10 Ma’ruza Mavzu. Genlarni kartalashtirish

Mikrosatellitlar yoki SSR (SSR – Simple Sequence Repeat - Oddiy takrorlanuvchi ketma-ketliklar). SSR markerlari o’zining yuqori polimorfliligi hamda bilan boshqa markerlardan ajralib turadi. Mikrosatellitlar hattoki yaqin qarindosh bo’lgan individuumlar lokusarida ham yuqori polimorfizm namoyon etadi. (Tautz 1989). Mikrosatellit ketma-ketliklari odatda dinukleotid (AC)n, (AG)n, (AT)n; trinukleotid (CGG)n, (GCC)n, (TCT)n, (TTG)n; tetranukleotid (TATG)n va h-o bo’lib, “n” – mikrosatellit lokuslar ichidagi ketma-ketlikliklari takrorlarining miqdorini bildiradi. O’simliklarda eng ko’p uchraydigan mikrosatellit takrorlar (AT)n, hayvonlarda esa (AC)n ekanligi olimlar tomonidan qayd etilgan (Morgante et al., 2002; Panaud et al., 1995) i (GT)n (Rafalski et al. 1994). Mikrosatellitlar genlar ekspressiyasi regulyatsiyasida, rekombintsiyasida, gen konversiyasida va jinsning aniqlanishida ishtirok etishi taxmin qilinadi.
Ba’zi olimlarning ta’kidlashicha mikrosatellitlarning yuqori stabilligi sabab ularni genetik markerlashda, populyatsion tadqiqotlarda va hattoki genom daktiloskopiyasi usulidan foydalanib shaxsning identifikatsiyasida ishlatilishi mumkin (Ivanov, 1989; Edwards et al., 1991; Decorte , Cassiman, 1993). Mikrosatellit markerlardan foydalanib tadqiqotchi va olimlar tomonidan bir qancha ilmiy tadqiqotlar olib borilgan. Xususan genomni kartalashtirish, o’simliklarda qimmatli xo’jalik belgilarga javob beruvchi QTL lokuslarini aniqlash, turlarning bir-birlari bilan filogenetik qardoshligini aniqlash kabi ishlar bunga misol bo’la oladi. Mamlaktimiz olimlari tomonidan ham ushbu markerlar tizimidan foydalanib bir qancha halqaro darajadagi tadqiqotlar amalga oshirilgan. Jumladan g’o’zaning tabiiy holdagi barg to’kishi, tola chiqimi, sifat ko’rsatkichlari, fotoperiodik gullash kabi belgilari SSR markerlari tomonidan tadqiq qilingan (Abduraxmonov va boshq, 2005; 2007; 2008).
CAPs - (Cleaved Amplified Polymorphism - Parchalangan Amplikonlar Polimorfizmi) va dCAP (ishlab chiqilgan CAP). Polimorfik restriktsiya saytini RFLP usuli bilan aniqlash kerakli fragmentni va parchalash uchun unga mos keladigan ferment tomonidan PTsR-amplifikatsiyasida amalga oshiriladi. CAP markerlari gen-spetsifik markerlar hisoblanib kerakli gen amplifikatsiya mahsulotida mavjud bitta nukleotid polimorfizmiga asoslangan. Eng avval o’rganilayotgan belgi uchun javob beruvchi javob beruvchi gen klonlanadi va sikvens qilinadi. Undan so’ng ketma-ketligi aniqlangan uchastka internet ma’lumotlar bazasida mavjud SNPga va ushbu SNP restriktsiya saytini aniqlash uchun teshirib ko’riladi. Nazariy tomondan yovvoyi tip yoki mutant ketma-ketligi SNP tufayli endonukleazalarga ta’sirchanligi bilan farqlanishi va shu sababli spetsifik endonukleazalar (restriktazalar) tomonidan parchalanishi (kesilishi) mumkin. Agarda SNP mavjud restriktazalar bilan kesiladigan bo’lsa marker yaratish mumkin (Konieczny and Ausubel, 1993). Aksincha restriktsiya sayti mahsulotda mavjud bo’lmasa u holda SNP yoniga sun’iy ravishda restriktsiya sayti kiritiladi va bu dCAP deb ataladi (Neff et all., 1998). Garchi biroz kamchiliklari bo’lsada, o’zining oddiyligi va ishonchliligi bilan bu metod ancha keng tarqalgan va ommabopdir. Uning kamchiliklaridan biri restriktsiya saytlarida faqat
STS – (Sequence Tagged Site – sikvens qilingan saytlar). STS – bu DNKning kalta (200-500 j.a.), noyob ketma-ketliklaridir. STS ketma-ketliklari genetik polimorfizmni topish yo’lida ishlatiladigan fragmentlar restriktsiyasi, DNK fragmentlarining, zondlarning klonlanishi kabi analizlarda foydalaniladi. (Ivanov, 1989).