestens die gleich hohe Anzahl von Zitierungen…
Cited Reference Search im Web of Science
Auswahlseite zu Cited References
Cited Reference Search / View Record Das Ausgangszitat für die Cited Reference Search kann man sich mit View Record ansehen
Ergebnis Cited Reference Search Alle Publikationen der Trefferliste weisen das Ausgangszitat als Reference auf ( Cited References )
SciFinder - Anleitungen im Internet
CAplus Bibliografische Datenbank > 33 Mio. Einträge ab ca.1800 CAplus Bibliografische Datenbank > 33 Mio. Einträge ab ca.1800 (inkl. Patente) MEDLINE Biomedizinische Informationen > 20 Mio Einträge ab 1949 CASreact > 42 Mio. Einstufen- und Mehrstufen-Reaktionen ab 1840 Registry > 56 Mio. organische und anorganische Verbindungen mit mehr als 1 Mrd. „predicted property values“ und mehr als 2 Mio. „experimental properties“ > 62 Mio. Sequenzen Chemcats > 44 Mio Käufliche Substanzen > 1215 Kataloge, > 1100 Produzenten Chemlist Regulated CHEMicals LISTing > 275.000, Informationen zu chemischen Substanzen aus nationalen, US-amerikanischen und internationalen Verzeichnissen und Regelwerken
7. Faktendatenbanken
7.1. Reaxys
6.2. Registry und Strukturrecherchen in SciFinder
8. Patentinformationen Auszüge aus : http://www.copat.de/ Um eine Erfindung durch ein Patent beim Deutschen Patent- und Markenamt schützen zu lassen, müssen folgende Voraussetzungen erfüllt sein (§1 PatG): Die Erfindung muß neu sein, d.h. sie darf aus dem Stand der Technik nicht bekannt sein (§ 3 PatG). Die Erfindung muß auf einer erfinderischen Tätigkeit beruhen, d.h. sie muß deutlich über dem Stand der Technik herausragen (§ 4 PatG). Die Erfindung muß gewerblich anwendbar sein (§ 5 PatG).
Patenterteilung Wird nach Stellen des Prüfungsantrages die angemeldete Lehre zum technischen Handeln vom Prüfer des Patentamtes für neu und erfinderisch gehalten, so erfolgt die Erteilung eines Patents. Nach der Patenterteilung können Dritte gegen das Patent innerhalb von 3 Monaten ab der Veröffentlichung schriftlich Einspruch einlegen. Nach Ablauf der Einspruchsfrist kann jeder beim Bundespatentgericht gegen das Patent eine Nichtigkeitsklage erheben (§ 81 -84 PatG). Für das Patent sind ab dem dritten Jahr Jahresgebühren zu entrichten. Ein Patent kann auch beim Europäischen Patentamt in München, als Internationale Patentanmeldung (PCT) oder als einzelstaatliche Auslandsanmeldung beantragt werden. Schutzdauer maximal 20 Jahre
Titelseite eines Patents
Patentverwertung an der FSU Jena: Servicezentrum Forschung und Transfer http://www.sft.uni-jena.de/ Patentinformationsstelle http://www2.uni-jena.de/Patente/
Marken, Gebrauchsmuster und Geschmacksmuster Marken Auszug aus einer Markenrecherche beim Datenbankanbieter GBI : Schutzdauer 10 Jahre, Verlängerung um jeweils 10 Jahre möglich Marken sind …Zeichen…die geeignet sind, Waren oder Dienstleistungen eines Unternehmens von denjenigen anderer Unternehmen zu unterscheiden Geschmacksmuster Betreffen Farb – und Formgestaltung gewerblich nutzbarer Gegenstände Maximal 20 Jahre Schutzdauer
Marken, Gebrauchsmuster und Geschmacksmuster (2) Gebrauchsmuster - „kleines Patent“: - kein Schutz von Verfahren
- Geringere Anforderungen an die Erfindungshöhe
Maximal 10 Jahre Schutz Das beim Deutschen Patent- und Markenamt eingetragene Gebrauchsmuster gilt für die Bundesrepublik Deutschland. Im Unterschied zum Patent gibt es keine europäische Gebrauchsmusteranmeldung. Eine Internationale Gebrauchsmusteranmeldung ist ebenfalls nicht möglich. Zudem gibt es nicht in allen Ländern die Möglichkeit des Gebrauchsmusterschutzes. So kennt die Schweiz zum Beispiel kein Gebrauchsmuster.
Europäisches Patentamt http://worldwide.espacenet.com/ Seite in deutscher Sprache: http://worldwide.espacenet.com/?locale=de_EP
Espacenet: Kurzsuche
Espacenet : Trefferliste und Dokument
Espacenet : Beispielpatent
Vergleich DEPATISnet und Espacenet
Vergleich DEPATISnet und Espacenet (2)
9. Zusammenfassung Recherche nach wissenschaftlicher Literatur - in Datenbanken im Uni-Netz
- Online Datenbankrecherche in der Wissenschaftlichen Informationsstelle
- Recherche im Internet ( z.B. bei Verlagen )
Ergebnis : bibliographische Angaben ggf. mit Abstract - Zugriff auf den Volltext aus der Datenbank heraus z.T. möglich
Volltextbeschaffung - Zeitschriftendatenbank ( ZDB ) : Standortermittlung
- Elektronische Zeitschriftenbibliothek
- bei Standorten auch nach MPI schauen !
- Bestellung bei Dokumentenlieferdiensten ( z.B. Subito )
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