194-guruh talabasi Nurullayev Davronning Bioinformatika fanidan

FOYDALANILGAN ADABIYOTLAR RO’YXATI:

1. Kuhn JH, Becker S., Ebihara H., Geisbert TW, Jahrling PB, Kawaoka Y., Netesov SV, Nichol ST, Peters CJ, Volchkov VE va boshqalar. Filoviridae. In: King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ, muharrirlar. Virus taksonomiyasi - Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mitasining to'qqizinchi hisoboti. Elsevier/Academic Press; London, Buyuk Britaniya: 2011. 665–671-betlar. [ Google olimi ]

2. Kuhn JH, Becker S., Ebihara H., Geisbert TW, Jonson KM, Kawaoka Y., Lipkin WI, Negredo AI, Netesov SV, Nichol ST va boshqalar. Filoviridae oilasining qayta ko'rib chiqilgan taksonomiyasi bo'yicha taklif: tasnifi, takson va viruslarning nomlari va virus qisqartmalari. Ark. Virol. 2010; 155 :2083–2103. doi: 10.1007/s00705-010-0814-x. [ PMC bepul maqola ] [ PubMed ] [ CrossRef ] [ Google Scholar ]
3. Adams MJ, Carstens EB. Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mitaga taksonomik takliflar bo'yicha ratifikatsiya ovozi. Ark. Virol. 2012; 157 :1411–1422. [ PMC bepul maqola ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]
4. Bao Y., Kapustin Y., Tatusova T. Viruslarni juftlik ketma-ketligini taqqoslash (PASC) bo'yicha tasniflash In: Mahy BWJ, van Regenmortel MHV, muharrirlar. Virusologiya entsiklopediyasi. 3. jild. 5. Elsevier; Oksford, Buyuk Britaniya: 2008. 342–348-betlar. [ Google olimi ]
5. PASC. [(2012 yil 17 avgustda kirish mumkin)]. Onlaynda mavjud: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/pasc .
6. Filoviridae oilasi uchun PASC . [(2012 yil 17 avgustda kirish mumkin)]. Onlaynda mavjud: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/pasc/viridty.cgi?cmdresult=main&id=333&scale=Log .
7. Needleman SB, Wunsch CD. Ikki oqsilning aminokislotalar ketma-ketligidagi o'xshashliklarni izlash uchun qo'llaniladigan umumiy usul. J. Mol. Biol. 1970; 48 :443–453. doi: 10.1016/0022-2836 (70) 90057-4. [ PubMed ] [ CrossRef ] [ Google Scholar ]
8. Bao Y., Chetvernin V., Kapustin Y., Tatusova T. Milliy biotexnologiya axborot markazi, Milliy sog'liqni saqlash institutlari, Bethesda, MD, AQSh. Nashr qilinmagan asar, 2012 yil.
9. Towner JS, Sealy TK, Khristova ML, Albariño CG, Conlan S., Reeder SA, Quan PL, Lipkin WI, Downing R., Tappero JW va boshqalar. Ugandada gemorragik isitma epidemiyasi bilan bog'liq yangi kashf etilgan ebola virusi. PLoS patogi. 2008; 4 : e1000212. [ PMC bepul maqola ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]
10. Lavigne R., Seto D., Mahadevan P., Ackermann HW, Kropinski AM Birlashtiruvchi klassik va molekulyar taksonomik tasnif: BLASTP-ga asoslangan vositalar yordamida Podoviridae tahlili. Res. Mikrobiol. 2008; 159 :406–414. doi: 10.1016/j.resmic.2008.03.005. [ PubMed ] [ CrossRef ] [ Google Scholar ]
11. Lavigne R., Darius P., Summer EJ, Seto D., Mahadevan P., Nilsson AS, Ackermann HW, Kropinski AM Protein ketma-ketligi o'xshashligidan foydalangan holda Myoviridae bakteriyofaglarining tasnifi. BMC mikrobiol. 2009; 9 :224. doi: 10.1186/1471-2180-9-224. [ PMC bepul maqola ] [ PubMed ] [ CrossRef ] [ Google Scholar ]
12. Negredo A., Palacios G., Vaskes-Moron S., Gonsales F., Dopazo X., Molero F., Juste J., Quetglas J., Savji N., de la Cruz Martinez M. va boshqalar. Evropada ebolavirusga o'xshash filovirusning topilishi. PLoS patogi. 2011; 7 : e1002304. [ PMC bepul maqola ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]
13. Bao Y., Federhen S., Leype D., Pham V., Resenchuk S., Rozanov M., Tatusov R., Tatusova T. Milliy biotexnologiyalar markazining virusli genomlari loyihasi. J. Virol. 2004; 78 :7291–7298. [ PMC bepul maqola ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]
14. Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Chjan J., Zhang Z., Miller V., Lipman DJ Gapped BLAST va PSI-BLAST: Protein ma'lumotlar bazasini qidirish dasturlarining yangi avlodi. Nuklein kislotalari Res. 1997 yil; 25 :3389–3402. [ PMC bepul maqola ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

Urganch davlat universiteti Tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo’nalishi 194-gurux talabasi Nurullayev Davronning “Biologik ketma-ketliklarning juftlik taqqoslanishi” mavzusidagi kurs ishiga

TAQRIZ

PAirwise Sequence Comparison (PASC) bu virus tasnifida yordam berish uchun genom ketma-ketligi o'xshashligidan foydalanadigan vositadir. NCBIdagi PASC vositasi ikkita usuldan foydalanadi: BLAST asosidagi mahalliy hizalama va Needleman-Wunsch algoritmiga asoslangan global hizalama. U bir nechta oilalar/guruhlar viruslarining toʻliq genomlari va Filoviridae oilasi uchun ishlaydi., u hozirda GenBankda mavjud bo'lgan 52 ta to'liq genomni o'z ichiga oladi. BLAST asosidagi tekislash yondashuvi filoviruslar uchun yaxshiroq ishlashi ko'rsatilgan va shuning uchun takson demarkatsiya mezonlarini o'rnatish uchun tavsiya etiladi. Yuqori divergentsiyaga ega bo'lgan ko'proq genom ketma-ketligi mavjud bo'lganda, bu chegaralar aniqroq bo'ladi. Ushbu vosita filoviruslarning yangi genom ketma-ketligini ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lganlar bilan solishtirishi va ularning taksonomik tasnifini taklif qilishi mumkin.

194-gurux talabasi Nurullayev Davronning “Biologik ketma-ketliklarning juftlik taqqoslanishi” mavzusidagi kurs ishi kirish, I bob va asosiy qismdan iborat.
Asosiy qism 3 ta rejadan iborat bo’lib unda PDB, ularning afalliklari haqida ma’lumotlar bayon etilgan. Ushbu kurs ishida ko’pgina qiziqarli ma’lumotlar keltirilgan. Ushbu kurs ishi ayrim kamchiliklardan xoli emas, ammo bu kurs ishining mazmuniga ta’sir etmaydi.
Ushbu kurs ishini himoya qilishga va Ziyonet portaliga joylashtirishga tavsiya etaman.