MIRZO ULUG’BEK NOMIDAGI O’ZBEKISTON MILLIY UNIVERSITETI BIOLOGIYA FAKULTETI 4-KURS 401- GURUH TALABASI
RAXMATULLAYEVA SHAXZODANING
BIOINFORMATIKA FANIDAN TAYYORLAGAN MUSTAQIL ISHI
Mavzu: BLASTx dasturida nukleotid va oqsil ketma-ketligini tahlil qilish
1. MYB1 geni haqida ma'lumot
2. BLASTx funksiyalari va ishlash tartibi
3. Natijalar tahlili
MYB1
Tuz bilan bog'liq MYB1 Arabidopsisdagi tuz stressi paytida absis kislotasi biosintezi va signalizatsiyasini muvofiqlashtiradi. Abiotik stresslar, masalan, sho'rlanish, barcha asosiy ekin o'simliklarining global hosildorligini yo'qotadi. Shuning uchun oziq-ovqat va yem-xashak ishlab chiqarish uchun tuz stressiga chidamliligi uchun o'simliklarni yetishtirishga yordam beradigan omillar va mexanizmlar katta ahamiyatga ega.
Bu yerda stress gormoni abscisic kislotasi (ABA) darajasini tartibga solish orqali sho'rlangan sharoitda Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) urug'ining unib chiqishiga salbiy ta'sir ko'rsatadigan MYBga o'xshash transkripsiya omili, Tuz bilan bog'liq MYB1 aniqlangan.
Bundan tashqari, MYB1 vegetativ o'sish va barg shakliga ta'sir qiladi. Biz MYB1 ABA biosintezi va signalizatsiya bilan bog'liq genlarni to'g'ridan-to'g'ri yo'naltiradigan muhim transkripsiya regulyatori ekanligini va shuning uchun ABA vositachiligidagi tuz stressiga chidamlilikning muhim regulyatori sifatida qaralishini bilib oldik.
MYB1 muhitda unib chiqishga ta'sir qiladi
Mikroarray va qRT-PCR tahlili
SRM1 stress tufayli yuzaga keladi
SRM1 ma'lum elementlarga bog'lanadi
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi.
Nucleotide BLAST- organizmdagi nukleotidni nukleotidga solishtiradi.
Blastx-nukleotidni proteinga o'tkazib beradi
tblastn-proteinni nukleotidga o'zgartirib beradi
Protein BLAST -organizmdagi proteinni proteinga solishtiradi.
BLASTx-da nukleotidlar ketma-ketligi so'rov sifatida ishlatiladi, bu birinchi navbatda barcha oltita o'qish ramkalarida tarjima qilinadi, so'ngra tarjima qilingan aminokislotalar ketma-ketligining har biri oqsil ma'lumotlar bazalaridagi oqsil ketma-ketligi bilan taqqoslanadi. Shunday qilib, taqqoslash aminokislotalar darajasida sodir bo'ladi va natijada so'rov nukleotidlar ketma-ketligi bo'lsa-da, aminokislotalar ketma-ketligi (ya'ni, tarjima qilingan so'rov va oqsil ma'lumotlar bazasidagi homolog ketma-ketlik) bo'ladi.
BLASTx - bu genlarni aniqlash yoki bashorat qilish uchun kuchli vosita. Genomik DNK/cDNKdagi oqsil kodlovchi genlarni aniqlash uchun tavsiya etiladi. Shuningdek, u yangi nukleotidlar ketma-ketligi protein kodlovchi gen yoki yo'qligini aniqlash uchun ishlatiladi va u transkriptlar yoki transkript variantlari bilan kodlangan oqsillarni aniqlash uchun ishlatilishi mumkin.
MAQSAD
Berilgan kodlash ketma-ketligidan (CD) ochiq o'qish ramkasini va gen nomini aniqlash.
E’tiboringiz uchun
rahmat!
Do'stlaringiz bilan baham: |
