3- amaliy mashg’ulot mavzu

---

3- AMALIY MASHG’ULOT 
 
Mavzu: NCBI ma’lumotlar bazasi, BLAST tahlili va UGENE 1.21 dasturiy 
ta’minoti. 
Ishdan maqsad: NCBI ma’lumotlar bazasi tushunchasi, BLAST tahlili va 
UGENE 1.21 dasturida ishlash. 
Nazariy qism: NCBI Gene ma'lumotlar bazasidan nima uchun foydalanishim 
mumkin? NCBI Gen ma'lumotlar bazasida genlar ketma-ketligi, gen allellari va 
mutatsiyalari, genomlar, oqsillar uchun aminokislotalar ketma-ketligi va odamlar, 
shuningdek, ko'plab hayvonlar turlari haqida ko'proq genetik ma'lumotlar mavjud. 
NCBI Gene ma'lumotlar bazasida ko'plab resurslarni o'rganishingiz mumkin. Ushbu 
qo'llanmada siz ma'lumotlar bazasidan qiziqqan genni qidirish va ushbu gendagi 
qanday o'ziga xos mutatsiyalar ma'lum genetik kasalliklarga olib kelishi 
mumkinligini bilish uchun foydalanasiz. Ushbu qo'llanmaning oxirida qo'shimcha 
resurslar va boshqa NCBI Gen funktsiyalari va vositalari haqida ko'proq o'rganish 
uchun NCBIning o'z qo'llanmalari mavjud.
Qanday qilib genni qidirishim va u haqida ko'proq ma'lumot olishim mumkin? 
Bu erda biz sizga bu haqda ko'proq bilish uchun qiziqish genini qanday qidirishni 
ko'rsatamiz. Yo'nalishlarni soddalashtirish uchun biz ushbu qo'llanmada 
mukovistsidozni misol sifatida ishlatamiz. 
1-rasmda ko'rsatilgan NCBI Gene ma'lumotlar bazasi veb-saytiga o'ting: 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene. (Eslatma: Ushbu havola yangi oyna ochadi, 
shunda siz qadamlarni osonroq bajarishingiz mumkin.) 

---

1-rasm 
Yuqori qismida siz qiziqqan geningiz nomini kiriting va "Qidirish" tugmasini 
bosing.
Masalan, mukovistsidozda mutatsiyaga uchragan gen CFTR. (Eslatma: Agar siz 
kasallik bilan qiziqsangiz, lekin tegishli gen(lar)ni bilmagan boʻlsangiz, buni boshqa 
Science Buddies resursi, Genetics Home Reference Tutorial yordamida qidirib 
topishingiz mumkin.) Ushbu genni qidirish uchun: CFTR kiriting. 
ncbi.nlm.nih.gov veb-sayti bosh sahifasining skrinshoti. Yuqori qismida qidiruv 
paneli paydo bo'ladi va resurslar va gen vositalariga tezkor havolalar sahifaning 
pastki qismida joylashgan. 
NCBI Gen ma'lumotlar bazasida genlar ketma-ketligi, gen allellari va 
mutatsiyalari, genomlar va odamlar va boshqa hayvonlar turlari haqida ko'proq 
genetik ma'lumotlar mavjud. 2-rasmda ko'rsatilgan natijada tegishli natijalarning 
uzoq ro'yxati bo'lishi mumkin. Yuqori natijalar odatda eng mos keladi. Siz 
ikkalangiz 
ham 
gen 
ismingiz 
bilan 
boshlangan 
birinchi 
yozuvni 
qidiryapsiz va odamlar uchun tur nomini o'z ichiga oladi (Homo sapiens). Bizning 
CFTR misolimizda bu birinchi natija bo'lib, gen sahifasiga o'tish uchun ustiga 
bosing.

---

2-rasm 
ncbi.nlm.nih.gov veb-saytidagi qidiruv natijalarining skrinshoti. CFTR genini 
qidirish gen nomi, gen identifikatori, tavsifi, joylashuvi, taxalluslari va inson 
qiymatida (MIM) mendel merosini ta'minlovchi natijalar ro'yxatini ko'rsatadi.
Ushbu 
misolda 
ro'yxatdagi 
birinchi 
natija 
tanlangan.
2-rasm.Gen nomini kiritganingizda, NCBI Gen ma'lumotlar bazasida ko'plab 
natijalarga erishasiz. Gen nomi chap tomonda, ikkinchi ustunda esa uning tavsifi 
(qisqartirilmagan nom) berilgan. Tur nomi tavsif yozuvining oxirida qavs ichida 
beriladi. Qo'shimcha gen ma'lumotlari, shu jumladan xromosoma joylashuvi 
o'ngdagi ustunlarda berilgan. Ushbu qo'llanma uchun eng yuqori gen natijasini (qizil 
rangda) tanlang.

---

3-rasm 
ncbi.nlm.nih.gov veb-saytining gen haqida ma'lumot sahifasining skrinshoti. 
Ma'lumot sahifasi sahifaning yuqori qismida qisqartma va to'liq ism bilan yozilgan 
maxsus genni ko'rsatadi. Sahifaning markazida gen uchun ma'lumotlarning qisqacha 
mazmuni va qo'shimcha ma'lumot beruvchi Genomik kontekst bo'limi mavjud. 
Sahifaning o'ng tomonida ikkita yon panelda gen ma'lumotlari sahifasi uchun tarkib 
va qo'shimcha manbalarga havolalar bilan bog'liq ma'lumotlar sahifasi ko'rsatiladi.
3-rasm. NCBI gen ma'lumotlar bazasi har qanday gen uchun katta hajmdagi 
ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Ushbu oʻquv qoʻllanma sahifaning oʻng tomonida 
joylashgan “Mundarija” (yashil rangda aylana) va “Tegishli maʼlumotlar” (qizil 
rangda aylana) boʻlimlaridagi havolalarni oʻrganadi. Gen sahifasida turli 
ma'lumotlarga o'tish uchun tarkibdan foydalaning (3-rasmda yashil rangda aylana). 
1-jadvalda taqdim etilgan turli xil ma'lumotlarning umumiy ko'rinishi berilgan. 
1. 
Ushbu gen tegishli bo'lgan boshqa hayvonlar ("Gomologiya" ostida) 
2. 
Ushbu gen ishtirok etadigan yo'llar ("BioSystems yo'llari" ostida) 
3. 
Ushbu gendan hosil bo'lgan oqsilning turli funktsiyalari ("Gen ontologiyasi" 
ostida) 

---

Gen va uning inson biologiyasidagi roli haqidagi ma'lumotlarga ega bo'lgan 
qo'shimcha NCBI sahifalariga o'tish uchun "Tegishli ma'lumotlar" bo'limidan 
foydalaning (3-rasmda qizil rang bilan o'ralgan). 2-jadvalda genning normal va 
kasallik funktsiyalari haqida ko'proq ma'lumot olish uchun ayniqsa tegishli bo'lgan 
ba'zi havolalar ta'kidlangan. 
BLAST o’zi nima? BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – 
asosiylokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u 
oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat 
qiladi. Sodda qilib tushuntirilganda sizda oqsil yoki nuklein kislotalarning 
ma’lumbir ketma-ketligi bor. Lekin siz bu nuklein kislota qaysi turga tegishli 
ekanligini bilmaysiz. BLAST sizga mana shu qo’lingizdagi nukleotidlar ketma-
ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albattau bazada 
mavjud bo’lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida sizga kerakli natijani 
chiqarib beradi. BLAST dasturini 1990-yilda AQSHlik bir guruh tadqiqotchilar 
ishlab chiqqanlar.