Kurs ishi mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash asoslari

Filogenetik daraxtdan foydalanishga cheklovlar.
O’ziga xos turlar genlar ketma-ketligi yoki butun genom asosida tuzilgan filogenetik daraxtlar evolyutsiya xaqida qandaydir tushuncha xosil qilsa ham ularda jiddiy cheklovlar mavjud. Filogenetik daraxtlar har doim ham (balki hech qachon) evolyutsiya jarayoni xaqida aynan aniq va to’liq tushuncha bermaydi. Cheklangan ma’lumotlar asosida tuzilgan filogenetik daraxtlar spetsifik yondashuvni talab etadi.
Genlarning gorizontal tashilishi hamda turlar orasidagi gibridlanish evolyutsiyani tavsiflash uchun daraxtlarni qo’llashni qiyinlashtiradi.Bir qator evolyutsion jarayonlar tadqiq etilayotgan gurux rivojlanishida muxim o’rin tutganida nisbatan murakkab usullar, masalan filogenetik to’rni qo’llash maqsadga muvofiqdir.
Evolyutsiya jarayonida nobud bo’lgan turlar filogenetik daraxtga kiritilganida ular daraxtning yakuniy nuqtasi xisoblanadi, chunki ularning hozirda mavjud turlar to’g’ridan –to’g’ri ajdodi bo’lish extimoli juda kichkina.
2.2. Ketma-Ketlikni tahlil qilish.
Mening magistratura dasturi SAT ni hal qilish va cheklovlarni dasturlash kabi rasmiy usullarga qaratilgan. Men bunday usullarni ketma-ketlikni tekislash va ketma-ketlikni tahlil qilish muammolariga, statistik usullar ustunlik qilgan sohalarga qo'llashdan manfaatdorman. Shunday qilib, siz menga cheklovlarni qondirish muammolari sifatida yondashishga mos keladigan ba'zi tadqiqot muammolariga misollar keltira olasizmi?
Cheklovli dasturlash orqali men og'irlashtirilgan cheklovli dasturlash kabi ko'proq moslashuvchan paradigmalarni ham o'z ichiga olaman, bu yerda yechim ba'zi cheklovlarni buzishi mumkin.
Avval mahalliy va global moslashuv bir-biridan qanday farq qilishini o'qing. Keyin maqsad funktsiyasini hal qiling, ya'ni ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlikni qanday o'lchash mumkin? Balki Hamming masofasidan foydalanish mumkinmi? Yoki Levenshteyn masofasimi? Shundan so'ng optimallashtirish qismi, ehtimol, tabiiy ravishda paydo bo'ladi. Mavjud dasturlarni tekshirishni unutmang. Oson narsalar allaqachon sinab ko'rilgan. (Aytgancha, negadir biologlar qo'ng'iroq qilishadi n-gramm kabi k-mers.)