Первым идею о необходимости рассмотрения звуков языка как составляющих морфем высказал И. А. Бодуэн де Куртенэ

1.4. Позднейшее развитие
Рядом лингвистов, так или иначе причастных к истории МФШ, в разные годы были предложены фонологические концепции, являющиеся попытками синтеза теорий московских и ленинградских фонологов либо предлагающие несколько подходов к понятию фонемы одновременно (поэтому А. А. Реформатский, ссылаясь на С. И. Бернштейна, называет их плюралистическими, или концепциями «двойного счёта»^[16], имея в виду подсчёт числа фонологических единиц в языке). Ни одна из этих теорий не была принята сторонниками традиционной фонологии МФШ. Первым, ещё в 1930-х годах (хотя статья «Основные понятия фонологии» была опубликована лишь в 1962 г.), к мысли о подобной концепции пришёл С. И. Бернштейн. Он считал возможным рассматривать «московскую» фонему как обобщение «ленинградской». В концепции Бернштейна различаются несколько разновидностей фонетических чередований:

• 
  дивергенции (позиционные):
  
  • 
    1-й степени (вариации) — дивергенции, члены которых (варианты) не встречаются в одинаковых позиционных условиях (ср. понятие вариации фонемы в традиционном учении МФШ); варианты составляют фонему 1-й степени (Ф¹);
    
  • 
    2-й степени (субституции) — дивергенции, члены которых (субституты) чередуются в одних позиционных условиях и равно возможны в других (к примеру, в русском языке члены чередования д — т равно возможны перед гласными: дом — том, но в позиции конца слова один из них всегда заменяется другим: род [т] — рот); субституты составляют фонему 2-й степени (Ф²);
    
• 
  трансформации. Элементы трансформаций образуют фонему 3-й степени (Ф³), или морфонему^[16].
  

Другим проявлением «фонологического плюрализма» может считаться теория «смешанных фонем», изложенная С. К. Шаумяном в статье «Проблема фонемы», где предлагалось понятие смешанной фонемы для случаев нейтрализации противопоставлений фонем в слабых позициях^[16]. По Шаумяну, в первых слогах рус. ногой — нагой выступает одна и та же смешанная фонема [o/a], объединяющая в себе фонемы [o] и [a]^{[17]:337—338}.