194-guruh talabasi Nurullayev Davronning Bioinformatika fanidan

2.2. Pairwise Sequence Comparison (PASC) va uning filoviruslarni tasniflashda qo'llanilishi.


Filoviridae oilasi Mononegavirales tartibiga tegishli . Filovirus genomlari 7 ta strukturaviy oqsilni kodlaydigan 19 kb ga yaqin bir zanjirli, salbiy ma'noli RNKlardir. Hozirgi vaqtda bu oilada ikkita avlod mavjud ( Marburgvirus va Ebolavirus ) va uchinchi jins ("Kuevavirus") yaqinda Xalqaro Viruslar Taksonomiyasi Qo'mitasiga (ICTV) taklif qilingan.¹
Ikki avlod a'zolarini ajratish uchun ishlatiladigan mezonlar, asosan, antigenik o'zaro faoliyat reaktivlik, virion uzunligi, genlarning bir-biriga mos kelishi soni, gen 4 tomonidan ifodalangan protein mahsulotlari soni va genomning farqlanishini o'z ichiga oladi. Ebolavirus jinsihozirda besh turni o'z ichiga oladi, ularning barchasi bitta virus bilan ifodalanadi: Bundibugyo ebolavirusi (Bundibugyo virusi a'zosi), Reston ebolavirusi (Reston virusi a'zosi), Sudan ebolavirusi (Sudan virusi a'zosi), Taï Forest ebolavirusi (Taï Forest virusi a'zosi) va Zaire ebolavirus (Ebola virusi a'zosi). Ebolaviruslar uchun turlarni ajratish mezonlari butun genom farqlarini, genlarning bir-biriga mos kelishi va geografik kelib chiqishini o'z ichiga oladi. Marburgvirus jinsi va taxminiy "Kuevavirus" jinsi har biriga bir tur, Marburg marburgvirusi kiradi.va mos ravishda taxminiy "Lloviu cuevavirus" va hozirda ikkalasi uchun turlarni chegaralash mezonlari mavjud emas. Biroq, faqat bitta "kuevavirus", Lloviu virusi ma'lum bo'lsa-da, ikkita virus, Marburg virusi va Ravn virusi Marburg marburgvirusi turlarining a'zolari sifatida belgilangan.²
PAirwise Sequence Comparison (PASC) bu genom ketma-ketliklari yordamida viruslarni tasniflashda yordam beradigan vositadir. U viruslar oilasi/guruhi ichidagi barcha nashr etilgan toʻliq genomlar uchun juftlik ketma-ketligi identifikatorining foizini hisoblab chiqadi va chastota taqsimotini chizadi. Ko'pgina virus oilalari/guruhlarida bir xil turga, har xil turga, lekin bir xil jinsga yoki turli avlodga mansub viruslar juftligini ifodalovchi foiz identifikatsiyasining aniq cho'qqilari mavjud. Agar bu cho'qqilar yaxshi ajratilgan bo'lsa, ularning chegaralaridagi o'ziga xoslik foizi tur/nasl chegaralash mezonlaridan biri bo'lib xizmat qilishi mumkin.
Ushbu usul allaqachon qo'llanilgan viruslar oilalari (masalan, Geminiviridae , Papillomoviridae , Picornaviridae va Potyviridae oilalari) uchun PASCdan foydalanish uchun onlayn vositani taqdim etish va PASCni kengroq virusli guruhlarga qo'llash imkoniyatlarini o'rganish uchun, Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI) hozirda 50 dan ortiq virusli oilalar/guruhlarni qamrab oluvchi PASC resursini yaratdi.³
PASC ushbu virusli oilalar/guruhlar uchun ketma-ketlikka asoslangan tasniflash mezonlarini o'rnatish mumkinligini baholash uchun ishlatilishi mumkin va agar shunday bo'lsa, PASC genom ketma-ketligi mavjud bo'lgan viruslar uchun taksonomik tasnifni taklif qilishi mumkin.
An'anaga ko'ra, genom identifikatorlari PASCda juft global hizalanishlar (ya'ni , ketma-ketliklar uchidan uchigacha hizalanadi) asosida hisoblangan . NCBIda PASC vositasini ishlab chiqish jarayonida biz ketma-ketliklar bir-biriga mos kelmaydigan boshlang'ich pozitsiyasiga ega bo'lgan, genomlarning turli qatorlarida joylashgan yoki genomlarning bir qismida juda kam o'xshashliklarga ega bo'lgan hollarda global moslashuv bilan bog'liq muammolar mavjudligini payqadik. NCBIning PASC vositasiga BLASTga asoslangan yangi usul ( yaʼni , juftlik identifikatorlarini hisoblash uchun faqat yaxshi moslashtirilgan hududlar qoʻllaniladi) koʻplab oilalar uchun natijani yaxshilagan.
NCBIdagi Filoviridae oilasi uchun PASC vositasiga orqali kirish mumkin (ekran tasviri quyidagi sahifada ko'rsatilgan 2.2.1-rasm). Hozirda u GenBankda mavjud bo'lgan 52 ta to'liq genom ketma-ketligini o'z ichiga oladi. Yuqori o'ngdagi uchastka 2.2.1-rasm