Toshkent Kimyo-Texnologiya Instituti Mavzu: dnk gel elektroforezini ishlash jarayonini o’rganish

Toshkent Kimyo-Texnologiya Instituti

Mavzu: DNK Gel elektroforezini ishlash jarayonini o’rganish

Bajardi: Eshmatov Quvonchbek

Reja: 1. Gel elektroforezi. 2. DNK fragmentlari gel bo’ylab qanday harakatlanadi? 3. DNK fragmentlarining vizual tahlili.

Gel elektroforezi DNK fragmentlari (yoki RNK va oqsil singari boshqa makromolekulalar)ni oʻlchami va zaryadi boʻyicha ajratish usuli hisoblanadi. Elektroforez kerakli molekulalarni oʻz ichiga olgan gel orqali zaryad oqimini oʻtkazishdan iborat. Molekulalar oʻz oʻlchamlariga mos ravishda gel orqali turli yoʻnalishda yoki turli tezlikda bir-biridan ajraladi. Barcha DNK molekulalari maʼlum massa birligida bir xil zaryada ega. Shuning uchun gel elektroforezi DNK fragmentlarini oʻlchamiga qarab ajratadi. Elektroforez yordamida namunada qancha turdagi DNK fragmentlari mavjudligini va ularning bir-biriga qanday bogʻliqligini bilib olishimiz mumkin.

Zamonaviy DNK gel elektroforez apparatlari:

DNK namunalari qoʻshilishidan oldin gel maxsus gel qutisiga joylashtiriladi. Bu qutining bir chekkasida musbat, ikkinchi chekkasida manfiy elektrod joylashtirilgan. Qutining asosiy qismiga elektr zaryadini oʻtkazadigan tuz saqlovchi bufer eritma solinadi.

Garchi yuqoridagi rasmda buni koʻrishning iloji boʻlmasa ham, bufer eritma qutiga gelni qoplaydigan darajada quyiladi.

Garchi yuqoridagi rasmda buni koʻrishning iloji boʻlmasa ham, bufer eritma qutiga gelni qoplaydigan darajada quyiladi.

Gelning quduqlar mavjud qismida manfiy elektrodlar joylashtirilgan. Quduqlarsiz qismida (DNK fragmentlari harakatlanadigan tomon) musbat elektrodlar joylashtirilgan.

Gel qutiga joylashtirilgach, tekshirilishi kerak boʻlgan DNK namunalari (misol uchun, PZR reaksiyasi yoki restriksion parchalash natijasida olingan plazmid) ehtiyotkorlik bilan quduqlarning biriga joylashtiriladi. Bitta quduq esa DNK chizgʻichi – maʼlum uzunlikka ega boʻlgan standart namuna uchun ajratiladi. Sanoat miqyosida ishlab chiqariladigan DNK chizgʻichlari har xil oʻlchamda boʻladi, shuning uchun biz kerakli fragmentlarni oʻlchami orqali ajratib olishimiz mumkin. Shundan soʻng kuchlanish ishga tushiriladi va gel qutisi orqali elektr toki oʻtkazish boshlanadi. DNK molekulalari fosfat guruhi tutganligi bois manfiy zaryadga ega, shu tufayli ular gel matriksi orqali musbat qutb tomon harakatlanadi. Kuchlanish ishga tushirilib, gel orqali zaryad oʻtishi boshlanganda, gel ishlayotgan holatda boʻladi.

Gel ishlayotganda, uzun fragmentlarga qaraganda qisqa DNK fragmentlari gel matritsasining poralaridan tezroq oʻtadi. Gel biroz vaqt ishlagandan soʻng, DNKning eng qisqa fragmentlari gelning musbat qutbiga yaqinlashadi, eng uzun DNK fragmentlari esa quduqlar yaqinida qolib ketadi. Agar gel uzoq vaqt ishlasa, DNKning juda qisqa fragmentlari gelning chekkasidan chiqib ketishi mumkin.

Gel ishlayotganda, uzun fragmentlarga qaraganda qisqa DNK fragmentlari gel matritsasining poralaridan tezroq oʻtadi. Gel biroz vaqt ishlagandan soʻng, DNKning eng qisqa fragmentlari gelning musbat qutbiga yaqinlashadi, eng uzun DNK fragmentlari esa quduqlar yaqinida qolib ketadi. Agar gel uzoq vaqt ishlasa, DNKning juda qisqa fragmentlari gelning chekkasidan chiqib ketishi mumkin.

Fragmentlar ajralgandan soʻng gelni tekshirib, unda qanday oʻlchamdagi tasmalar borligini aniqlash mumkin. Gel DNK bogʻlovchi boʻyoq bilan boʻyalib, UB nurlari ostiga qoʻyilsa, gelning turli qismlarda joylashgan DNK fragmentlari yaltirab koʻrinadi.

DNKning geldagi koʻzga eng yaxshi tashlanadigan “chiziqlari” tasma deb nomlanadi. Har bir tasma gelning shu qismida joylashgan bir xil oʻlchamli DNK fragmentlarini oʻz ichiga oladi. Bitta DNK fragmenti (hatto DNK fragmentlarining kichik guruhi) yolgʻiz oʻzi koʻzga koʻrinmaydi.

Chizgʻichdagi har bir raqam yonidagi aj DNK fragmentida qancha asos jufti mavjudligini koʻrsatadi.

E’TIBORINGIZ UCHUN RAHMAT