Первым идею о необходимости рассмотрения звуков языка как составляющих морфем высказал И. А. Бодуэн де Куртенэ

1.4.1. Теория Р. И. Аванесова
К середине 1950-х годов обозначилась особая позиция Р. И. Аванесова и ряда его учеников по вопросам фонологии, не разделявшаяся большинством сторонников МФШ^[18]. Впервые концепция Аванесова была изложена автором в 1954 году в Ленинграде; позднее увидели свет представляющие концепцию статья «Кратчайшая звуковая единица в составе слова и морфемы» и книга «Фонетика современного русского литературного языка».
Р. И. Аванесов, сохраняя опору на морфологию при определении фонем, предлагает разграничение сильных и слабых фонем^[16], основанное на том, что в различных позициях число позиционно обусловленных признаков звуковых единиц неодинаково: так, у [с'] в рус. сядь признак мягкости не обусловлен позицией (ср. сад), а в снять — обусловлен позицией перед [н']. В позициях такой обусловленности вследствие нейтрализации может противопоставляться меньшее число звуковых единиц, чем в других позициях, поэтому их способность к различению звуковых оболочек слов снижается. В таких позициях выступают слабые фонемы, в позициях максимальной дифференциации — сильные (возможность или невозможность отождествления единицы слабой позиции с единицей сильной, существенная для понятия гиперфонемы в традиционной МФШ, здесь не имеет определяющего значения). Позиционно чередующиеся сильная и слабые фонемы составляют фонемный ряд^[19].
Как сильная, так и слабая фонема может выступать в позиционных вариантах: например, в русском языке слабая гласная фонема первого предударного слога α имеет варианты [ʌ] (после твёрдых согласных) и [и^е] (после мягких)^[20].
1.4.2. Теория М. В. Панова
В 1967 году вышла в свет книга М. В. Панова «Русская фонетика», в которой учёный изложил свою фонологическую теорию, основанную на понятиях парадигмы как ряда позиционно чередующихся звуков и синтагмы^[16]. М. В. Панов различает синтагмо-фонемы — множества дополнительно распределённых звуковых единиц, способных вступать в те или иные сочетания с другим звуками, — и парадигмо-фонемы — множества звуковых единиц, позиционно чередующихся в рамках одной морфемы (понятие, соответствующее традиционной фонеме МФШ)^[2]. Число синтагмо-фонем, близких к фонемам в понимании ЛФШ и Н. С. Трубецкого, может быть весьма значительным (так, М. В. Панов выделял в русском языке 73 согласных синтагмо-фонемы^[2]); для разрешения этой и других проблем Панов вводит понятие субфонемы — различительного признака синтагмо-фонем, по отношению к которому понятие синтагмо-фонемы является производным^[16].