20- amaliy mashg‘ulot mavzu

Muammolarni bartaraf qilish va nosozliklarni tuzatish. Majburiy 
bo‟lmagan ADTda AutoGrid xaritalarini ko'ring (quyida E bo'limiga 
qarang). ADT-ni ishga tushiring va standart ishchi katalogni o'rnating (1-bosqichga 
qarang). Yuqori asboblar panelida "Grid3D->O'qish" ni tanlang va xarita faylini 
tanlang 
(masalan, 
uglerodga 
yaqinlik 
xaritasi 
uchun 
1iep_receptorH.C.map). Qalqib chiquvchi boshqaruv panelida "Tormoq nomi" 
panelidagi faylni bosing, "Izokontur" tugmasini bosing va ADT xarita 
qiymatlarining gistogrammasini ko'rsatadi. “Maksimum” qiymatini 0,0 ga 
o'zgartiring va qaytish tugmasini bosing (yoki "enter"). Izokonturni hisoblash 
uchun gistogrammada Shift tugmasini bosing; keyin kontur darajasini o'zgartirish 
uchun gistogrammadagi satrni o'ngga va chapga sudrab olishingiz mumkin. −0,5 

---

dan −0,1 gacha bo„lgan qiymatlar samarali hisoblanadi. Retseptorni ko'rsatish 
uchun "File->ReadMolecule" menyu opsiyasidan foydalanish mumkin. 
Ligand uchun PDBQT faylini va o'rnatish simulyatsiyasi parametrlarini 
belgilaydigan docking parametr faylini yarating. “Docking->Macromolecule-
>SetRigidFilename” 
ni 
tanlang 
va 
PDBQT 
retseptor 
faylini 
(1iep_receptorH.pdbqt) tanlang. “Docking->Ligand->Choose” ni tanlang, ligand 
PDBQT faylini (1iep_ligandH.pdbqt) tanlang va standart ligand o„rnatish 
parametrlarini qabul qiling, ular o„rnatishdan oldin ligand pozasini 
tasodifiylashtiradi. “Docking->SearchParameters->GeneticAlgorithmParameters” 
bandini tanlang va koʻpgina dori oʻlchamli ligandlar uchun standart parametrlardan 
foydalaning, bundan “GA yugurishlar soni”ni 50 ga oʻrnating. Qoʻshimcha 
oʻrnatish 
parametrlari 
“Docking->DockingParameters;” 
bilan 
belgilanadi; ko'pchilik dori o'lchamli ligandlar uchun
Bu buyruq standart parametrlardan foydalaning. Nihoyat, “Docking-
>Output->LamarckianGA, 
AutoDock-ni ADT-dan yoki buyruq satridan ishga tushiring. ADT-dan ishga 
tushirish uchun “Run->RunAutoDock” ni tanlang va ochilgan oynada “Browse” 
tugmalaridan foydalanib, AutoDock4 bajariladigan faylga yo'lni va docking 
parametr fayliga yo'lni belgilang. Docking parametr faylini ko'rsatganingizdan 
so'ng, ADT jurnal fayli uchun nom taklif qiladi. Dasturni ishga tushirish uchun 
"Ishga tushirish" tugmasini bosing. 
Shu bilan bir qatorda, buyruq satrida terminal oynasini oching va koordinata 
fayllari va o'rnatish parametrlari faylini o'z ichiga olgan katalogga o'ting. Keyin 
buyruqni bering: 
./autodock4 -p 1iep.dpf -l 1iep.dlg 
AutoDock 
bajariladigan 
autodock4 ham xuddi 
shu 
katalogda 
joylashganligini nazarda tutadi.