Genomni kartalashtirish reja: Genetik haritalash tarixi Haritalashning dasturiy turlari

Termiz Davlat Universiteti Tabiiy fanlar fakulteti Biologiya sirtqi ta’lim yo’nalishi 3-kurs 520-guruh talabasi QURBONOV FERDAUSNING Genomika asoslari fanidan mustaqil ish prizentatsiyasi

GENOMNI KARTALASHTIRISH Reja: 1. Genetik haritalash tarixi 2. Haritalashning dasturiy turlari. 3. Inson genomini haritalash

Genetik harita-strukturaviy genlar, boshqaruvchi gen qismlari va genetik markerlarning nisbiy joylashuvi hamda ular orasidagi nisbiy masofalarning xromosoma (birikish guruhlari) bo‘yicha diagrammasidir. Genetik haritalarni tuzish usuli genetik haritalash deb ataladi.

• Genetik harita-strukturaviy genlar, boshqaruvchi gen qismlari va genetik markerlarning nisbiy joylashuvi hamda ular orasidagi nisbiy masofalarning xromosoma (birikish guruhlari) bo‘yicha diagrammasidir. Genetik haritalarni tuzish usuli genetik haritalash deb ataladi.
• Genetik haritalash tarixi. Dastlab xromosomalarda genlarning o‘zaro joylashishi ular orasidagi krossingover chastotasi bilan aniqlandi. Birinchi marta xromosomalarning genetik haritalarini bu uslubda tuzish imkoniyati 1913-1915 yillarda T.Morgan, A.Stertevant va Morganning laboratoriyasi hodimlari tomonidan genlarni birikish va krossingover hodisalariga asoslangan holda eksperimental usulda ishlab chiqildi. Ushbu tarihiy sanadan boshlab, genetik masofa odatda santimorgan-yoki santimorganidlar, sM sifatida o‘lchanadi, 1 sM 1% larda krossingover chastotasiga mos keladi.

Genetik harita ishlab chiqilgan birinchi organizm qorin qismi qora rangli Drosophila melanogaster pashshasi bo‘lgan. Keyingi bosqichda boshqa turlar uchun genetik haritalash amalga oshirildi. SHunday qilib, genetik harita ishlab chiqilgan birinchi qush va birinchi xayvon uy tovug‘i hisoblanadi. Uy tovug‘ining birinchi genetik haritasini ishlab chiqgan va 1930-yilda uni nashr etgan olimlar A.S.Serebrovskiy va S.G.Petrovga tegishli edi. Haritalashning dasturiy turlari. BFAST. Ingiliz abbreviaturasida Blat-like Fast Accurate Search Tool. Dasturni ishlab chiqarganlar, SNP va indellarga (insertsiya + deletsiya) xatoliklariga nisbatan ta‘sirchanlikni xisobga olishgan, o‘tkazilgan tajriba va aniqlik o‘rtasidagi balans tanlanadi. Juftlashgan uchlarning sekvenirlanishi amalga oshiriladi. Tajriba oxirida tahrirlash uchun Smita-Vaterman algoritmidan foydalanadi. Parallel rejimda klasterda ishlay oladi. Dasturning bfast+bwa versiyasi mavjud. Illumina, ABI SOLiD 454, Helicos formatlariga ega. BLAST. BLAST – tahrirlash vositasi. Har bir o‘xshashlikda bitta almashtirish imkonini bajaradi.

• Genetik harita ishlab chiqilgan birinchi organizm qorin qismi qora rangli Drosophila melanogaster pashshasi bo‘lgan. Keyingi bosqichda boshqa turlar uchun genetik haritalash amalga oshirildi. SHunday qilib, genetik harita ishlab chiqilgan birinchi qush va birinchi xayvon uy tovug‘i hisoblanadi. Uy tovug‘ining birinchi genetik haritasini ishlab chiqgan va 1930-yilda uni nashr etgan olimlar A.S.Serebrovskiy va S.G.Petrovga tegishli edi. Haritalashning dasturiy turlari. BFAST. Ingiliz abbreviaturasida Blat-like Fast Accurate Search Tool. Dasturni ishlab chiqarganlar, SNP va indellarga (insertsiya + deletsiya) xatoliklariga nisbatan ta‘sirchanlikni xisobga olishgan, o‘tkazilgan tajriba va aniqlik o‘rtasidagi balans tanlanadi. Juftlashgan uchlarning sekvenirlanishi amalga oshiriladi. Tajriba oxirida tahrirlash uchun Smita-Vaterman algoritmidan foydalanadi. Parallel rejimda klasterda ishlay oladi. Dasturning bfast+bwa versiyasi mavjud. Illumina, ABI SOLiD 454, Helicos formatlariga ega. BLAST. BLAST – tahrirlash vositasi. Har bir o‘xshashlikda bitta almashtirish imkonini bajaradi.