Mavzu. Gen va genomlarni

№11 Ma’ruza


Mavzu. Gen va genomlarni sekvenirlash.


Reja:


1
2


. Genlarni sekvenirlash turlari.
. Sekvenirlashning Senger usuli. Maksam-Gilbert usuli asosida
sekvenirlash.


3


. NGS (Next-generation Sequencing) sekvenirlash.


Tayanch iboralar: Genlarni sekvenirlash, Senger usuli, Maksam-Gilbert


usuli, NGS (Next-generation Sequencing) sekvenirlash.


1


.


Genlarni sekvenirlash turlari. Biopolimerlarning ketma-ketligi


(oqsillar va nuklein kislotalar - DNK va RNK) - ularning aminokislotalar yoki
nukleotidlar ketma-ketligini aniqlash (lotincha sequentum - ketma-ketlik).
Sekvensiya natijasida chiziqli makromolekulaning birlamchi tuzilishining
rasmiy tavsifi matn shaklida monomerlar ketma-ketligi shaklida olinadi.
Sekvensiya qilinadigan DNK segmentlarining o'lchamlari odatda 100 ta
asosiy juftlikdan (keyingi avlod sekvensiyasi) va Sanger sekvensiyasi uchun


1


000 ta asosiy juftlikdan oshmaydi. Bir-biriga o'xshash DNK bo'limlarini ketma-


ketlashtirish natijasida gen bo'limlari ketma-ketligi, butun genlar, umumiy
mRNK yoki organizmlarning to'liq genomlari olinadi.


Sekvensiya uchun Edman, Sanger va boshqalarning usullari qo'llaniladi;
Hozirgi vaqtda genlarni sekvensiyalash uchun dideoksinukleozid trifosfatlar
(ddNTP[en]) bilan Sanger usuli keng tarqalgan. Odatda, sekvensiyalashdan
oldin, ketma-ketlashtiriladigan DNK hududi PCR orqali kuchaytiriladi. Butun
genom ketma-ketligi odatda keyingi avlod sekvensiyasi texnologiyalari
yordamida amalga oshiriladi.


2


.


Sekvenirlashning Senger usuli. Maksam-Gilbert usuli asosida
sekvenirlash.
Dideoksinukleotid usuli yoki zanjirni tugatish usuli 1977 yilda F. Sanger


tomonidan ishlab chiqilgan bo'lib, hozirgi vaqtda DNKning nukleotidlar ketma-
ketligini aniqlash uchun keng qo'llaniladi. Sanger sekvensiyasi 17-20 nt
uzunlikdagi sintetik oligonükleotidni ketma-ketlik zanjirlaridan birida ma'lum
bir joy bilan gibridlaydi. Bu oligonukleotid shablonni to'ldiruvchi zanjirning
sintezini boshlash uchun 3'-gidroksil guruhini ta'minlovchi primerdir.


3


.


NGS (Next-generation Sequencing) sekvenirlash.


1





Keyingi avlod sekvensiyasi (NGS) - bu DNK va RNKning nukleotidlar
ketma-ketligini aniqlash, uning asosiy tuzilishining rasmiy tavsifini olish uchun
usullar guruhi. Yangi avlod sekvensiyasi usullari texnologiyasi genomning bir
nechta bo'limlarini bir vaqtning o'zida "o'qish" imkonini beradi, bu avvalgi ketma-
ketlik usullaridan asosiy farqidir. NGS polimeraza ta'siri ostida zanjir kengayishi
yoki oligonükleotidlarning ko'p marta bog'lanishining takroriy sikllari orqali amalga
oshiriladi. NGS davomida bir ish siklida nukleotidlar ketma-ketligining yuzlab


megabazalari va gigabazalari hosil bo'lishi mumkin.


Ion Torrent sekvenserlari genlar, transkriptomlar, ekzomalar yoki genomlar
panellarini sekvensiyalashdan qat'i nazar, yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasini
oson, tez va arzon qiladi.


2