Oqsil strukturalarini oldindan aytish va modellashrtirish

1.2. Molekulyar va molekulalararo kontaktlarni farqlash muammosi 
Hozirgi vaqtda qoldiq-kontakt juftligini bashorat qilish uchun qo'llaniladigan usullar 
molekulyar va molekulalararo kontaktlarni ishonchli ajrata olmaydi, ammo 
ikkalasini ajratish quyida keltirilgan ko'plab usullarning optimal ishlashi uchun 
muhimdir. Intramolekulyar qoldiq kontaktlarini bashorat qilish odatda osonroqdir, 
chunki bitta protein ketma-ketligini moslashtirish etarli. Biroq, agar maqsad gomo-
oligomerlarni hosil qilsa, yakuniy aloqa bashorati, agar ular struktura va funktsiya 
uchun muhim bo'lsa va shuning uchun evolyutsion bosim ostida bo'lsa, molekula 
ichidagi va molekulalararo kontaktlarni o'z ichiga oladi. Bunday sharoitda bashorat 
qilingan aloqalarni talqin qilish noto'g'ri bo'lishi mumkin. Shu bilan birga, agar 
monomerik yoki dimerik oqsil tuzilishi uchun strukturaviy ma'lumot mavjud bo'lsa, 
bashorat qilingan aloqa ma'lumotlari kuchli bashorat qilingan, ammo 
qoniqtirilmagan kontakt juftliklarini aniqlash orqali potentsial yangi oligomerik 

---

holatlarni aniqlashda muhim bo'lishi mumkin (Hopf). va boshqalar. , 2012 yil 
yanvar va boshqalar. , 2014 ).
Gomo-oligomerlardagi molekulyar va molekulalararo kontaktlarni ajratish bo'yicha 
strukturaviy ma'lumot mavjud bo'lmaganda, foydalanish imkoniyatini bashorat 
qilish yordam berishi mumkin: molekulyar sirtda qoldiqlar juftligi bilan aloqa 
qiladigan nomzodning ikkalasi ham taxmin qilinsa, molekulalararo kontakt ko'proq 
bo'ladi. Ba'zi kontaktlarni bashorat qilish algoritmlarida molekula ichidagi 
kontaktlarni (masalan, PconsC 2 Skvark va boshqalar. , 2014), erituvchiga kirish 
mumkin bo'lgan sirt maydonini bashorat qilish usullarini davom ettirish 
(Xeffernan) va boshqalar. , 2015) bashorat qilingan aloqa xaritalarida molekulyar 
va molekulalararo kontaktlarning bo'linishini osonlashtirishi kerak. Transmembran 
oqsillari uchun lipofillik prognozlari odatda membranaga qaragan qoldiqlarni 
aniqlash uchun ishlatiladi (Koehler Leman va boshqalar. , 2015), bu ikki qatlamdagi 
molekulalararo kontaktlarni ajratishga yordam berishi mumkin. 
Hetero-oligomerik oqsil komplekslari holatlarida, kontakt juftlarini bashorat 
qilishda boshqa qiyinchilikka duch keladi. Molekulyar va molekulalararo 
kontaktlarni ajratish talab etilmasa ham, EK usullari uchun bir nechta ketma-ketlikni 
yaratish juda qiyin, chunki ortologik o'zaro ta'sir qiluvchi ketma-ketlik juftlari ko'p 
sonli turlardan ishonchli tarzda aniqlanishi kerak. Odatda, individual 
hizalanishlardan olingan ketma-ketliklar bakterial genom koordinatalari yordamida 
juftlashtiriladi, ya'ni Ularning genomdagi joylashuvi qanchalik yaqin bo'lsa, 
ularning birgalikda ifodalanishi va jismoniy o'zaro ta'siri shunchalik yuqori bo'ladi 

---

(Ovchinnikov va boshqalar. , 2014 yil Hopf va boshqalar. , 2014 yil Skerker va 
boshqalar. , 2008). Bu ma'lumot juda muhim, chunki oqsil va oqsil o'zaro ta'sirining 
saqlanishi barcha gomologlar orasida mavjud bo'lmasligi mumkin. Ushbu 
yondashuvdan foydalangan holda bir nechta tadqiqotlar EK usullarining getero-
oligomerik oqsil komplekslariga qo'llanilishini ko'rsatdi. Masalan, Hopf va uning 
hamkasblari DinJ–YafQ (Hopf) kompleksi interfeysidagi 19 qoldiq kontaktdan 17 
tasini to'g'ri bashorat qilishdi. va boshqalar. , 2014). Ovchinnikov va uning 
hamkasblari 50S ribosoma subunit kompleksi oqsillari va boshqa protein 
komplekslari o'rtasida bir nechta kontaktli qoldiq juftlarini ishonchli tarzda bashorat 
qilishdi (Ovchinnikov). va boshqalar. , 2014). Har bir holatda, bashorat qilingan 
aloqa ma'lumotlari individual tarkibiy tuzilmalar asosida oqsil komplekslarining 
aniq modellarini aniqlash imkonini berdi. Protein interfeysi bilan aloqani bashorat 
qilish uchun ketma-ketlikni moslashtirish uchun ikkinchi, oddiyroq usul ishlab 
chiqilgan. Bu usul bakterial genomdan mustaqil va genomdan foydalangan holda 
ortologik ketma-ketlik juftliklariga mos keladi. PORTLASH ballar (Iserte va