|
35.Молекуляр динамик ҳисоблашларда қўлланиладиган алгоритмлар.
Harakatlarni sonli ifodalashda quyida keltirilgan algoritmlar keng qo‘llanilmoqda:
1. Verlet algoritmi
2. Sakrab yurish (Chexarda) algoritmi
3. Tezlashtirilgan Verlet algoritmi
4. Prediktor – korrektor algoritmi
Trayektoriyalar harorat va bosim ta’sirini inobatga olgan holda yozilishi mumkin. Quyida Hyperchem dasturida harorat ta’sirini o‘rganish uchun tuzilgan buyruq keltirilgan:
Vaqt o‘lchovi sifatida - femtosekund (10-15s.) olinadi. Quyida vaqt davomida sistema energiyasi o‘zgarishini ko‘rsatuvchi diagramma keltirilgan.
36.Атом даражасида моделлаштириш имконини берувчи ҳисоблаш усуллари ва дастурлар мажмуаси.
Molekulyar mexanika atom darajasidagi modellashtirish usulidir. Molekulyar mexanika usulida birikmalar mikroskopik mexanik tizimlar (Nyuton zarrachalari) deb qaraladi. Atomlar go‘yoki o‘zaro mexanik prujina orqali bog‘langan (2.2-rasm) va ularning fazoda joylashishi mexanik kuchlar (atom potensiallari) yordamida nazorat qilinadi.Bog‘lanmagan atomlar orasidagi masofa ular orasidagi (dipol-dipol, zaryad-zaryad) ta’sirlashuvlar ˗ Kulon va Van-der-Waals tenglamalari yordamida optimallashtiriladi.
Bugungi kunda ko‘pchilik hisoblash majmualarida MM hisoblash usullari mavjud:
1. MM2 (ChemOffice);
2. MMX (PCModel);
3. MM+, Amber, OPLS, BIO+ (HyperChem);
4. GAFF, Ghemical, MMFF94, MMFF94s, UFF (Avogadro);
5. UFF, Dreiding, Amber (Gaussian) va b.
Do'stlaringiz bilan baham: | 
