10-ma’ruza. Genomikani o’rganishda bioinformatikaning roli Bioinformatika fanining maqsadi va uning genomika fani rivojlanishidagi ahamiyati. Bioinformatika

Bioinformatika qo’llaniladigan eng mashhur dasturlar:

ACT – genom tahlilida qo’llaniladi.Arlequin – populyatsion-genetik ma’lumotlarni tahlil etishda qo’llaniladi.

BLAST – nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi xalqaro bazasidan eng yaqin bo’lgan qarindosh tur ketma-ketlikni aniqlashda qo’llaniladi.

Clustal – ko’pgina nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligini o’zaro o’xshashlarini aniqlab bir qatorga yig’ishda qo’llaniladi.

DnaSP – DNK ketma-ketligidagi polimorfizm holatini tahlil qilish uchun qo’llaniladi.

FigTree – filogenetik daraxtni tahrir qilishda foydalaniladi.

MEGA – molekulyar-evolutsion genetik tahlillarda foydalaniladi.

Bundan tashqari yuzlab dasturlar mavjud bo’lib, ular ushbu sohada faoliyat olib boruvchi tadqiqotchiga qulayliklarni yaratadi.

NUKLEOTIDLAR KETMA-KETLIKLARI BAZALARI
1. EMBL ( yevropaning mo’lekulyar biologiya laboratoriyasi)
2. DDBJ ( YAponiyaning DNK ma’lumotlar bazasi)
3. NCBI ( Biotexnologik ma’lumotlarning milliy bazasi)
4. UniGene ( transkripsiyaga asoslangan ma’lumotlar bazasi)
5. STACK (ma’lumotlar haqida savol-javob tizimi)
6. EMBL-SVA (EMBL ning ketma ketlik versiyasi arxivi)
1974 yilda tashkil etilgan EMBL yevropaning hayot fanlaridagi ilg’or laboratoriyasidir - molekulyar biologiya spektrini qamrab oluvchi 80 dan ortiq mustaqil tadqiqot guruhi bo’lgan hukumatlararo tashkilot. Geydelberg, Barselona, ​​Gamburg, Grenoble, Rim va EMBL-EBI Hindiston kabi olti saytdan foydalaniladi. yevropa Molekulyar Biologiya laboratoriyasi Vikipediya, ochiq ensiklopediya Navigatsiyaga o’tish yevropa Molekulyar Biologiya Laboratoriyasi (EMBL) EMBL logo.svg.
Molekulyar Biologiya laboratoriyasi (EMBL) 25 a’zo davlat tomonidan qo’llab-quvvatlanadigan molekulyar biologik tadqiqotlar instituti, to’rtta istiqbolli va ikkita qo’shni davlat hisoblanadi. EMBL 1974 yilda tashkil etilgan bo’lib, uning a’zo davlatlardan pul mablag’lari hisobidan moliyalashtiriladigan hukumatlararo tashkilotdir. EMBL tadqiqotlari molekulyar biologiya spektrini qamrab olgan taxminan 85 mustaqil guruh tomonidan amalga oshiriladi. EMBL yoki yevropadagi Molekulyar Biologiyaning boshqa tadqiqot institutlarida mustaqil guruhlarning ro’yxati http://www.europe-bio.com saytida keltirilgan. EMBL guruhlari va laboratoriyalari molekulyar biologiya va molekulyar tibbiyotda fundamental tadqiqotlarni amalga oshiradilar, shuningdek, olimlar, talabalar va mehmonlar uchun treninglar o’tkazishadi. Tashkilot a’zo davlatlarda xizmatlarni rivojlantirish, yangi vositalar va uslublar va texnologiyalarni rivojlantirishga yordam beradi. Isroil yevropadan tashqarida joylashgan yagona davlatdir. Laboratoriya Geydelbergdagi asosiy laboratoriya va Angliya Hinxton (Evropa Bioinformatika Instituti (EBI), Angliya), Grenoble (Fransiya), Gamburg (Germaniya), Monterotondo (Rim yaqinida) va Barselona (Ispaniya).
Bioinformatika va DDBJ markazi hayotiy ilm-fan tadqiqotlari va taraqqiyot ilmlari ma’lumotlarini almashish va tahlil qilish xizmatlarini taqdim etadi. DDBJ [pravit | prinsip kodi]. Materiallar - Vikipediya - svobodnoy enkiklopediyaO’tkazib yuborish Name navigatsiya Preyi k pisku DDBJ yoki DNK ma’lumot banki - YAponiyadagi DNK ma’lumotlar bazasi.
YAponiyaning DNK ma’lumot banki YAponiya DNK ma’lumotlar bazasi.Turli genlar va organizmlarga taaluqli nukleotid sekanslari haqidagi ma’lumotlarga ega elektron resurs. Har bir ketma-ketlikning ta’rifi quyidagilarni o’z ichiga oladi: ma’lumotlar bazasida raqam, tur, DNKning manbasi (chiziqli material, klon, tahlil uchun olingan shaxsning geografik kelib chiqishi), bu ketma-ketliklarni olgan ilmiy izlanuvchilarning nomlari va nomlari va ularni chop etadigan ilmiy maqolalar, uning funksional yuki (kodlash tartibida - tegishli amino kislotalar ketma-ketligi berilgan) va nukleotid sekansının o’zi.Taqdim etilgan nukleotid ketma-ketliklarining bu ma’lumotlar bazasi yevropa va Amerika (GenBank) DNK ma’lumotlar bazalariga to’liq mos keladi; Barcha uchta ma’lumotlar bazasi Xalqaro Nukleotid Sequence Database Collaboration (INSDC) - xalqaro DNK ma’lumotlar bazasi tizimining bir qismidir.
