Tabiatda mikroorganizmlar keng tarqalgan bo’lib, unda beto’xtov sodir bo’ladigan moddalar almashinuvida aktiv ishtirok etadi

Pektinli bijg‟ish. O’simlik hujayralarini bir –biriga biriktirib turuvchi moddalar pektin deb ataladi, ya’ni bu o’simlik hujayralarini mustahkamlab to’qimalarga aylantiradigan hujayralararo moddadir. Ular suvda erimaydi va har qanday o’simlik qoldiqlarida anchagina miqdorda bo’ladi.
Bakteriya va achitqilar pektin, protopektin, pektin kislotasini aerob va anaerob sharoitlarda parchalaydi Pektin kislotasining parchalanishidan hosil bo’lgan mahsulotlar oksidlanadi yoki mikroorganizmlar bijg’itadi.Anaerob sharoitda moy kislotali bakteriyalardan Cl. pectinovorum bijg’itishi natijasida moy, sirka kislotalari, H₂ va CO₂ gazlari hosil bo’ladi. Cl. felsineumda esa ulardan tashqari kam miqdorda aseton va butil spirti hosil bo’ladi. Pektinli bijg’ish zig’ir, nasha, kanop, kandir va boshqa o’simliklardan tola ajratib olishda keng qo’llaniladi.
Fosfor aylanishi. Tuproqda oqsil moddalar va lipoidlar tarkibida fosfor ko’p bo’ladi. Organik moddalar chirib parchalanganda fosfor kislotasi hosil bo’lib, tuproqdagi kaliy, magniy, temir tuzlari bilan birikadi. Bu birikmani o’simlik o’zlashtiradigan-eriydigan holatga fosfor mikroblari keltiradi. Bunda nitrifikasiyalovchi, oltingugurt, tion bakteriyalari qatnashadi. Fosfor mikrobalarining toza kulturasidan bakterial o’g’it – fosfobakterin tayyorlashda foydalaniladi. (Bas.megaterium var phosphaticum). Ular organik fosforni mineralizasiya qilib, o’simliklarning fosforli oziqlanishini yaxshilaydi
Oltingugurt almashinishi. Oltingugurt hayvon va o’simlik oqsilining, ko’pchilik organik va anorganik birikmalarning asosiy qismidir. Tuproqqa o’simlik va hayvon qoldiqlari bilan tushadi. Qoldiqlar parchalanganda, oltingugurt vodorod sulfid shaklida ajralib chiqadi. Vodorod sulfid oltingugurtli bakteriyalar ishtirokida oksidlanib sulfat kislotasi va suv hosil qiladi.
2H₂S + O₂ – 2H₂O + 2S + 532,1; 2S + 3O₂ + 2H₂O – 2H₂SO₄ + 1231,9
Oltingugurt to’plovchi bakteriyalar autotroflar bo’lib, oltingugurt ular uchun oziq modda hisoblanadi. Ular tuproqda, botqoqli joylarda, ko’l suvlarida, ayniqsa oltingugurtli buloq suvlarida ko’p uchraydi.