20- amaliy mashg‘ulot mavzu

---

20- AMALIY MASHG‘ULOT 
Mavzu: AutoDock dasturida ishlash 
Dars maqsadi: Talabalarga AutoDock dasturida ishlash bo‟yicha amaliy 
ko‟rsatmalar va tushunchalar berish. 
Kerakli jihozlar: Kompyuter, AutoDock dasturi, internet tarmog‟i.
Ishning mazmuni: Ikki xil ehtiyojga javob berish uchun ikkita o'rnatish 
usuli 
parallel 
ravishda 
ishlab 
chiqilgan. Ishlab 
chiqish 
AutoDock 
2
 , 
3
 , 
5
 , 
21
 , 
22
 dan boshlandi va u oʻrnatish usullari boʻyicha tajribalar 
uchun platforma boʻlib qolmoqda. AutoDock Vina foydalanuvchilardan keng 
ekspert bilimlarini talab qilmaydigan kalit taslim oʻrnatish usuliga boʻlgan 
ehtiyojni qondirish uchun yaqinda ishlab chiqilgan 
1
 . Bu yaxshi sinovdan o'tgan 
standart usullardan foydalangan holda o'rnatish tajribalarini bajarish uchun yuqori 
darajada optimallashtirilgan. Hozirda ikkala usul ham bepul. AutoDock Vina 
ko'pgina tizimlar uchun tez va samarali, AutoDock esa qo'shimcha uslubiy 
yaxshilanishlarni talab qiladigan tizimlar uchun mavjud. 
Ikkala usul ham umumiy hisoblash moslamalari, retseptorlar va ligandlar uchun 
koordinata fayllarini qabul qilish va optimal o'rnatilgan konformatsiyalarni 
bashorat qilish uchun mo'ljallangan. Odatda, foydalanuvchilar kristallografiya yoki 
NMR spektroskopiyasidan olingan retseptorlarning koordinatalaridan va SMILES 
satrlari yoki boshqa usullardan olingan ligand koordinatalaridan boshlanadi. 
Qidiruv 
usullari 
stokastik 
bo'lganligi 
sababli, 
optimal 
o'rnatilgan 
konformatsiyalar to'plami bashorat qilinadi, so'ngra natijalarning izchilligini tahlil 
qilish uchun odatda fazoviy ravishda klasterlanadi. Yuqori klasterlangan natijalar 
konformatsion qidiruv protsedurasi qulay konformatsion makonni qamrab olishni 
ta'minlash uchun etarlicha to'liq ekanligidan dalolat beradi. Qidiruvning stokastik 
tabiati tufayli usul global minimal topilganligini ta'minlay olmaydi. Shu sababli, 
foydalanilayotgan docking protokolini baholash uchun o'xshash konformatsion 
murakkablikdagi ma'lum komplekslar bilan qayta o'rnatish tajribalarini qo'llash 
muhimdir. 
AutoDock va AutoDockVina hozirda olingan natijalarga ta'sir qiluvchi bir 
nechta soddalashtirishlardan foydalanadi. Eng muhim soddalashtirish - bu qattiq 
retseptordan foydalanish. Ushbu yaqinlashish konformatsion fazoning hajmini 
qisqartiradi, uni ishonchli izlashga imkon beradi va har bir sinov konformatsiyasini 
baholash uchun hisoblash harakatini kamaytiradi. Ushbu o'rnatish usullarini 
ma'lum bir retseptorga qo'llashda ushbu cheklovning mumkin bo'lgan ta'sirini 

---

hisobga olish kerak va agar tizim retseptorlarning sezilarli harakatini o'z ichiga 
olsa, bir qator usullardan foydalanish mumkin, jumladan: 

Retseptor-ligand 
komplekslaridan 
olingan 
retseptor 
tuzilmalaridan 
foydalanish, bu erda retseptor tegishli konformatsiyada bo'lishini kutish. 

Retseptorda kutilgan moslashuvchanlik diapazonini qamrab oluvchi turli xil 
retseptor tuzilmalari to'plamiga ulanish. Ularni bir nechta strukturaviy 
aniqlashlar yoki simulyatsiyalar yordamida olish mumkin. 

Tegishli yon zanjirlar haqida ma'lumot mavjud bo'lsa (protokolda 
tavsiflangan) 
o'rnatish 
vaqtida 
aniq 
retseptorlarning 
yon 
zanjiri 
moslashuvchanligidan foydalanish. 
Baholash usullari, shuningdek, natijalarga ta'sir qiladigan turli xil 
soddalashtirishlarni qo'llaydi. AutoDock Vina skoring funktsiyasi juda taxminiy 
bo'lib, sferik simmetrik vodorod bog'lanish potentsiallari, yashirin vodorodlar va 
elektrostatik hissasi yo'q. Odatda biologik o'lcham va tarkibga ega bo'lgan 
ligandlar bilan yaxshi ishlashi isbotlangan. AutoDock kuch maydoni fizik jihatdan 
asoslangan hissalarni, jumladan, aniq qutbli vodorodlar bilan yo'naltirilgan 
vodorod bog'lanish atamasini va elektrostatikani o'z ichiga oladi. Agar ushbu 
hissalar ma'lum bir tizimda muhim bo'lsa, AutoDock mos vosita bo'ladi. Bundan 
tashqari, agar kerak bo'lsa, ma'lum tizimlarni sozlash imkonini beruvchi AutoDock 
skoring funksiyasining parametrlari foydalanuvchi uchun mavjud.