U YAponiyaning SHizuoka prefekturasida Milliy genetika institutida (NIG) joylashgan. Bundan tashqari, Xalqaro Nukleotid Sequence Database Collaboration yoki INSDC a’zosidir. U yevropa Bioinformatika institutida va GenBank bilan yevropa Molekulyar Biologiya Laboratoriyasida o’z ma’lumotlarini Milliy Biotexnologik Ma’lumotlar Markazida har kuni almashadi. SHunday qilib, bu uch ma’lumotlar banki har qanday vaqtda bir xil ma’lumotlarni o’z ichiga oladi. DDBJ ma’lumotlar bank faoliyatini 1986 yilda NIG da boshlagan va Osiyodagi yagona nukleotid sekans ma’lumotlar banki bo’lib qolmoqda. DDBJ asosan YAponiya tadqiqotchilaridan olingan ma’lumotlarni olishi bilan birga, boshqa har qanday mamlakatdan kelgan ma’lumotlarni qabul qila oladi.
DDBJ asosan YAponiyaning Ta’lim, Madaniyat, Sport, Fan va Texnologiya Vazirligi (MEXT) tomonidan moliyalashtiriladi. DDBJ xalqaro maslahat kengashiga ega, u to’qqiz a’zodan iborat bo’lib, ularning har biri yevropadan, AQSHdan va YAponiyadan 3 a’zo. Ushbu qo’mita DDBJ ga yiliga bir marta xizmat ko’rsatish, boshqaruv va kelajak rejalari haqida maslahat beradi. Ushbu DDBJ -dan tashqari, xalqaro hamkorlik bo’yicha turli texnik masalalar bo’yicha maslahat beruvchi va ishchi darajadagi ishtirokchilardan tashkil topgan xalqaro hamkorlik qo’mitasi ham mavjud.
Asosiy ma’lumotlar bazalari orasida GenBank, DNK seksiyalari va PubMed, biomedikal adabiyotlar uchun bibliografik ma’lumotlar bazasi mavjud. Boshqa ma’lumotlar bazalari NCBI Epigenomitss ma’lumotlar bazasini o’z ichiga oladi. Barcha ma’lumotlar bazalari Entrez qidiruvi orqali onlayn rejimida mavjud. NCBI ni BLAST sekans tartibga solish dasturining dastlabki mualliflaridan biri Devid Lipman va bioinformatika bo’yicha keng e’tirof etilgan raqamlar boshqargan. SHuningdek, u Stamen Alschul (boshqa BLAST muallifi), Devid Landsman, Eugene Koonin, Jon Uilbur, Tereza Przytyska va Zhiyong Lu boshchiligidagi guruhlarni ham qamrab oluvchi tadqiqot dasturiga olib bordi. Devid Lipman 2017-yil may oyida o’z lavozimidan tushdi.
UniGene transkteromning NCBI ma’lumotlar bazasi bo’lib, uning nomiga qaramay, asosan genlar uchun ma’lumotlar bazasi emas. Har bir kirish bir xil transkripsiya joyidan kelib chiqadigan transkriptlar to’plamidir (ya’ni, gen yoki ifoda etilgan psevogen). Protein o’xshashligi, genin ifodasi, DNA klonlari va genomik joylashuvi haqidagi ma’lumotlar har bir kirish uchun kiritilgan. UniGene transkriptiga asoslangan va genom asosidagi ishlab chiqarish tartib-qoidalari mavjud.
Ensembl yevropa Bioinformatika Instituti va Senger Institutining qo’shma tadqiqot loyihasidir. Ushbu loyihaning asosiy maqsadi - odamlarning (Homo sapiens), sichqon (Mus muskulus), kalamush (Rattus norvegicus), Danio-rerio baliq (Danio rerio) va boshqalarni o’z ichiga olgan 50 dan ortiq turdagi hayvonlarning genomlarining tuzilishiga oid ma’lumotlar bazasiga integratsiyalangan mutaxassislar bilan ta’minlash. Loyiha inson genomining loyihasi tugagunga qadar 1999 yilda ishga tushirilgan. Ensembl ma’lumotlar bazalari muntazam ravishda yiliga kamida ikki marta chastota bilan yangilanadi. Loyihaning joriy versiyasi 2017 yil 29 martda e’lon qilindi. Oxirgi loyiha yangiliklari rasmiy veb-saytida e’lon qilingan. Bundan tashqari, Ensembl bilan ishlash uchun yuzma-yuz ta’lim faoliyati haqida ma’lumot olishingiz mumkin. Ansambl va EMBL-EBI da anik videolarni tomosha qilish orqali tizim bilan ishlash asoslarini o’rganishingiz mumkin. Genom annotatsiyasi Genomik brauzer EnsemblAPI va boshqa kirish usullari. Mavjud vositalar Hamkorlikdagi loyihalar Linklar Ru.wikipedia.org da o’qish.