Makromolekulyar tuzilmalar

Reja:

1. 
   Makromolekulyar tuzilmalar nima?
   
2. 
   Molekulyar modellashtirish ma'lumotlar bazasining mazmuni.
   
3. 
   Molekulyar modellashtirish ma'lumotlar bazasining foydali xususiyatlari.
   
4. 
   MMDB, NCBI, PDB.
   

Makromolekulyar tuzilmalar oqsillar va boshqa biomolekulalarning uch o'lchovli shaklini ko'rsatadi va biologik funktsiya , funktsiya bilan bog'liq mexanizmlar , makromolekulalar evolyutsiya tarixi va o'rtasidagi munosabatlar haqida ko'p ma'lumot beradi. Ko'pgina tuzilma ma'lumotlari rentgen kristallografiyasi va NMR-spektroskopiya kabi eksperimental usullardan olinadi . Genom loyihalari va individual laboratoriyalar genlarning nukleotidlar ketma-ketligini va ularning gen mahsulotlarining chiziqli oqsil ketma-ketligini hal qilgan bo'lsa-da, oqsillar va boshqa biomolekulalarning funktsiyalari oxir-oqibat ularning shakliga bog'liq. . Shu sababli, strukturaviy biologiyani o'rganishgenomikaga muhim qo'shimcha hisoblanadi. Birgalikda bu sohalar minglab organizmlarning biologiyasini tushunishga yordam beradi va oqsil funktsiyalari va tasnifi , ular bog'laydigan kimyoviy moddalar , biologik tizimlar va boshqalar bo'yicha ko'proq tadqiqotlar uchun asos yaratadi.
Uch o'lchovli struktura oqsilning funktsional shaklini ko'rsatadi va DNK bilan bog'lanishda faol bo'lgan o'ziga xos aminokislotalarni aniqlash uchun ishlatilishi mumkin. Bu erda sariq sharlar DNK zanjirlarining 5 angstromidagi aminokislotalarni ifodalaydi. ( Mustaqil Cn3D dasturidan foydalanib, ushbu ko'rinishni qanday yaratish bo'yicha bosqichma- bosqich ko'rsatmalar uchun rasm ustiga bosing . Strukturani bepul iCn3D veb-ga asoslangan 3D ko'rish vositasida ham ko'rish mumkin ( iCn3D da 1TUPni oching ), bu erda iCn3D " Tanlash > Masofa bo'yicha" menyu opsiyasi o'zaro ta'sir interfeyslarini ta'kidlash uchun ishlatilishi mumkin.)Li-Fraumeni sindromi va turli xil saraton kasalliklari bilan og'rigan bemorlarda kuzatilgan bir qator mutatsiyalar (allelik variantlar) 393 aminokislota TP53 oqsilining hizalanishiga asoslanib , oqsilning ushbu mintaqalarida yoki yaqinida sodir bo'lgan ko'rinadi . Man ( OMIM 191170 ) 3D strukturasining oqsil ketma-ketligi ma'lumotlariga. Birgalikda ketma-ketlik ma'lumotlari, 3D tuzilmasi va fenotipik kuzatuvlar oqsil va uning biologik funktsiyasi haqida ularning har biriga qaraganda ko'proq tushuncha beradi. Bu haqda ko'proq o'qish uchun tuzilma yozuvini ( 1TUP kirish) oching va Cn3D mustaqil dasturi yoki iCn3D dan foydalaning. tuzilmani va uning tegishli ketma-ketlik ma'lumotlarini interaktiv ko'rish uchun veb-ga asoslangan dastur.
Ushbu yordam hujjati davomida P53 o'simta bostiruvchi ( 1TUP ) va prostaglandin-endoperoksid sintaza ( 1PTH , ushbu hujjatning ketma-ketlik-tuzilma-funktsiya bo'limida muhokama qilingan) tuzilmalari qidiruv misollari va rasmlarida qo'llaniladi. Molekulyar modellashtirish ma'lumotlar bazasini qidirish va struktura yozuvining mazmuni va xususiyatlarini tavsiflash mumkin.