Makromolekulyar tuzilmalar

3D tuzilmalar orasidagi evolyutsion munosabatlar
Vektor Alignment Seach Tool (VAST) kompyuter algoritmi o'xshash oqsilning 3 o'lchovli tuzilmalarini sof geometrik mezonlar bo'yicha aniqlash va ketma-ketlikni taqqoslash orqali tanib bo'lmaydigan uzoq homologlarni aniqlash uchun ishlab chiqilgan.
Buning uchun VAST Molekulyar Modellashtirish ma'lumotlar bazasida (MMDB) har bir oqsil strukturasidagi 3D domenlarni (quyi tuzilmalarni) aniqlaydi va keyin o'xshash shakldagi oqsil molekulalarini o'z ichiga olgan boshqa tuzilmalarni topadi. “Original VAST” deb ataladigan bu chiqish butun uzunligi bo‘ylab o‘xshash shaklga ega bo‘lishi mumkin bo‘lgan yoki uzunligining faqat bir qismi bo‘ylab, masalan, bitta 3D domenida bo‘lishi mumkin bo‘lgan individual oqsil molekulalari o‘rtasidagi taqqoslashni aks ettiradi.
Bundan tashqari, VAST+, dasturning kengaytirilgan versiyasi nafaqat o'xshash shakldagi individual oqsil molekulalari yoki parchalarini almashadigan o'xshash shakldagi biologik birliklarga (shuningdek, "biologik birliklar" deb ataladi) ega bo'lgan makromolekulyar tuzilmalarni topadi.
VAST va VAST+ maʼlumotlarni qayta ishlash jarayonida MMDBʼdagi har bir oqsil uchun oʻxshash 3D tuzilmalarni aniqlash uchun qoʻllaniladi va oldindan hisoblangan natijalarga tuzilmaning xulosa sahifalaridagi “ Oʻxshash tuzilmalar: VAST+ ” havolalari orqali kirish mumkin. VAST+ yordam hujjati VAST va VAST+ oʻrtasidagi farqlar haqida batafsil maʼlumot beradi , VAST+ natijalarining tasvirlangan namunasi va
original VAST natijalari tasvirlangan misol .
( VAST Qidiruv sahifasidan PDB formatidagi yangi echilgan tuzilmaning koordinatalarini MMDB dagi barcha tuzilmalar bilan solishtirish uchun qo'shnilarini topish uchun ham foydalanish mumkin.)
Ketma-ketlik-tuzilma munosabatlarining interaktiv ko'rinishlari 
MMDB-dagi barcha tuzilmalarni bepul iCn3D veb-ga asoslangan 3D ko'rish vositasi yoki bepul Cn3D mustaqil dasturiy ta'minot dasturi yordamida ko'rish mumkin, ular interaktiv tekshiruvga urg'u berib, uch o'lchovli tuzilmalarni vizualizatsiya qilish uchun MMDB uchun qo'shimcha manbalar sifatida ishlab chiqilgan. ketma-ketlik-tuzilma munosabatlari. iCn3D ham, Cn3D ham bir vaqtning o‘zida 3D tuzilmasini va uning tegishli ketma-ketlik ma’lumotlarini ko‘rsatishi mumkin va sizga qiziq bo‘lgan narsalarni (masalan, butun oqsil yoki nukleotid molekulalari, ketma-ketlik ma’lumotlari oralig‘i yoki istalgancha alohida aminokislotalar yoki nukleotidlar) tanlash imkonini beradi . ikkala ko'rinishda ularning joylashishini tekshirish uchun ko'rish. Mustaqil Cn3D displeyining tasvirlangan namunasi inson P53 o'simta bostiruvchisi bilan ko'rsatilgan , unda bog'langan DNKning 5 angstromidagi aminokislotalar Cn3D tuzilishi va ketma-ketlikni ko'rish oynalarida sariq rangda ta'kidlangan.
O'xshash ketma-ketlik ma'lumotlariga ega bo'lgan oqsillar, shuningdek, iCn3D yoki Cn3D ga import qilinishi va strukturaning ketma-ketligi ma'lumotlariga moslashtirilishi mumkin, tasvirlangan misolda ko'rsatilgandek, Cn3D ning inson prostaglandin endoperoksid sintaza 1 ning 3D tuzilishga ega qo'y gomologiga mos kelishini ko'rsatadi.
iCn3D va Cn3D geometrik o'xshash tuzilmalarning superpozitsiyalarini ko'rsatish uchun ham ishlatilishi mumkin (ya'ni, VAST O'xshash tuzilmalar), saqlangan domenlarda aniqlangan saqlanib qolgan asosiy motivlar va MMDBda hali mavjud bo'lmagan PDB formatidagi yangi echilgan tuzilmalar .
3D tuzilma yozuvlari va tegishli adabiyotlar, molekulyar va kimyoviy ma'lumotlar o'rtasidagi aloqalar 
MMDBdagi har bir tuzilma uchun ma'lumotlarni qayta ishlash protsedurasi Entrez tizimidagi bog'liq adabiyotlarni, molekulyar va kimyoviy ma'lumotlarni aniqlaydi va keyin ushbu ma'lumotlar to'plamlari o'rtasida aloqalarni o'rnatadi. Ushbu tegishli ma'lumotlarga MMDB qidiruv natijalari va tuzilmaning sarhisob sahifalarida havolalar sifatida kirish mumkin .