194-guruh talabasi Nurullayev Davronning Bioinformatika fanidan

O‘ZBEKISTON RESPUBLIKASI OLIY TA’LIM, FAN VA INNOVATSIYALAR VAZIRLIGI
URGANCH DAVLAT UNIVERSITETI



Tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo’nalishi
194-guruh talabasi Nurullayev Davronning
Bioinformatika fanidan

KURS ISHI

Mavzu: Biologik ketma-ketliklarning juftlik taqqoslanishi.


Bajardi: Nurullayev D.
Qabul qildi :


Urganch 2021
MUNDARIJA:

Kirish..............................................................................................................3
I bob. Adabiyotlar sharhi.................................................................................5
II bob. Asosiy qism.........................................................................................13
2.1. Biologik ketma-ketliklarni taqqoslash asoslari..........................................13
2.2. Pairwise Sequence Comparison (PASC) va uning filoviruslarni tasniflashda qo'llanilishi.......................................................................................................22
2.3. Turli DNK yoki oqsil ketma-ketligi o'rtasidagi funktsional va evolyutsion munosabatlarni o'rganish.........................................................................................29
Xulosa.....................................................................................................................33
Foydalanilgan adabiyotlar............................................................................34

Kirish.

Taqqoslash bioinformatikaning asoslaridan biridir. Tasavvur qilib ko’raylik, funksiyasi ma’lum bo’lgan aminokislota ketma-ketligining tajribadan olingan natijalari bor. Tuzilishi shunga o’xshash aminokislota ketma-ketligi yordamida bu modda ham o’xshash vaifalarni amalga oshiradi deb tahmin qilishimiz mumkin bo’ladi. Bu ketma-ketliklarning mos kelishi vazifasiga kiradi.

Yana bir boshqa vazifa genom tahlili bilan bog’liq. Turli organizmlar genomi tahlil etilganida uzun nukleotid ketma-ketligi olinadi. U yerda genlar –oqsil hamda tRNK va rRNKni kodlovchi uchastkalar ham bor. Ketma-ketlik orasidan ushbu genlarni topish asosiy vazifalardan biri xisoblanadi. Yana bir vazifa boshqarish vazifasini amalga oshiruvchi, DNKdagi signallarni, ya’ni regulyator oqsillar bog’lanish uchastkalari, ushbu gendan transkirptisiyalanuvchi mRNK ikkilamchi strukturalarini izlash xisoblanadi. Bioinformatikada bundan tashqari yana ko’plab vazifalar mavjud. Bu masalalarni hal etishda tahlil qilish usullari-algoritmlarni va tahlil dasturlarini ishlab chiqish kerak bo’ladi. Biror dasturni yaratishda uning barcha uchun mos, haqiqatga yaqin ekanligi muxim sanaladi. Yaratilgan yangi usulning to’g’ri ishlashini tekshirish uchun uni avvalilgaridan ma’lum bo’lgan, to’liq o’rganilgan moddalarda tekshirib ko’rish kerak bo’ladi. Agar bunda olingan natijalar haqiqatga 80-90% mos kelsa, bu usul nom’lum strukturalarni aniqlashda ham to’g’ri natijalarni beradi deb aytish mumkin bo’ladi.
Ketma-ketliklarni taqqoslash masalasini ko’rib chiqaylik. Bunda bir ketma-ketlik ikkinchisining pasiga yoziladi.