 Determination of the nature of a cause of a disease

General procedure
• In real-time PCR assays, intercalating dyes or a target-specific probe
or primer (labelled with fluorescent dye) are used
• The measured fluorescent signal is proportional to the number of
specific DNA fragments produced
• Thus, during the real-time PCR, the accumulation of PCR products
can be monitored in each consecutive cycle as a change in the
degree of fluorescence
• So, the assay can be used for
quantification of the DNA or RNA
content in a given sample

---

---

Uses
For detection of
Foot-and-mouth disease virus (FMDV) 
• Classical swine fever virus (CSFV) 
•
Bluetongue virus (BTV)
• Avian influenza virus (AIV) and
•
Newcastle disease virus (NDV)
•
(Vet Sciences Tomorrow – Issue 1 - Jan 2001)
• Tick-borne diseases
• Lyme disease
• Ehrlichiosis
• Tick-borne encephalitis 
• Feline coronavirus (FCoV)
•
(B. Hoffmann et al. / Vet Microbl 139 (2009) 1–23

---

Non PCR based method
In situ hybridization 
• It relies on the principle that 
specific sequences of single-
stranded cell- and tissue-bound RNA and DNA will hybridize 
with single-stranded labeled probes of complementary 
sequence
• Every infectious organism has unique segment of DNA or 
RNA that are not found in other organisms, cells or tissues
• ISH can localize single-copy genes and mRNA transcripts in 
samples with fewer 
than 10 copies per cell present

---

---

•
Collecting samples
Careful sample collection is critical, especially if RNA sequences are
tested. 
This activity is more intense after the animal’s death or after the tissue has been 
removed from a living body (enzymatic activity is still present but no new RNA is 
formed. Therefore, the sooner the tissue is collected and preserved is the better