20- amaliy mashg‘ulot mavzu

Docking simulyatsiyasi usullari. Retseptor va ligand koordinatalari 
formatlangandan so'ng, AutoDock to'plami o'rnatish simulyatsiyasi uchun bir qator 
usullarni taqdim etadi. Ushbu protokol quyidagi jadvalda tavsiflanganidek, oddiy 
o'rnatishdan tortib, ilg'or usullargacha bo'lgan oltita usulni o'z ichiga oladi. 
Variant Usul 
Tavsif 
A 
AutoDock Vina bilan 
bitta o'rnatish tajribasi 
Bitta retseptorli bitta ligandni o'rganish uchun 
asosiy o'rnatish usuli 
B 
AutoDock bilan bitta 
o'rnatish tajribasi 
Yagona retseptorli bitta ligandni o'rganish 
uchun asosiy ulanish usuli, yaqinlik 
xaritalarini aniq hisoblash. 

---

Variant Usul 
Tavsif 
C 
Raccoon2 va AutoDock 
Vina bilan virtual 
skrining 
Bitta retseptorli ligandlar kutubxonasining 
virtual ekrani, ko'pincha dori-darmonlarni 
topish uchun ishlatiladi 
D 
Moslashuvchan yon 
zanjirlar bilan AutoDock 
Vina 
Cheklangan retseptorlarning 
moslashuvchanligini o'z ichiga olgan bitta 
retseptorli bitta ligand uchun joylashtirish 
usuli 
E 
AutoLigand yordamida 
saytni faol bashorat 
qilish 
Retseptorlarning bog'lanish joylarini tahlil 
qilish, dorivor joylarni bashorat qilish usuli 
F 
Aniq suvlar bilan tutash Aniq ko'prikli suv molekulalarini o'z ichiga 
olgan bitta retseptorli bitta ligand uchun ilg'or 
biriktirish usuli 
(A) AutoDock Vina bilan bitta o'rnatish tajribasi - vaqt 30 min 
AutoDock Vina uchun ligand va retseptor uchun PDBQT fayllarini 
belgilaydigan va o'rnatish parametrlarini belgilaydigan konfiguratsiya faylini ( 
1 -
bo'lim) yarating. 
Buning uchun ADT-ni qayta ishga tushiring va standart ishchi 
katalogni o'rnating (1-bosqichga qarang). “Grid->Makromolekula->Choose/Open” 
ni tanlang. “Tanlash” koordinatalar ADTda allaqachon o„qilgan bo„lsa (yuqoridagi 
koordinata sozlamalarida bo„lgani kabi) va “Ochish” fayldan koordinatalarni 
o„qish uchun ishlatiladi. Ushbu protokol uchun biz ADT ni qayta ishga tushirdik 
va koordinata fayllaridan o'qishimiz kerak deb hisoblaymiz. PDBQT retseptor 
faylini “oching”, fayldagi mavjud to„lovlarni saqlab qolish uchun “Ha” tugmasini 
bosing va qabul qilish uchun “OK” tugmasini bosing. To'lovlarda kichik 
qoidabuzarliklar bo'lsa, ogohlantirish oynasi ham bo'lishi mumkin. Agar paydo 
bo'lsa, "OK" tugmasini bosing.